Slicer-Int - Contribuciones del usuario [es]

Segment Editor/en

2018-09-03T10:43:04Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click on ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Choose the desired language
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Segment Editor/fr

2018-09-03T10:42:55Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentation d'os===
Présentation des outils ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' et ''Islands'' sur un exemple de segmentation des phalanges du pied.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Segment Editor

2018-08-31T13:52:27Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos == 
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:


'''1.''' Click en ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]


'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]


'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso=== 
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Translations:Segment Editor/30/fr

2018-08-31T13:52:02Z

Sysadmin: Página creada con «===Segmentation d'os=== Présentation des outils ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' et ''Islands'' sur un exemple de segmentation des phalanges du pied. <y...»

===Segmentation d'os===
Présentation des outils ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' et ''Islands'' sur un exemple de segmentation des phalanges du pied.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:52:02Z

Translations:Segment Editor/29/fr

2018-08-31T13:50:57Z

Sysadmin: Página creada con «'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité frame»

'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité
[[File:Sub3.png|center|frame]]

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:50:57Z

Sysadmin: Página creada con «'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité frame»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Sélectionner l'idiome souhaité
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Translations:Segment Editor/28/fr

2018-08-31T13:50:38Z

Sysadmin: Página creada con «'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC'' frame»

'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:50:38Z

Sysadmin: Página creada con «'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC'' frame»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Cliquez sur ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Translations:Segment Editor/27/fr

2018-08-31T13:50:25Z

Sysadmin: Página creada con «'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite. frame»

'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:50:25Z

Sysadmin: Página creada con «'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite. frame»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

'''1.''' Cliquez sur ''settings'' dans la barre de vidéo en bas à droite.
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Translations:Segment Editor/26/fr

2018-08-31T13:49:58Z

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== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

Segment Editor/fr

2018-08-31T13:49:58Z

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
*Ajouter: crée une nouvelle segmentation
*Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
*Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
*Segmentations: conduit au module de ce nom.

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module '''Segment Editor''' lui-même, mais la troisième est l'extension '''SegmentEditorExtraEffects''', qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

=====primera fila=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
*Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
*Draw: dessiner des contours pour dessiner.
*Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
*Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
*Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
*Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
*Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

=====Deuxième file=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
*Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
**Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
**Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
**Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
**Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
**Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
*Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
*Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
**Keep largest island: conserve la plus grande île
**Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
**Split islands into segments: sépare les îles en segments
**keep selected island: conserve l'île sélectionnée
**Remove selected island: efface l'île sélectionnée
**Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
*Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
**Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
**Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
**Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
**Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
**Invert: inverse le segment sélectionné
**Clear: efface le segment sélectionné
**Fill: remplir le segment sélectionné
*Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
*Flood filling: remplissage de la zone par ''inondation'' à travers les voxels avec une intensité similaire.

=====tercera fila: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
*Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
*Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)

==Documentation en Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en anglais)

== Flux de travail ==

Avant la segmentation

*Avec le module ''Crop Volume'' vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
*Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.

Procédure

*Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
*Délimitez-le grossièrement avec l'outil ''Peinture''.
*Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
*Appliquer l'effet ''Grow from seeds'' pour générer automatiquement les segmentations.

Raffiné
* En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.

== Exemples ===
Les exemples vidéo servent à vous montrer comment fonctionnent les outils de l'éditeur, d'une manière dynamique et pratique.
====Langue sous-titres====
Les vidéos sont présentées sans audio, avec des textes sous-titrés en anglais, français et espagnol. Pour changer la langue des sous-titres affichés, suivez les étapes ci-dessous :

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/fr| MENU]]

Translations:Segment Editor/29/en

2018-08-31T13:49:25Z

Sysadmin: Página creada con «'''3.''' Choose the desired language frame»

'''3.''' Choose the desired language
[[File:Sub3.png|center|frame]]

Segment Editor/en

2018-08-31T13:49:25Z

Sysadmin: Página creada con «'''3.''' Choose the desired language frame»

Translations:Segment Editor/28/en

2018-08-31T13:49:22Z

Sysadmin: Página creada con «'''2.''' Click on ''Subtitles/CC'' frame»

'''2.''' Click on ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

Segment Editor/en

2018-08-31T13:49:22Z

Sysadmin: Página creada con «'''2.''' Click on ''Subtitles/CC'' frame»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click on ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Translations:Segment Editor/27/en

2018-08-31T13:49:19Z

Sysadmin: Página creada con «'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window frame»

'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window
[[File:Sub1.png|center|frame]]

Segment Editor/en

2018-08-31T13:49:19Z

Sysadmin: Página creada con «'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window frame»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

'''1.''' Click on ''settings'' on the lower bar on the video window
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Translations:Segment Editor/26/en

2018-08-31T13:49:13Z

Sysadmin: Página creada con «=== Examples === The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way. ======Language subtitles======= The videos are presented...»

