Slicer-Int - Contribuciones del usuario [es]

Creador atlas/es

2019-01-10T17:16:11Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />

==Inicio==
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).

<figure id="fig:01">
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]
</figure>

En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.

<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span>

===Acceso===
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).

<figure id="fig:02">
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]
</figure>

===Pantalla inicial===

Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):

<figure id="fig:03">
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]
</figure>

Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.

==Trabajando con un atlas==

El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.

===1.Color Table===
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.

En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.

<gallery>
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption>
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption>
</gallery>

===2.Elements===
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).

Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.

Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''

<gallery>
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption>
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption>
</gallery>

===3.Hierarchy===
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.

A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).

Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.

Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón '''CONTINUE''' para ir al siguiente paso.

<gallery>
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption>
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption>
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption>
File:Genatlas-11.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption>
</gallery>

===4.Files===
En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (<xr id="fig:12" />

Hay que aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).

Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.

Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón '''Proceed to ASSEMBLY'''

<gallery>
File:Genatlas-12.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:12">Figure 12: Uploading files</figure></caption>
</gallery>

===5.Assembly===
En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.

También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

Translations:Creador atlas/27/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.

Translations:Creador atlas/28/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón '''Proceed to ASSEMBLY'''

Translations:Creador atlas/29/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<gallery>
File:Genatlas-12.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:12">Figure 12: Uploading files</figure></caption>
</gallery>

Translations:Creador atlas/30/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===5.Assembly===
En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.

Translations:Creador atlas/31/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).

Translations:Creador atlas/32/es

2019-01-10T13:51:57Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

Translations:Creador atlas/25/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===4.Files===
En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (<xr id="fig:12" />

Translations:Creador atlas/26/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Hay que aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).

Translations:Creador atlas/Page display title/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Creador atlas

Translations:Creador atlas/1/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

==Inicio==
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).

Translations:Creador atlas/2/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<figure id="fig:01">
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]
</figure>

Translations:Creador atlas/3/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.

Translations:Creador atlas/4/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span>

Translations:Creador atlas/5/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===Acceso===
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).

Translations:Creador atlas/6/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<figure id="fig:02">
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]
</figure>

Translations:Creador atlas/7/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===Pantalla inicial===

Translations:Creador atlas/8/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):

Translations:Creador atlas/9/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<figure id="fig:03">
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]
</figure>

Translations:Creador atlas/10/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.

Translations:Creador atlas/11/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

==Trabajando con un atlas==

Translations:Creador atlas/12/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.

Translations:Creador atlas/13/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===1.Color Table===
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.

Translations:Creador atlas/14/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.

Translations:Creador atlas/15/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Translations:Creador atlas/16/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===2.Elements===
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).

Translations:Creador atlas/17/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.

Translations:Creador atlas/18/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''

Translations:Creador atlas/19/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Translations:Creador atlas/20/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

===3.Hierarchy===
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.

Translations:Creador atlas/21/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).

Translations:Creador atlas/22/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.

Translations:Creador atlas/23/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón '''CONTINUE''' para ir al siguiente paso.

Translations:Creador atlas/24/es

2019-01-10T13:51:56Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

Clínicos 3D Slicer/es

2019-01-04T13:13:36Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

<languages/>
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__

<table class="commonWS" style="border:1px solid #091f30; margin:1em 0px; width:100%;">
<tr>
<td>[[File:Clinicianslogo.jpg|150px|Imágenes Médicas]]</td>
<td style="float:center; text-align:center; padding:1em;">
<div style="font-size:150%;">Clínicos. Formación. </div>
<div style="font-size:90%;">Introducción a los contenidos formativos para Clínicos. </div>
<div style="font-size:70%;">Los cursos se organizan a través de la plataforma Moodle. </div>
</td>
<td style="padding:1em;">
<ul>
<li>[[Imágenes médicas|Imágenes médicas]]</li>
<li>[https://mt4sd.ulpgc.es/moodle/ MACbioIDi: Cursos en la Plataforma Moodle]</li>
</ul>
</td>
</tr>
</table>


<div style="float:left; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em">

<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 1: Tecnología Médica. 3D Slicer</h2>

<div style="margin:0 1em">
* [[Visión general. Objetivos]]
* [[3D Slicer]]
* [[Interfaz gráfica del usuario (GUI)]]
* [[Módulo de bienvenida]]
* [[Carga de una escena]]
* [[Ejercicios M1.L1]]
</div>

<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 2: 3D Slicer. Volúmenes</h2>

<div style="margin:0 1em">
* [[Descripción general]]
* [[Juegos de datos]]
* [[La escena]]
* [[Carga y visualización de múltiples volúmenes]]
* [[Introducción a DICOM. Características]]
* [[Módulos y extensiones]]
</div>

