https://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Nayra+PumarSlicer-Int - Contribuciones del usuario [es]2026-04-16T15:40:43ZContribuciones del usuarioMediaWiki 1.28.0https://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Registrado/3/en&diff=8789Translations:Registrado/3/en2019-07-02T12:47:10Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>By means of this image comparison, the differences between the two are studied, but in order to make this possible in the most intuitive way possible, the overlapping coincidence must be achieved as precisely as possible. This has to be done with two images that, in addition to being taken at different times, may come from different equipment (another scanner model, for example) and where it cannot be guaranteed that the position in which the patient was placed was exactly the same (variations in orientation and displacement).</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Registrado/en&diff=8790Registrado/en2019-07-02T12:47:10Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<br />
===Registration===<br />
Registration is the process by which two medical images taken at different times, corresponding to the same part of the body and generally to the same patient, are overlaid coincidentally in order to check the evolution of an injury/disease/operation.<br />
<br />
<br />
By means of this image comparison, the differences between the two are studied, but in order to make this possible in the most intuitive way possible, the overlapping coincidence must be achieved as precisely as possible. This has to be done with two images that, in addition to being taken at different times, may come from different equipment (another scanner model, for example) and where it cannot be guaranteed that the position in which the patient was placed was exactly the same (variations in orientation and displacement).<br />
<br />
A summary of the possible registration scenarios is:<br />
*quasi-matching anatomical structures: two images in which the same anatomical structures, of similar size, are present in both.<br />
*Variations in patient size: particularly in the case of children, where natural growth causes differences in whole body size.<br />
*anatomical structures with different volumes: when the evolution of a tumour mass that has grown over time is to be studied, it has increased in volume in one of the images (it may be the most recent or the oldest) and may have displaced other anatomical structures or adjacent organs.<br />
*non-existent anatomical structures: after surgery (or treatment) in which part of the tissue (organ, tumour, bone, etc.) has been removed, pairs of elements that do not exist in one of the images must be compared.<br />
<br />
===Description of the procedure===<br />
<br />
In general, the procedure to follow is to load both images one next to the other, identify common points in each one (the points are paired, one is taken in image A and the other in image B). If both images have the same orientation, no distortion will be necessary to match them, but this is not usually the case. Then you have to select which of the two images you are working with (A or B) will apply a distortion to achieve full coincidence.<br />
<br />
When determining the common points in both images, it may be necessary to move between the different slices of the three available views so that the same anatomical information is displayed in the image A and B.<br />
<br />
===Modules===<br />
<br />
The registration modules can be found in the lower half of the module dropdown (<xr id="fig:Registrado" />), they are grouped under the name''Registration'':<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado"><br />
[[File:Reg01.png|none|thumb|<caption>registration modules</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Traditionally, brain imaging has been used, which is why several of the modules are oriented to these specific cases.<br />
<br />
====Terminology====<br />
*Landmark: representative points of the image (selected by the user in both images) to ensure coincidence<br />
*Fixed volume: image that is not going to undergo any transformation<br />
*Moving volume: image to be transformed to match the one selected as''fixed volume''.<br />
<br />
==Example: landmark registration==<br />
===Volume loading===<br />
Once the two sets of images are loaded, the '''Registration\Landmark registration''' module is opened. At that moment the module asks the user to determine which is going to be the''fixed volume'' and the''moving volume'' (<xr id="fig:Registrado2" />) using the dropdown lists, when clicking on each of them you can see which are the volumes loaded in the current scene and select the corresponding one.<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado2"><br />
[[File:Reg02.png|none|thumb|<caption>fixed and moving volumes</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
The screen layout changes to a 3x3 grid (<xr id="fig:Registrado3" />). By columns, the axial, coronal and sagittal views are shown in columns 1, 2 and 3 (this is the default layout, unless the user decides to modify it). By rows the''fixed volume'' in row 1 is displayed, the''moving volume'' in row 2 and the result of the overlapping of the two in row 3, which will be renamed''-transformed''.<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado3"><br />
[[File:Reg03.png|none|thumb|<caption>registration layout</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
====Select layout=====<br />
If you wish to modify this layout, it will be done from the module panel, modifying the following options (<xr id="fig:Registrado4" />). If any of the views are not relevant, you can deactivate them and thus take up no space on the screen, control the transparency of the image overlay and even the zoom:<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado4"><br />
[[File:Reg04.png|none|thumb|<caption>layout</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Also, if you want to change the volumes you are working with, a little higher up on the module panel, using the button'''Select Volumes to Register'' you will return to the selection menu described in <xr id="fig:Registrado2" />.<br />
<br />
For example, by selecting ''Coronal'' the layout remains like this (<xr id="fig:Registrado5" />):<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado5"><br />
[[File:Reg05.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Landmarks===<br />
The matching points, or landmarks, are added to the ''Landmarks'' section of the module panel, located just below the ones described above (<xr id="fig:Registrado6" />).<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado6"><br />
[[File:Reg06.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Press the ADD button and place the point (the cursor changes automatically and we are in fiducial mode) on the''fixed volume'' by clicking on the desired place. The program will automatically place the same point (called L-0 in the example image) in the''moving volume''. Ideally, these points should be placed on elements that are representative of both images and that are easily identifiable.<br />
<br />
Now, as shown in the image (<xr id="fig:Registrado7" />), the user has put the point in the view of the first column (green) and Slicer has put the point in the view of the second column (yellow). The landmark of the ''moving volume'' is not in the same place as the image of the ''fixed volume'' (Slicer simply places it in the same coordinates, without taking into account the image and what it represents), so to correct its location click on the REFINE LANDMARK button that is just below the list of landmarks present in the current registry. Then we can move manually, by clicking and dragging, the landmark of the ''moving volume'' to the position we consider visually correct.<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado7"><br />
[[File:Reg07.png|none|thumb|<caption>landmak point</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
We continue adding landmarks until we consider that we have put the necessary ones for the correct adjustment of both images, at this point of the work process we will have a set of points (<xr id="fig:Registrado8" />), which are defined by their name. They can be selected by clicking on the cursor with the ''crosshair'' icon and deleted with the trash can icon.<br />
<br />
<figure id="fig:Registrado8"><br />
[[File:Reg08.png|none|thumb|<caption>landmak list</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
The refining of landmarks can be based on two refining methods, BRAINSFit and SimpleITK, but neither of these methods is a substitute for the operator and his criteria.<br />
<br />
===Registered===<br />
<br />
There is no canon that determines the method of registration to be applied, since it depends on different factors in each case, such as the type of images you are working with, their quality, the anatomy you are visualizing and the expected results. A standard method and quite open to configuration by the user is the''Affine Registration'' (<xr id="fig:Registrado9" />), which allows these three levels of adjustment:<br />
*Rigid: allows translations and rotations<br />
*Similarity: rigid + uniform scale changes<br />
*Affine: Similarity + shear<br />
The affine transformation is also called a linear transformation and is defined by different matrices to pass from a set of initial coordinates to others [[https://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation| Wikpedia Affine Transformation]]. <br />
<br />
<figure id="fig:Registrado9"><br />
[[File:Reg09.png|none|thumb|<caption>linear registration</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Depending on the quality and quantity of selected landmarks, the registered will be more or less accurate and it is the operator's task to refine the landmarks so that the result is as optimal as possible.<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8753Creador atlas2019-01-10T13:51:53Z<p>Nayra Pumar: Se marcó esta sección para su traducción</p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio== <!--T:1--><br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<!--T:2--><br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
<!--T:3--><br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<!--T:4--><br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso=== <!--T:5--><br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<!--T:6--><br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial=== <!--T:7--><br />
<br />
<!--T:8--><br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<!--T:9--><br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
<!--T:10--><br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas== <!--T:11--><br />
<br />
<!--T:12--><br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table=== <!--T:13--><br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<!--T:14--><br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
<br />
<!--T:15--><br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements=== <!--T:16--><br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
<!--T:17--><br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
<!--T:18--><br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<!--T:19--><br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy=== <!--T:20--><br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
<!--T:21--><br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
<!--T:22--><br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
<br />
<!--T:23--><br />
Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón '''CONTINUE''' para ir al siguiente paso.<br />
<br />
<!--T:24--><br />
<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-11.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===4.Files=== <!--T:25--><br />
En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (<xr id="fig:12" /><br />
<br />
<!--T:26--><br />
Hay que aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).<br />
<br />
<!--T:27--><br />
Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.<br />
<br />
<!--T:28--><br />
Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón '''Proceed to ASSEMBLY'''<br />
<br />
<!--T:29--><br />
<gallery><br />
File:Genatlas-12.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:12">Figure 12: Uploading files</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===5.Assembly=== <!--T:30--><br />
En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.<br />
<br />
<!--T:31--><br />
También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).<br />
<br />
<!--T:32--><br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8752Creador atlas2019-01-10T13:51:48Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
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<translate><br />
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==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
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<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
<br />
Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón '''CONTINUE''' para ir al siguiente paso.<br />
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<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-11.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
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===4.Files===<br />
En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (<xr id="fig:12" /><br />
<br />
Hay que aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).<br />
<br />
Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.<br />
<br />
Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón '''Proceed to ASSEMBLY'''<br />
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File:Genatlas-12.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:12">Figure 12: Uploading files</figure></caption><br />
</gallery><br />
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===5.Assembly===<br />
En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.<br />
<br />
También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).<br />
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<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
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</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8749Creador atlas2019-01-04T15:16:51Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
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<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
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<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
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En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
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<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
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<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
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===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
<br />
Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón '''CONTINUE''' para ir al siguiente paso.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-11.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===4.Files===<br />
En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (<xr id="fig:12" /><br />
<br />
Hay aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).<br />
<br />
Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.<br />
<br />
Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón '''Proceed to ASSEMBLY'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-12.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:12">Figure 12: Uploading files</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===5.Assembly===<br />
En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.<br />
<br />
También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-12.png&diff=8748Archivo:Genatlas-12.png2019-01-04T15:15:20Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8747Creador atlas2019-01-04T15:07:59Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-11.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8746Creador atlas2019-01-04T15:07:24Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
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==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
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===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
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File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
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<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
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===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
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===6.Assembly===<br />
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<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
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</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8745Creador atlas2019-01-04T15:07:00Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
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==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
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En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
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<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
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===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
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File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
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===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
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File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
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===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón '''ADD GROUP''', situado en la esquina superior derecha.<br />
<br />
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre '''Children element''' o navegar directamente por el listado (<xr id="fig:09" />). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón '''CREATE''', que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (<xr id="fig:10" />).<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (<xr id="fig:11" />) que se ha construido hasta el momento.<br />
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File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Grouped elements</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:11">Figure 11: Tree view</figure></caption><br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
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<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-11.png&diff=8744Archivo:Genatlas-11.png2019-01-04T15:06:44Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-10.png&diff=8743Archivo:Genatlas-10.png2019-01-04T15:05:30Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-09.png&diff=8742Archivo:Genatlas-09.png2019-01-04T14:57:00Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8741Creador atlas2019-01-04T14:56:00Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (<xr id="fig:08" />). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden ''sueltos'' no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal.<br />
<br />
<br />
Con el botón '''VIEW TREE''' se puede consultar la estructura jerárquica que se ha construido hasta el momento.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-08.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:08">Figure 8: Hierarchy overview</figure></caption><br />
File:Genatlas-09.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:09">Figure 9: Group creation</figure></caption><br />
File:Genatlas-10.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:10">Figure 10: Tree view</figure></caption><br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-08.png&diff=8740Archivo:Genatlas-08.png2019-01-04T14:55:56Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8739Creador atlas2019-01-04T14:44:14Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