<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 3</h2>

<div id="mf-new-texts" title="Building Slicer" style="margin:0 1em">
* [[Segmentación]]
* [[Editor]]
* [[Segment Editor]]
* [[Registrado]]
</div>

</div></div>


<div style="float:right; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em; margin-left:1em">

<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">OPEN ANATOMY ATLAS</h2>

<div style="margin:0 1em">
* [[Interfaz web]]
* [[Interfaz OpenAnatomy]]
* [[Creador atlas]]
</div>

</div></div><div style="clear:both"></div>

Translations:Clínicos 3D Slicer/12/es

2019-01-04T13:13:26Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

<div style="margin:0 1em">
* [[Interfaz web]]
* [[Interfaz OpenAnatomy]]
* [[Creador atlas]]
</div>

Segment Editor/pt

2018-09-01T04:13:35Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Módulo Segment Editor==

Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz===
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.

Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primeira fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====terceira fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (em inglês)

== Fluxo de trabalho ==

Previo a la segmentación

*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimento

*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click en ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/pt| MENU]]

Segment Editor/fr

2018-09-01T02:40:56Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

<div class="mw-translate-fuzzy">
'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]
</div>

'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentation d'os===
Présentation des outils ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' et ''Islands'' sur un exemple de segmentation des phalanges du pied.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Segment Editor/en

2018-08-31T13:59:43Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

<div class="mw-translate-fuzzy">
'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window
[[File:Sub1.png|center|frame]]
</div>

'''2.''' Click on ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Choose the desired language
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Segment Editor/es

2018-08-31T13:58:55Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Módulo Segment Editor==

Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz===
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.

Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo ==

Previo a la segmentación

*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimiento

*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click en ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

Translations:Segment Editor/27/es

2018-08-31T13:57:41Z

FuzzyBot: Importando una nueva versión desde fuente externa

'''1.''' Click en ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

Segment Editor/es

2018-08-31T13:50:51Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Módulo Segment Editor==

Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz===
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.

Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo ==

Previo a la segmentación

*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimiento

*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

Segment Editor/pt

2018-08-31T13:49:45Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Módulo Segment Editor==

Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz===
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.

Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primeira fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====terceira fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (em inglês)

== Fluxo de trabalho ==

Previo a la segmentación

*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimento

*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/pt| MENU]]

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:48:25Z

FuzzyBot: Actualizando para coincidir con nueva versión de la página fuente

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Translations:Segment Editor/26/es

2018-08-31T13:48:18Z

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== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

Translations:Segment Editor/27/es

2018-08-31T13:48:18Z

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'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

Translations:Segment Editor/28/es

2018-08-31T13:48:18Z

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'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

Translations:Segment Editor/29/es

2018-08-31T13:48:18Z

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'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

Translations:Segment Editor/30/es

2018-08-31T13:48:18Z

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===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

Descripción/es

2018-08-31T08:45:13Z

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<languages />

=== <big> Contenidos Formativos para Clínicos</big>===

'''Formato del curso'''

Los cursos consisten en una serie de lecciones teóricas acompañadas de ejercicios y finalmente la participación en un proyecto de investigación. Los proyectos planteados se desarrollarán de forma conjunta con ingenieros. El material -contenidos teóricos y ejercicios- estará accesible a través de las plataformas eLearning del proyecto MACbioIDI. Por una lado con un perfil divulgativo, la Wiki y por otro con la conformación de un curso para usuarios registrados, la plataforma Moodle. Los detalles sobre el curso se pueden encontrar a continuación.

Una vez impartidas las clases, es importante seguir el progreso de las actividades propuestas. Los trabajos desarrollados, se entregarán a través de las plataformas. Estos contenidos serán visibles sólo para sus propietarios, pero podrán compartir con los demás cualquier pregunta o solución a ejercicios que consideren. El personal docente proporcionará comentarios a preguntas, propuestas o cualquier tema sugerido.

'''Proyecto Final'''

El objetivo principal de la propuesta de proyecto final es adquirir habilidades en cuanto al uso de tecnología en el tratamiento de imágenes médicas y la investigación computacional. Los métodos se ilustran con ejemplos usando una amplia gama de imágenes. Los temas incluyen carga de datos, análisis, transformación y almacenamiento de datos. Para el perfil profesional clínico será de gran importancia la aplicación práctica de estas tecnologías en diagnosis e investigación.

'''Resultados esperados:'''
* Entender cómo trabajan las aplicaciones 3DSlicer y Open Anatomy
* Analizar imágenes médicas utilizando 3DSlicer y Open Anatomy
* Comprender cómo se utilizan estas aplicaciones; por tanto, poder trabajar con modelos de datos en ambas
* Integrar estas aplicaciones en la formación de sus alumnos
* Proponer líneas de investigación

[[Archivo:3DS Presentation.jpg|400x170px|borde|center|3DSlicer Presentación|link=https://medtec4susdev.github.io/3DSlicerTrainingNetwork/projectdemo/#slide=1]]