En <xr id="fig:05" /> aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha '''IMPORT INFORMATION'''. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-05.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Content of the colortable</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===2.Elements===<br />
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (<xr id="fig:06" />).<br />
<br />
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver <xr id="fig:06" />), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (<xr id="fig:07" />); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto '''ADD ELEMENT MANUALLY'''; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.<br />
<br />
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón '''PROCEED TO STRUCTURE'''<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-06.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: Elements screen</figure></caption><br />
File:Genatlas-07.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Figure 7: Editing a segment</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-07.png&diff=8738Archivo:Genatlas-07.png2019-01-04T14:40:46Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-06.png&diff=8737Archivo:Genatlas-06.png2019-01-04T14:36:55Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-05.png&diff=8736Archivo:Genatlas-05.png2019-01-04T14:26:02Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8735Creador atlas2019-01-04T14:25:13Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:04">Figure 4: Select/Upload Color Table</figure></caption><br />
File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Figure 5: Uno</figure></caption><br />
File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Figure 6: </figure></caption><br />
</gallery><br />
===2.Elements===<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8734Creador atlas2019-01-04T14:23:06Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
(<xr id="fig:05" />) - (<xr id="fig:06" />) - (<xr id="fig:07" />)<br />
<br />
<figure id="fig:04"><br />
[[File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===2.Elements===<br />
<br />
<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:05">Uno</figure></caption><br />
File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:06">Uno</figure></caption><br />
File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption><figure id="fig:07">Uno</figure></caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8733Creador atlas2019-01-04T14:21:39Z<p>Nayra Pumar: </p>
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==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<figure id="fig:04"><br />
[[File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===2.Elements===<br />
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<br />
<gallery><br />
File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><figure id="fig:05"></figure><br />
File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><figure id="fig:06"></figure><br />
File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><figure id="fig:07"></figure><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
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<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
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</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8732Creador atlas2019-01-04T14:20:46Z<p>Nayra Pumar: </p>
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==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
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<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
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<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<figure id="fig:04"><br />
[[File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===2.Elements===<br />
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<gallery><br />
File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><br />
File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><br />
File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8731Creador atlas2019-01-04T14:20:20Z<p>Nayra Pumar: </p>
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<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<figure id="fig:04"><br />
[[File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===2.Elements===<br />
<br />
<br />
<gallery><br />
<figure id="fig:05">File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption></figure><br />
<figure id="fig:06">File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption></figure><br />
<figure id="fig:07">File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption></figure><br />
</gallery><br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8730Creador atlas2019-01-04T14:12:13Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.<br />
<br />
===1.Color Table===<br />
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (<xr id="fig:04" />). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón '''UPLOAD Color Table'''. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<figure id="fig:04"><br />
[[File:Genatlas-04.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===2.Elements===<br />
<br />
===3.Hierarchy===<br />
<br />
===4.Structure===<br />
<br />
===5.Files===<br />
<br />
===6.Assembly===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-04.png&diff=8729Archivo:Genatlas-04.png2019-01-04T14:10:50Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8728Creador atlas2019-01-04T14:01:46Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Inicio==<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<br />
==Trabajando con un atlas==<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8727Creador atlas2019-01-04T14:00:51Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Creador de atlas==<br />
===Inicio===<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
====Acceso====<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
====Pantalla inicial====<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón '''NEW ATLAS''' de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.<br />
<br />
<br />
===Trabajando con un atlas===<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-03.png&diff=8726Archivo:Genatlas-03.png2019-01-04T13:58:14Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8725Creador atlas2019-01-04T13:56:09Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Creador de atlas==<br />
<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<span style="color:#ff0000">'''ATENCION''' Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés</span><br />
<br />
===Acceso===<br />
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (<xr id="fig:02" />).<br />
<br />
<figure id="fig:02"><br />
[[File:Genatlas-02.png|none|thumb|<caption>Entrance screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
===Pantalla inicial===<br />
<br />
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (<xr id="fig:03" />):<br />
<br />
<figure id="fig:03"><br />
[[File:Genatlas-03.png|none|thumb|<caption>Main panel</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-02.png&diff=8724Archivo:Genatlas-02.png2019-01-04T13:52:06Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8723Creador atlas2019-01-04T13:26:33Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Creador de atlas==<br />
<br />
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (<xr id="fig:01" />).<br />
<br />
<figure id="fig:01"><br />
[[File:Genatlas-01.png|none|thumb|<caption>Welcome screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado '''Atlas manager''', que da acceso a la herramienta.<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Archivo:Genatlas-01.png&diff=8722Archivo:Genatlas-01.png2019-01-04T13:18:51Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/12/pt&diff=8720Translations:Clínicos 3D Slicer/12/pt2019-01-04T13:17:02Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/pt | Web interface]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/pt | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/pt | Criador de atlas]]<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/pt&diff=8721Clínicos 3D Slicer/pt2019-01-04T13:17:02Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages/><br />
<br />
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<!--header--><br />
<table class="commonWS" style="border:1px solid #091f30; margin:1em 0px; width:100%;"><br />
<tr><br />
<td>[[File:Clinicianslogo.jpg|150px|Imagens Médicas]]</td><br />
<td style="float:center; text-align:center; padding:1em;"><br />
<div style="font-size:150%;">*Clínicos. Formação. </div><br />
<div style="font-size:90%;">Introdução aos conteúdos formativos para Clínicos. </div><br />
<div style="font-size:70%;">Os cursos organizam-se através da plataforma *Moodle. </div><br />
</td><br />
<td style="padding:1em;"><br />
<ul><br />
<li>[[Imágenes médicas|Imagens médicas]]</li><br />
<li>[https://mt4sd.ulpgc.es/moodle/ *MACbioIDi: Cursos na Plataforma *Moodle]</li><br />
</ul><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
<!--left column--><br />
<div style="float:left; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloco 1: Tecnologia Médica. 3D *Slicer</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Visión general. Objetivos/pt | Visão geral. Objectivoss]]<br />
* [[3D Slicer/pt | 3D Slicer]]<br />
* [[Interfaz gráfica del usuario (GUI)/pt | Interface gráfica do utente (GUI)]]<br />
* [[Módulo de bienvenida/pt | Módulo de boas-vindas]]<br />
* [[Carga de una escena/pt | Ónus de uma cena]]<br />
* [[Ejercicios M1.L1/pt | Exercícios M1.L1]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloco 2: 3D Slicer. Volumes</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Descripción general/pt | Descrição geral]]<br />
* [[Juegos de datos/pt | Jogos de dados]]<br />
* [[La escena/pt | A cena]]<br />
* [[Carga y visualización de múltiples volúmenes/pt | Ónus e visualização de múltiplos volumes]]<br />
* [[Introducción a DICOM. Características/pt | Introdução a DICOM. Características]]<br />
* [[Módulos y extensiones/pt | Módulos e extensõess]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloco 3</h2><br />
<br />
<div id="mf-new-texts" title="Building Slicer" style="margin:0 1em"><br />
* [[Segmentación/pt | Segmentação ]]<br />
* [[Editor/pt | Editor]]<br />
* [[Segment Editor/pt | Segment Editor]]<br />
* [[Registrado/pt | Registado]]<br />
</div><br />
<br />
</div></div><br />
<br />
<!--right column--><br />
<div style="float:right; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em; margin-left:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">OPEN ANATOMY ATLAS</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/pt | Web interface]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/pt | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/pt | Criador de atlas]]<br />
</div><br />
<br />
<br />
<br />
</div></div><div style="clear:both"></div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/12/fr&diff=8718Translations:Clínicos 3D Slicer/12/fr2019-01-04T13:16:38Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/en | Interface web]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/en | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/fr | Créateur d'atlas]]<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/fr&diff=8719Clínicos 3D Slicer/fr2019-01-04T13:16:38Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages/><br />
<br />
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<!--header--><br />
<table class="commonWS" style="border:1px solid #091f30; margin:1em 0px; width:100%;"><br />
<tr><br />
<td>[[File:Clinicianslogo.jpg|150px|Imagerie médicale]]</td><br />
<td style="float:center; text-align:center; padding:1em;"><br />
<div style="font-size:150%;">Cliniques. Formation. </div><br />
<div style="font-size:90%;">Introduction au contenu de la formation pour les cliniciens. </div><br />
</td><br />
<td style="padding:1em;"><br />
<ul><br />
<li>[[Imágenes médicas/fr |Imagerie médicales]]</li><br />
<li>[https://mt4sd.ulpgc.es/moodle/ MACbioIDi: Cursos en la Plataforma Moodle]</li><br />
</ul><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
<!--left column--><br />
<div style="float:left; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section 1: Technologie médicale. 3D Slicer</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Visión general. Objetivos/fr | Aperçu. Objectifs]]<br />
* [[3D Slicer/fr | 3D Slicer]]<br />
* [[Interfaz gráfica del usuario (GUI)/fr | Interface utilisateur graphique (GUI)]]<br />
* [[Módulo de bienvenida/fr | Module de Bienvenue]]<br />
* [[Carga de una escena/fr | Chargement d'une scène]]<br />
* [[Ejercicios M1.L1/fr | Exercices M1.L1]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section2: 3D Slicer. Volumes</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Descripción general/fr | Description générale]]<br />
* [[Juegos de datos/fr | Ensembles de données]]<br />
* [[La escena/fr | La scène]]<br />
* [[Carga y visualización de múltiples volúmenes/fr | Multi-volume chargement et affichage]]<br />
* [[Introducción a DICOM. Características/fr | Introduction à DICOM. Caractéristiques]]<br />
* [[Módulos y extensiones/fr | Modules et extensions]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section 3</h2><br />
<br />
<br />
<div id="mf-new-texts" title="Building Slicer" style="margin:0 1em"><br />
* [[Segmentación/fr | Segmentation ]]<br />
* [[Editor/fr | Editeur]]<br />
* [[Segment Editor/fr | Segment Editor]]<br />
* [[Registrado/fr | Registration]]<br />
</div><br />
<br />
</div></div><br />
<br />
<!--right column--><br />
<div style="float:right; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em; margin-left:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">OPEN ANATOMY ATLAS</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/en | Interface web]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/en | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/fr | Créateur d'atlas]]<br />
</div><br />
<br />
<br />
<br />
</div></div><div style="clear:both"></div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/12/en&diff=8716Translations:Clínicos 3D Slicer/12/en2019-01-04T13:14:29Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/en | Web interface]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/en | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/en | Atlas creator]]<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer/en&diff=8717Clínicos 3D Slicer/en2019-01-04T13:14:29Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages/><br />
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<!--header--><br />
<table class="commonWS" style="border:1px solid #091f30; margin:1em 0px; width:100%;"><br />
<tr><br />
<td>[[File:Clinicianslogo.jpg|150px|Imágenes Médicas]]</td><br />
<td style="float:center; text-align:center; padding:1em;"><br />
<div style="font-size:150%;">Clinicians. Training. </div><br />
<div style="font-size:90%;">Introduction of the Introduction to the training contents for Clinicians. </div><br />
</td><br />
<td style="padding:1em;"><br />
<ul><br />
<li>[[Imágenes médicas/en | Medical imaging]]</li><br />
<li>[https://mt4sd.ulpgc.es/moodle/ MACbioIDi: Cursos en la Plataforma Moodle]</li><br />
</ul><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
<!--left column--><br />
<div style="float:left; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section 1: Medical Technology. 3D Slicer</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Visión general. Objetivos/en | Overview. Objectives]]<br />
* [[3D Slicer/en | 3D Slicer]]<br />
* [[Interfaz gráfica del usuario (GUI)/en | Graphical User Interface (GUI)]]<br />
* [[Módulo de bienvenida/en | Welcome module]]<br />
* [[Carga de una escena/en | Loading a Scene]]<br />
* [[Ejercicios M1.L1/en | Exercises M1.L1]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section 2: 3D Slicer. Volúmenes</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Descripción general/en | General Description]]<br />
* [[Juegos de datos/en | Data Sets]]<br />
* [[La escena/en | The scene]]<br />
* [[Carga y visualización de múltiples volúmenes/en | Multi-volume loading and display]]<br />
* [[Introducción a DICOM. Características/en | Introduction to DICOM. Features]]<br />
* [[Módulos y extensiones/en | Modules and extensions]]<br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Section 3</h2><br />
<br />
<div id="mf-new-texts" title="Building Slicer" style="margin:0 1em"><br />
* [[Segmentación/en | Segmentation]]<br />
* [[Editor/en | Editor]]<br />
* [[Segment Editor/en | Segment Editor]]<br />
* [[Registrado/en | Registration]]<br />
</div><br />
<br />
</div></div><br />
<br />
<!--right column--><br />
<div style="float:right; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em; margin-left:1em"><br />
<br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">OPEN ANATOMY ATLAS</h2><br />
<br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web/en | Web interface]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy/en | Interface Open Anatomy]]<br />
* [[Creador atlas/en | Atlas creator]]<br />
</div><br />
<br />
<br />
<br />
</div></div><div style="clear:both"></div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Creador_atlas&diff=8713Creador atlas2019-01-04T13:12:05Z<p>Nayra Pumar: Página creada con «__NOTOC__ __NOEDITSECTION__ <languages /> <translate> ==Creador de atlas== En la página principal el menú nos obliga a elegir qué atlas deseamos abrir. Se selecciona u...»</p>
<hr />
<div>__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<languages /><br />
<translate><br />
<br />
==Creador de atlas==<br />
<br />
En la página principal el menú nos obliga a elegir qué atlas deseamos abrir. Se selecciona uno de ellos (en este caso el del cerebro) y se pasa a la página del mismo. Para ello se han de cargar los ficheros que componen el atlas en sí, y una ventana superpuesta nos informa del progreso de la carga:<br />
<br />
<!--T:3--><br />
(<xr id="fig:pantalla-carga" />)<br />
<figure id="fig:pantalla-carga"><br />
[[File:Pantalla-carga.png|none|thumb|<caption>Load screen</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
<hr><br />
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]<br />
<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Cl%C3%ADnicos_3D_Slicer&diff=8712Clínicos 3D Slicer2019-01-04T13:11:12Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages/><br />
<translate><br />
<!--T:1--><br />
__NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
<!--header--><br />
<table class="commonWS" style="border:1px solid #091f30; margin:1em 0px; width:100%;"><br />
<tr><br />
<td>[[File:Clinicianslogo.jpg|150px|Imágenes Médicas]]</td><br />
<td style="float:center; text-align:center; padding:1em;"><br />
<div style="font-size:150%;">Clínicos. Formación. </div><br />
<div style="font-size:90%;">Introducción a los contenidos formativos para Clínicos. </div><br />
<div style="font-size:70%;">Los cursos se organizan a través de la plataforma Moodle. </div><br />
</td><br />
<td style="padding:1em;"><br />
<ul><br />
<li>[[Imágenes médicas|Imágenes médicas]]</li><br />
<li>[https://mt4sd.ulpgc.es/moodle/ MACbioIDi: Cursos en la Plataforma Moodle]</li><br />
</ul><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
<!--T:2--><br />
<!--left column--><br />
<div style="float:left; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em"><br />
<br />
<!--T:3--><br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 1: Tecnología Médica. 3D Slicer</h2><br />
<br />
<!--T:4--><br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Visión general. Objetivos]]<br />
* [[3D Slicer]]<br />
* [[Interfaz gráfica del usuario (GUI)]]<br />
* [[Módulo de bienvenida]]<br />
* [[Carga de una escena]]<br />
* [[Ejercicios M1.L1]]<br />
</div><br />
<br />
<!--T:5--><br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 2: 3D Slicer. Volúmenes</h2><br />
<br />
<!--T:6--><br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Descripción general]]<br />
* [[Juegos de datos]]<br />
* [[La escena]]<br />
* [[Carga y visualización de múltiples volúmenes]]<br />
* [[Introducción a DICOM. Características]]<br />
* [[Módulos y extensiones]]<br />
</div><br />
<br />
<!--T:7--><br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">Bloque 3</h2><br />
<br />
<!--T:8--><br />
<div id="mf-new-texts" title="Building Slicer" style="margin:0 1em"><br />
* [[Segmentación]]<br />
* [[Editor]]<br />
* [[Segment Editor]]<br />
* [[Registrado]]<br />
</div><br />
<br />
<!--T:9--><br />
</div></div><br />
<br />
<!--T:10--><br />
<!--right column--><br />
<div style="float:right; width:50%"><div style="border:1px solid #091f30; padding-bottom:1em; margin-left:1em"><br />
<br />
<!--T:11--><br />
<h2 style="background-color:#091f30; font-weight:bold; color:white; padding:0.3em 1em; margin:1em 0; font-size:inherit; text-align:center">OPEN ANATOMY ATLAS</h2><br />
<br />
<!--T:12--><br />
<div style="margin:0 1em"><br />
* [[Interfaz web]]<br />
* [[Interfaz OpenAnatomy]]<br />
* [[Creador atlas]]<br />
</div><br />
<br />
<br />
<br />
<!--T:17--><br />
</div></div><div style="clear:both"></div><br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos/en&diff=5191Visión general. Objetivos/en2018-04-26T08:44:54Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
==Overview==<br />
In the field of medicine, there are currently numerous medical imaging techniques that allow the recording of information from inside the human body by means of so-called non-invasive techniques, in which there are no instruments that physically penetrate the patient's body. An example of these noninvasive imaging techniques that are widely used is the use of X-rays. These methods produce information in the form of images, called '''medical imaging'''.<br />
<br />
=== Diagnostic imaging===<br />
Imaging allows doctors to look inside the body for signs of a pathology, since it allows them to observe anatomical structures in the living subject and study their movement in normal and abnormal activities.<br />
<br />
As technology has advanced, new techniques have appeared. They allow us to generate three-dimensional representations of the interior of the human body. This 3D data is constructed from sequential series of 2D images. Likewise, the support in which these images are distributed is no longer physical, but digital, with its own file format and a specific distribution infrastructure: inter-hospital and interconsultation.<br />
<br />
The 3D Slicer software allows the representation of this information, generating 3D representations and facilitating the interpretation of data obtained by medical professionals.<br />
<br />
===Image types===<br />
<br />
A variety of devices and techniques can create images of structures and activities inside the human body. The type of imaging used by the medical professional will depend on your symptoms and the part of the body being examined. Here are some of them:<br />
<br />
* X-rays<br />
* Computerized tomography<br />
* Magnetic resonance<br />
* Ultrasound<br />
* Nuclear medicine techniques<br />
<br />
===Context of the use===<br />
There are two possible contexts:<br />
<br />
=== Clinical Context ===<br />
In the clinical setting there are two professional profiles: on the one hand, the professional who is in charge of the acquisition of medical images with diagnostic quality and, on the other hand, the doctor who interprets these images and makes diagnostic decisions based on them. Depending on the device, and the immediacy of the data provided by it, the two profiles can be matched in one, with the doctor himself capturing the image and interpreting it.<br />
<br />
====Scientific research====<br />
As a field of scientific research, medical imaging is a sub-discipline of biomedical engineering, medical physics or medicine, depending on the context. Research and development in the area of instrumentation, image acquisition, modeling and quantification are normally reserved for biomedical engineering, medical physics and computer science. Research in the application and interpretation of medical imaging is normally reserved for radiology and relevant medical sub-disciplines in the field of medical imaging. Many of the techniques developed for medical imaging are also scientific and industrial applications.</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos/en&diff=5190Visión general. Objetivos/en2018-04-26T08:44:46Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
==Overview==<br />
In the field of medicine, there are currently numerous medical imaging techniques that allow the recording of information from inside the human body by means of so-called non-invasive techniques, in which there are no instruments that physically penetrate the patient's body. An example of these noninvasive imaging techniques that are widely used is the use of X-rays. These methods produce information in the form of images, called '''medical imaging'''.<br />
<br />
=== Diagnostic imaging===<br />
Imaging allows doctors to look inside the body for signs of a pathology, since it allows them to observe anatomical structures in the living subject and study their movement in normal and abnormal activities.<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
As technology has advanced, new techniques have appeared. They allow us to generate three-dimensional representations of the interior of the human body. This 3D data is constructed from sequential series of 2D images. Likewise, the support in which these images are distributed is no longer physical, but digital, with its own file format and a specific distribution infrastructure: inter-hospital and interconsultation.<br />
</div><br />
<br />
The 3D Slicer software allows the representation of this information, generating 3D representations and facilitating the interpretation of data obtained by medical professionals.<br />
<br />
===Image types===<br />
<br />
A variety of devices and techniques can create images of structures and activities inside the human body. The type of imaging used by the medical professional will depend on your symptoms and the part of the body being examined. Here are some of them:<br />
<br />
* X-rays<br />
* Computerized tomography<br />
* Magnetic resonance<br />
* Ultrasound<br />
* Nuclear medicine techniques<br />
<br />
===Context of the use===<br />
There are two possible contexts:<br />
<br />
=== Clinical Context ===<br />
In the clinical setting there are two professional profiles: on the one hand, the professional who is in charge of the acquisition of medical images with diagnostic quality and, on the other hand, the doctor who interprets these images and makes diagnostic decisions based on them. Depending on the device, and the immediacy of the data provided by it, the two profiles can be matched in one, with the doctor himself capturing the image and interpreting it.<br />
<br />
====Scientific research====<br />
As a field of scientific research, medical imaging is a sub-discipline of biomedical engineering, medical physics or medicine, depending on the context. Research and development in the area of instrumentation, image acquisition, modeling and quantification are normally reserved for biomedical engineering, medical physics and computer science. Research in the application and interpretation of medical imaging is normally reserved for radiology and relevant medical sub-disciplines in the field of medical imaging. Many of the techniques developed for medical imaging are also scientific and industrial applications.</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos/en&diff=5189Visión general. Objetivos/en2018-04-26T08:43:53Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
==Overview==<br />
In the field of medicine, there are currently numerous medical imaging techniques that allow the recording of information from inside the human body by means of so-called non-invasive techniques, in which there are no instruments that physically penetrate the patient's body. An example of these noninvasive imaging techniques that are widely used is the use of X-rays. These methods produce information in the form of images, called '''medical imaging'''.<br />
<br />
=== Diagnostic imaging===<br />
Imaging allows doctors to look inside the body for signs of a pathology, since it allows them to observe anatomical structures in the living subject and study their movement in normal and abnormal activities.<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
As technology has advanced, new techniques have appeared. They allow us to generate three-dimensional representations of the interior of the human body. This 3D data is constructed from sequential series of 2D images. Likewise, the support in which these images are distributed is no longer physical, but digital, with its own file format and a specific distribution infrastructure: inter-hospital and interconsultation.<br />
</div><br />
<br />
The 3D Slicer software allows the representation of this information, generating 3D representations and facilitating the interpretation of data obtained by medical professionals.<br />
<br />
===Image types===<br />
<br />
A variety of devices and techniques can create images of structures and activities inside the human body. The type of imaging used by the medical professional will depend on your symptoms and the part of the body being examined. Here are some of them:<br />
<br />
* X-rays<br />
* Computerized tomography<br />
* Magnetic resonance<br />
* Ultrasound<br />
* Nuclear medicine techniques<br />
<br />
===Context of the use===<br />
There are two possible contexts:<br />
<br />
=== Clinical Context ===<br />
In the clinical setting there are two professional profiles: on the one hand, the professional who is in charge of the acquisition of medical images with diagnostic quality and, on the other hand, the doctor who interprets these images and makes diagnostic decisions based on them. Depending on the device, and the immediacy of the data provided by it, the two profiles can be matched in one, with the doctor himself capturing the image and interpreting it.<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
====Scientific research====<br />
As a field of scientific research, medical imaging is a sub-discipline of biomedical engineering, medical physics or medicine, depending on the context. Research and development in the area of instrumentation, image acquisition, modeling and quantification are normally reserved for biomedical engineering, medical physics and computer science. Research in the application and interpretation of medical imaging is normally reserved for radiology and relevant medical sub-disciplines in the field of medical imaging. Many of the techniques developed for medical imaging are also scientific and industrial applications.<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos/en&diff=5188Visión general. Objetivos/en2018-04-26T08:43:45Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
==Overview==<br />
In the field of medicine, there are currently numerous medical imaging techniques that allow the recording of information from inside the human body by means of so-called non-invasive techniques, in which there are no instruments that physically penetrate the patient's body. An example of these noninvasive imaging techniques that are widely used is the use of X-rays. These methods produce information in the form of images, called '''medical imaging'''.<br />
<br />
=== Diagnostic imaging===<br />
Imaging allows doctors to look inside the body for signs of a pathology, since it allows them to observe anatomical structures in the living subject and study their movement in normal and abnormal activities.<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
As technology has advanced, new techniques have appeared. They allow us to generate three-dimensional representations of the interior of the human body. This 3D data is constructed from sequential series of 2D images. Likewise, the support in which these images are distributed is no longer physical, but digital, with its own file format and a specific distribution infrastructure: inter-hospital and interconsultation.<br />
</div><br />
<br />
The 3D Slicer software allows the representation of this information, generating 3D representations and facilitating the interpretation of data obtained by medical professionals.<br />
<br />
===Image types===<br />
<br />
A variety of devices and techniques can create images of structures and activities inside the human body. The type of imaging used by the medical professional will depend on your symptoms and the part of the body being examined. Here are some of them:<br />
<br />
* X-rays<br />
* Computerized tomography<br />
* Magnetic resonance<br />
* Ultrasound<br />
* Nuclear medicine techniques<br />
<br />
===Context of the use===<br />
There are two possible contexts:<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
=== Clinical Context ===<br />
In the clinical setting there are two professional profiles: on the one hand, the professional who is in charge of the acquisition of medical images with diagnostic quality and, on the other hand, the doctor who interprets these images and makes diagnostic decisions based on them. Depending on the device, and the immediacy of the data provided by it, the two profiles can be matched in one, with the doctor himself capturing the image and interpreting it.<br />
</div><br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
====Scientific research====<br />
As a field of scientific research, medical imaging is a sub-discipline of biomedical engineering, medical physics or medicine, depending on the context. Research and development in the area of instrumentation, image acquisition, modeling and quantification are normally reserved for biomedical engineering, medical physics and computer science. Research in the application and interpretation of medical imaging is normally reserved for radiology and relevant medical sub-disciplines in the field of medical imaging. Many of the techniques developed for medical imaging are also scientific and industrial applications.<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Visi%C3%B3n_general._Objetivos/8/en&diff=5187Translations:Visión general. Objetivos/8/en2018-04-26T08:43:44Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div>===Context of the use===<br />
There are two possible contexts:</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos/en&diff=5185Visión general. Objetivos/en2018-04-26T08:43:28Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
==Overview==<br />
In the field of medicine, there are currently numerous medical imaging techniques that allow the recording of information from inside the human body by means of so-called non-invasive techniques, in which there are no instruments that physically penetrate the patient's body. An example of these noninvasive imaging techniques that are widely used is the use of X-rays. These methods produce information in the form of images, called '''medical imaging'''.<br />
<br />
=== Diagnostic imaging===<br />
Imaging allows doctors to look inside the body for signs of a pathology, since it allows them to observe anatomical structures in the living subject and study their movement in normal and abnormal activities.<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
As technology has advanced, new techniques have appeared. They allow us to generate three-dimensional representations of the interior of the human body. This 3D data is constructed from sequential series of 2D images. Likewise, the support in which these images are distributed is no longer physical, but digital, with its own file format and a specific distribution infrastructure: inter-hospital and interconsultation.<br />
</div><br />
<br />
The 3D Slicer software allows the representation of this information, generating 3D representations and facilitating the interpretation of data obtained by medical professionals.<br />
<br />
===Image types===<br />
<br />
A variety of devices and techniques can create images of structures and activities inside the human body. The type of imaging used by the medical professional will depend on your symptoms and the part of the body being examined. Here are some of them:<br />
<br />
* X-rays<br />
* Computerized tomography<br />
* Magnetic resonance<br />
* Ultrasound<br />
* Nuclear medicine techniques<br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
===Context of the use===<br />
</div><br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
=== Clinical Context ===<br />
In the clinical setting there are two professional profiles: on the one hand, the professional who is in charge of the acquisition of medical images with diagnostic quality and, on the other hand, the doctor who interprets these images and makes diagnostic decisions based on them. Depending on the device, and the immediacy of the data provided by it, the two profiles can be matched in one, with the doctor himself capturing the image and interpreting it.<br />
</div><br />
<br />
<div class="mw-translate-fuzzy"><br />
====Scientific research====<br />
As a field of scientific research, medical imaging is a sub-discipline of biomedical engineering, medical physics or medicine, depending on the context. Research and development in the area of instrumentation, image acquisition, modeling and quantification are normally reserved for biomedical engineering, medical physics and computer science. Research in the application and interpretation of medical imaging is normally reserved for radiology and relevant medical sub-disciplines in the field of medical imaging. Many of the techniques developed for medical imaging are also scientific and industrial applications.<br />
</div></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Visi%C3%B3n_general._Objetivos&diff=5182Visión general. Objetivos2018-04-26T08:41:47Z<p>Nayra Pumar: </p>
<hr />
<div><languages /><br />
<translate><br />
==Visión general== <!--T:1--><br />
Dentro del campo de la medicina existen en la actualidad numerosas técnicas de imagen médica que permiten el registro de información del interior del cuerpo humano mediante técnicas denominadas ''no invasivas'', en las cuales no hay instrumentos que penetren físicamente en el cuerpo del paciente. Un ejemplo de estas técnicas de imagen no invasivas y que está ampliamente extendido es el uso de las radiografías. Estos métodos producen información en forma de imágenes, denominada '''imagen médica'''.<br />
<br />
===Diagnóstico por imágenes=== <!--T:2--><br />
El diagnóstico por imágenes permite a los médicos observar el interior del cuerpo en busca de indicios sobre una patología, ya que permiten observar las estructuras anatómicas en el sujeto vivo y estudiar su movimiento en las actividades normales y anormales.<br />
<br />
<!--T:3--><br />
A medida que la tecnología ha ido avanzando, han aparecido nuevas técnicas que permiten generar representaciones tridimensionales del interior del cuerpo humano. Estos datos en 3D se construyen en base a series correlativas de imágenes 2D. Asimismo, el soporte en que se distribuyen estas imágenes ya no es físico, sino digital, con su propio formato de fichero y una infraestructura de distribución específica intrahospitalaria e interconsulta.<br />
<br />
<!--T:4--><br />
El software 3D Slicer permite la representación de esta información, generando las representaciones 3D y facilitando la interpretación de los datos obtenidos por parte de profesionales de la medicina.<br />
<br />
===Tipos de imagen=== <!--T:5--><br />
<br />
<!--T:6--><br />
Una variedad de aparatos y técnicas pueden crear imágenes de las estructuras y actividades en el interior del cuerpo humano. El tipo de imagen que utilice el profesional de la medicina dependerá de sus síntomas y la parte del cuerpo a examinar. Estas son algunas de ellas:<br />
<br />
<!--T:7--><br />
* Rayos X<br />
* Tomografía computarizada<br />
* Resonancia magnética<br />
* Ecografía<br />
* Técnicas de medicina nuclear<br />
<br />
===Contexto de utilización=== <!--T:8--><br />
Existen dos contextos posibles:<br />
<br />
====Contexto clínico==== <!--T:9--><br />
En el contexto clínico hay dos perfiles profesionales: por un lado el profesional que se encarga de la adquisición de las imágenes médicas con calidad de diagnóstico y por el otro lado, el médico que interpreta estas imágenes y toma decisiones de diagnóstico con respecto a estas. En función del dispositivo, y la inmediatez de los datos aportados por el mismo, los dos perfiles pueden coincidir en uno solo, siendo el propio facultativo el que captura la imagen y la interpreta.<br />
<br />
====Investigación científica==== <!--T:10--><br />
Como campo de investigación científica, la imagen médica constituye una subdisciplina de la ingeniería biomédica, la física médica o medicina, dependiendo del contexto: investigación y desarrollo en el área de instrumentación, adquisición de imágenes, etc. El modelado y la cuantificación están normalmente reservados a la ingeniería biomédica, física médica y ciencias de la computación; la investigación en la aplicación e interpretación de las imágenes médicas se reserva normalmente a la radiología y a las subdisciplinas médicas relevantes en la enfermedad médica o el área de ciencia médica (neurociencia, cardiología, psiquiatría, psicología, etc) bajo investigación. Muchas de las técnicas desarrolladas para la imagen médica son también aplicaciones científicas e industriales.<br />
</translate></div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Interfaz_gr%C3%A1fica_del_usuario_(GUI)/en&diff=3145Interfaz gráfica del usuario (GUI)/en2017-11-27T13:39:18Z<p>Nayra Pumar: Página creada con «====Toolbar==== On the toolbar, located below the menu, there is a selection for quick access to some of the most frequently used functions in the program:»</p>
<hr />
<div><languages/><br />
==GUI==<br />
<br />
The acronym GUI stands for Graphical User Interface, and refers to the way the program presents the information it handles to the user; more colloquially, it is defined as the appearance and layout of program windows.<br />
<br />
===Main components===<br />
<br />
This is the interface of 3D Slicer when it's just opened (<xr id="fig:IntGenerica" />):<br />
<br />
<figure id="fig:IntGenerica"><br />
[[File:Interface_1a.gif|none|thumb|<caption>Interfaz genérica</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
# Main menu<br />
# Toolbar<br />
# Modules panel<br />
# 3D visualization<br />
# 2D Display<br />
# Data window<br />
<br />
====Menús====<br />
The menu from which the files and all program functions are managed (<xr id="fig:MainMenu" />).<br />
<figure id="fig:MainMenu"><br />
[[File:Menu1.png|none|thumb|<caption>Main Menu</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
It consists of four sections:<br />
<br />
=====File=====<br />
(<xr id="fig:File" />)<br />
<br />
<figure id="fig:File"><br />
[[File:File.png|none|thumb|<caption>File</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
*''Add Data'': to load the contents of both files and folders. It allows you to open files in the format'' nrrd'','' mrml'' and'' vtk'' among others. The mrml (Medical Reality Markup Language) files are files that contain all the elements that make up a scene but are contained in a single file; the vtk (Visualization Tool Kit) and nrrd (Nearly Raw Raster Data) files contain multidimensional structures.<br />
*''DICOM'': to load DICOM format files and communicate with a PACS server.<br />
*''Download Sample Data'': it allows to download the sample files that come with the software, it is necessary an internet connection the first time that each file is opened, then they are stored on the hard disk.<br />
*''Save'': Saves the scene in which you are working or parts of it. You can save everything packed in a single file'' mrml'' or in individual files.<br />
*''Recently Loaded'': to open the latest files/scenes that have been worked with<br />
*''Close Scene'': Close the scene.<br />
*''Exit'': Exit the program.<br />
<br />
=====Edit=====<br />
(<xr id="fig:Edit" />)<br />
<br />
<figure id="fig:Edit"><br />
[[File:Edit.png|none|thumb|<caption>Edit</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
* '' Application settings '': opens the window with the program's customization options<br />
* '' Cut '': Cut selected item to clipboard<br />
* '' Copy '': copies the selected element to the clipboard<br />
* '' Paste '': paste from the clipboard<br />
<br />
=====View=====<br />
(<xr id="fig:View" />)<br />
<br />
<figure id="fig:View"><br />
[[File:View.png|none|thumb|<caption>View</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
* ''Extension Manager'': Extension manager<br />
* ''Module Panel'': enable or disable visibility of the module panel<br />
* ''Python Interactor'': Open the Python console window<br />
* ''Toolbars'': select the sections of the taskbar to display<br />
* ''Layout'': change the layout of the different windows of the program<br />
* ''Reset to default'': return to the initial display options<br />
* ''Home'': return to the welcome module<br />
* ''Error Log'': consult the error log<br />
<br />
=====Help=====<br />
<br />
(<xr id="fig:Help" />)<br />
<br />
<figure id="fig:Help"><br />
[[File:Help.png|none|thumb|<caption>Help</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
* ''Keyboard Shortcuts'': list of keyboard shortcuts<br />
* ''Interface Documentation'': online, opens the Slicer website of the program documentation<br />
* ''Browse tutorials'': online, opens the Slicer tutorials website<br />
* ''Slicer Publications'': online, opens the Slicer Publications website<br />
* ''Visual Blog'': online, open Slicer's blog<br />
* ''Report a Bug'': send error log to developers<br />
* ''About 3D Slicer'': opens the program information screen<br />
<br />
====Toolbar====<br />
On the toolbar, located below the menu, there is a selection for quick access to some of the most frequently used functions in the program:<br />
<br />
=====Load/Save=====<br />
(<xr id="fig:LoadSave" />)<br />
<figure id="fig:LoadSave"><br />
[[File:Toolbar01.png|none|thumb|<caption>Load/Save</caption>]]<br />
</figure><br />
*DATA: DATA: Load files or folders, it is equivalent to the command'' Add Data'' of the file menu.<br />
*DCM: for loading DICOM files.<br />
*SAVE: Saves the scene or files in use, it is equivalent to the command''' Save'' of the menu file.<br />
<br />
=====Module Selection=====<br />
(<xr id="fig:ModuleSelection" />)<br />
<figure id="fig:ModuleSelection"><br />
[[File:Toolbar02.png|none|thumb|<caption>Module Selection</caption>]]<br />
</figure><br />
*magnifying glass: allows you to search for modules by name<br />
*Dropdown: Displays all modules installed in Slicer. First it shows the most common ones and then, by means of side pull-ups, it shows the complete list of all available ones.<br />
*Last modules: it allows you to navigate between the last modules used<br />
*previous: go backwards in the navigation between modules in the module panel<br />
*next: go back forward in the navigation between modules in the module panel<br />
<br />
=====Favorite Modules=====<br />
(<xr id="fig:FavoriteModules" />)<br />
<figure id="fig:FavoriteModules"><br />
[[File:Toolbar03.png|none|thumb|<caption>Favorite Modules</caption>]]<br />
</figure><br />
Displays a default selection of the most general Slicer modules, these are: data, transformations, volumes and models<br />
<br />
=====Layout Selection=====<br />
(<xr id="fig:LayoutSelection" />)<br />
<figure id="fig:LayoutSelection"><br />
[[File:Toolbar04.png|none|thumb|<caption>Layout Selection</caption>]]<br />
</figure><br />
Used to switch between the different display options of the program interface, changing the window layout. Equivalent to the View menu command.<br />
<br />
=====Mouse Interaction=====<br />
(<xr id="fig:MouseInteraction" />)<br />
<figure id="fig:MouseInteraction"><br />
[[File:Toolbar05.png|none|thumb|<caption>Mouse Interaction</caption>]]<br />
</figure><br />
Used to change the behavior of the mouse pointer. The options are:<br />
*Personalized: the way we want it to be permanent, by default it will be Fiducial<br />
*Ruler: by means of two clicks on the scene it is possible to measure the distance between the two marked points.<br />
*ROI: delimit a 3D box on the scene, containing a part of the model that we want to highlight<br />
*Fiducial: to manipulate the scene: rotate, zoom in... (it's the default mode)<br />
<br />
=====Capture/Restore=====<br />
(<xr id="fig:CaptureRestore" />)<br />
<figure id="fig:CaptureRestore"><br />
[[File:Toolbar06.png|none|thumb|<caption>Capture/Restore</caption>]]<br />
</figure><br />
Used for capturing screen images.<br />
=====Crosshair Selection=====<br />
(<xr id="fig:Crosshair Selection" />)<br />
<figure id="fig:Crosshair Selection"><br />
[[File:Toolbar07.png|none|thumb|<caption>Crosshair Selection</caption>]]<br />
</figure><br />
Switches between the different reticle/crosshair options, used especially in 2D display windows to know the exact position of the mouse cursor.<br />
=====Extensions=====<br />
(<xr id="fig:Extensions" />)<br />
<figure id="fig:Extensions"><br />
[[File:Toolbar08.png|none|thumb|<caption>Extensions</caption>]]<br />
</figure><br />
Opens the extensions manager, it is equivalent to the View menu command.<br />
=====Sequence browser=====<br />
(<xr id="fig:Sequencebrowser" />)<br />
<figure id="fig:Sequencebrowser"><br />
[[File:Toolbar09.png|none|thumb|<caption>Sequence browser</caption>]]<br />
</figure><br />
Video stream playback controls.<br />
<br />
====Module panel====<br />
<br />
Window in which the options of the active module are shown. This window can be de-anchored from the main program window to gain more screen space. The selection of the module to be worked with is done from the drop-down panel of the toolbar (<xr id="fig: ModulesList" />); this panel shows first a list of the most relevant modules and then the complete list of all the modules installed in our version of Slicer 3D.<br />
<br />
<figure id="fig:ModulesList"><br />
[[File:ModulesList.png|none|thumb|<caption>Modules list</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
As the content of this panel varies according to the module being worked on at any given time, its parts will be described when explaining each of the modules to be used in this course.<br />
<br />
=====Data Probe=====<br />
<br />
Located at the bottom of the module panel, it is always visible regardless of the selected module. Shows spatial information about the position of the mouse pointer when it is over one of the 2D display windows:<br />
<br />
<figure id="fig:DataProbe"><br />
[[Archivo:DataProbe.png|none|thumb|<caption>Data Probe</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
====Axes of visualisation====<br />
<br />
It is important to review the axes according to which the objects are oriented in Slicer, these axes are the ones traditionally used in radiology and are those represented in the <xr id="fig: Axes" />, defined in that order:<br />
<br />
<figure id="fig:Ejes"><br />
[[Archivo:Ejes.png|right|thumb|<caption>Ejes</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
* '''R-L''' (Right-Left): corresponds to the sagittal plane.<br />
* '''A-P''' (Anterior-Posterior): corresponding to the coronal plane.<br />
* '''S-I''' (Superior-Inferior): corresponding to the axial plane<br />
<br />
======Data Probe window information======<br />
<br />
In the case of the <xr id="fig: DataProbe" /> image, the mouse pointer was located on the red 2D window, on a pixel defined by the RAS coordinates, these are established while the patient is standing and looking at the observer:<br />
*R 49.3: on the axis from left to right of the patient<br />
*P 35.2: on the axis from front to rear of the patient<br />
*I 35.0: on the axis from top to bottom of the patient<br />
<br />
The letter designating the axis indicates in which direction the coordinates grow.<br />
<br />
To the right of this first line of text indicates what flat is showing in the window, and the spaced between the sections of the same; this will come determined by the file of data with which was working .<br />
<br />
The other three lines give information, if there is it, on the label ('''L'''*abel), first plane ('''*F'''*oreground) and bottom ('''*B'''*ackground); if there is not information for this field, will show the indication ''*None'', in contrary case will show the name of the volume and the coordinates *IJK of the pixel on which is situated the mouse together with the value of the tone of grey corresponding.<br />
<br />
The IJK coordinates refer to the specific section and not to the set of sections, they will be discussed later.<br />
<br />
====3D Visualization====<br />
<br />
Where the three-dimensional reconstruction of the loaded data is shown.<br />
<br />
<figure id="fig:Pantalla3d"><br />
[[Archivo:Pantalla3d1.png|none|thumb|<caption>3D view</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
==== Visualization options ====<br />
<br />
<figure id="fig:Opciones"><br />
[[Archivo:Pantalla3d2.png|none|thumb|<caption>Visualization options</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
En la parte izquierda del menú nos muestra los tres ejes de visualización, esto sirve para re-orientar la vista en 3D activa en ese momento. Haciendo click sobre la inicial del extremo del eje nos pasa la vista 3D al eje y orientación seleccionado, lo cual es útil cuando se ha estado manipulando la vista 3D y se quiere volver a tenerla presentada en una orientación conocida.<br />
<br />
El resto de opciones, enumeradas por filas, son:<br />
*Fila 1<br />
**Centrar la vista 3d en la pantalla<br />
**Cambiar entre renderizado ortográfico o en perspectiva<br />
**mostrar/ocultar reglas<br />
**Opciones para gafas y pantallas 3D<br />
*Fila 2<br />
**Aumentar zoom<br />
**Rotar la vista 3D horizontalmente<br />
**Mostrar/Ocultar las marcas de orientación de los ejes de representación<br />
**Mostar FPS<br />
*Fila 3<br />
**Disminuir zoom<br />
**Balancear la vista 3D horizontalmente<br />
**Opciones gráficas de la ventana (etiquetas de los ejes, fondo, color...)<br />
<br />
=====Opciones de ratón=====<br />
*Botón izquierdo<br />
**click sostenido: para rotar libremente en los tres ejes la vista en 3D<br />
*Botón derecho<br />
**click sostenido arriba-abajo: acerca o aleja la vista en 3D<br />
**click sostenido derecha-izquierda: no tiene efecto<br />
<br />
====Visualización 2D====<br />
<br />
La información representada en estas ventanas resultará seguramente más familiar a los profesionales de la medicina acostumbrados a trabajar con las imágenes de las secciones anatómicas que resultan de un escáner.<br />
<br />
<figure id="fig:Vista2D"><br />
[[File:Pantalla2d.png|none|thumb|<caption>2D View</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
=====Ejes de visualización=====<br />
<br />
En las tres vistas en 2D disponibles, cada una de las sub-ventanas se identifica por su color: rojo, amarillo y verde. Por defecto en cada una de las ventanas aparece cada uno de los tres diferentes planos de visualización:<br />
* Axial: rojo, corresponde al eje S-I<br />
* Sagital: amarillo, corresponde al eje L-R<br />
* Coronal: verde, A-P<br />
<br />
Esta asignación de planos a cada ventana se puede cambiar según las necesidades del usuario, pudiendo mostrarse en estas ventanas representaciones completamente ajenas a los tres planos de los que se ha hablado hasta ahora.<br />
<br />
<figure id="fig:Vista2Db"><br />
[[File:Pantalla2db.png|none|thumb|<caption>2D View_detail</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
=====Opciones de visualización=====<br />
Haciendo click en el botón con el dibujo de chincheta en la esquina superior izquierda de la ventana se despliega el menú con la información de la vista mostrada en la ventana:<br />
<br />
<figure id="fig:Vista2Dc"><br />
[[File:Pantalla2dc.png|none|thumb|<caption>2D View_menu</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
*Anillos abiertos/cerrados: enlaza/desenlaza las opciones de visualización entre las tres ventanas 2D<br />
*Ojo abierto/cerrado: muestra/oculta en la vista 3D la sección correspondiente, lo cual resulta muy útil para conocer de forma rápida qué lugar del modelo 3D estamos viendo en esta ventana<br />
*Desplegable con el nombre del plano que se está representando<br />
*Desplegable con los volúmenes disponibles en la escena que tengamos abierta en ese momento en el Slicer<br />
<br />
Continuando con la barra superior de la <xr id="fig:Vista2Dc" /><br />
*La letra R, Y o G identifica la ventana, como la roja (R: red), la amarilla (Y: yellow) o la verde (G: green).<br />
*El siguiente icono ajusta la imagen a toda la ventana, restaurando el nivel de zoom si este ha variado.<br />
*Desplazando a la derecha e izquierda el tirador de la barra superior de la ventana se mostrará la sección correspondiente al plano de representación a lo largo de su eje. En el extremo derecho de la barra superior aparece, en este caso, la letra R, que corresponde al eje R-L; la ventana roja tiene la letra S, correspondiente al eje S-I y la verde la letra A, correspondiente al eje A-P (ver <xr id="fig:Vista2D" />). El número que acompaña a esta letra nos indica la posición de la imagen a lo largo de su eje de la sección mostrada.<br />
<br />
=====Capas=====<br />
<br />
En cada ventana de visualización 3D se muestran 3 capas. al hacer click en el icono '''>>''' (está junto a la chincheta) se despliega el menú de capas (ver <xr id="fig:3capas" />): <br />
<br />
<figure id="fig:3capas"><br />
[[File:M1L1E1-11.png|none|thumb|<caption>Layers</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Las capas son las siguientes:<br />
*FG (foreground): capa frontal<br />
*BG (background): capa de fondo<br />
*L (Label): mapa de etiquetas<br />
<br />
Cuando se carga un volumen, por defecto, este se muestra en la capa BG; y si se carga un conjunto de etiquetas, se mostrará en la capa L.<br />
<br />
=====Opciones de ratón=====<br />
*Botón izquierdo<br />
**click sostenido arriba-abajo: cambia el brillo de la imagen en las tres ventanas simultáneamente<br />
**click sostenido derecha-izquierda: cambia la saturación de la imagen en las tres ventanas simultáneamente<br />
*Botón derecho<br />
**click sostenido arriba-abajo: acerca o aleja la vista en 2D<br />
**click sostenido derecha-izquierda: no tiene efecto<br />
<br />
====Barra de progreso y registro de errores====<br />
<br />
Situada en la parte inferior de la ventana inferior de Slicer 3D, en ella se mostrarán mensajes de estado.<br />
<br />
<figure id="fig:ErrorBar"><br />
[[File:Barra.png|none|thumb|<caption>Status Bar</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Haciendo click en el botón rojo de la esquina inferior derecha se accede al registro de errores, donde se muestran los diferentes mensajes que ha generado el programa desde que se ha iniciado:<br />
<br />
<figure id="fig:ErrorLog"><br />
[[File:ErrorLog.png|none|thumb|<caption>Error Log</caption>]]<br />
</figure><br />
<br />
Se puede filtrar en función de:<br />
*Errores<br />
*Advertencias<br />
*Mensajes</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Interfaz_gr%C3%A1fica_del_usuario_(GUI)/22/en&diff=3144Translations:Interfaz gráfica del usuario (GUI)/22/en2017-11-27T13:39:16Z<p>Nayra Pumar: Página creada con «====Toolbar==== On the toolbar, located below the menu, there is a selection for quick access to some of the most frequently used functions in the program:»</p>
<hr />
<div>====Toolbar====<br />
On the toolbar, located below the menu, there is a selection for quick access to some of the most frequently used functions in the program:</div>Nayra Pumarhttps://mt4sd.ulpgc.es/slicer-int/index.php?title=Translations:Interfaz_gr%C3%A1fica_del_usuario_(GUI)/50/en&diff=3143Translations:Interfaz gráfica del usuario (GUI)/50/en2017-11-27T12:00:09Z<p>Nayra Pumar: Página creada con «<figure id="fig:Opciones"> <caption>Visualization options</caption> </figure>»</p>
<hr />
<div><figure id="fig:Opciones"><br />
[[Archivo:Pantalla3d2.png|none|thumb|<caption>Visualization options</caption>]]<br />
</figure></div>Nayra Pumar