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

Segment Editor/en

2018-08-31T13:49:13Z

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

=== Examples ===
The video examples serve to show you how the editor's tools work, in a dynamic and convenient way.
======Language subtitles=======
The videos are presented without audio, with the texts in English, French and Spanish subtitles. To change the language of the displayed subtitles, follow the steps below:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Translations:Segment Editor/30/en

2018-08-31T13:48:29Z

Sysadmin: Página creada con «===Bone segmentation=== Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones. <youtube>http...»

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

Segment Editor/en

2018-08-31T13:48:29Z

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
==Module Segment Editor==

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interface===
The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):

<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>

The functions of these buttons are quite intuitive:
* Add: creates a new segmentation
* Remove: removes the selected segmentation
* 3D show: shows active 3D segmentations
* Segmentations: leads to the module of that name

====Effects====

<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>

The first two rows of icons correspond to the '''Segment Editor'' module itself, but the third is the '''SegmentEditorExtraEffects''' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

=====first fow=====
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>

*None: returns the pointer to its default behavior
*Paint: Paint (select) areas of the image
*Draw: draw contours for drawing
*Erase: erases the zones marked with the two previous tools
*Level tracing: traces areas of similar intensity
*Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
*Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
*Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

=====second row=====
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>

*Margin: Enlarges or contracts the selection in a fixed increment
**Smoothing: smoothes the surface of the selection, eliminating bumps and holes. It has several application parameters:
**Medium: eliminates small details while preserving as much contour as possible.
**Opening: eliminates packages smaller than the specified size.
**Closing: fills holes smaller than the specified size.
**Gaussian: softens all the contours, at the cost of contracting the segment.
**Joint smoothing: applied to multiple segments simultaneously, to smooth them out and eliminate gaps between them.
*Scissors: cuts (removes) parts of the selection
*Islands: manipulates the independent surfaces within the segmentation. Its settings are listed below, and their effect will vary depending on the mask used: everywhere (everywhere), inside all segments (affects only the segmentations), inside all visible segments (affects only the visible segmentations), outside all segments (affects only what is not part of the segmentation) and outside all visible segments (affects only what is not part of the visible segmentation).
**Keep largest island: retains the largest island
**Remove small islands: removes all islands smaller than the specified size
**Split islands into segments: separates the islands into segments
**Keep selected island: keeps the selected island
**Remove selected island: removes the selected island
**Add selected island: adds the selected island to the segmentation you are working on
*Logical operators: operations with logical operators between segmentations
**Copy: replaces the selected segment with the modifier
**Add: adds the modifier segment to the selected one
**Substract: substracts the selected segment by the modifier
**Intersect: intersects the selected segment with the modifier
**Invert: inverts the selected segment
**Clear: Deletes the selected segment
**Fill in the selected segment
*Fast marching: Expands the selected segment to regions with similar intensity.
*Flood filling: filling of area by''flooding'' through the voxels with similar intensity

=====third row: extra effects=====
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>

*Mask volume: Use the selected segment as a mask. The mask is applied to the default master volume.
The inner and outer filling operation creates a binary label map volume as output, with the inner and outer filling values modifiable. (from the tool description)
*Surface cut: Use reference marks to fill in a segment. The surface is generated from the placed points. (from the tool description)
*Watershed: Grows segments to create a complete segmentation. The location, size and shape of the initial segments and the content of the master volume are taken into account. The final segment limits will be set where the master volume brightness changes sharply. (from the tool description)

==Documentation in Slicer.org==

[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]]

== Workflow ==

Before the segmentation

*With the '''Crop Volume''' module check that the resolution in the three dimensions is the same
*In the same module, adjust the ROI to the area to be worked on, in order to reduce the processing load.

Procedure

*Create a new segmentation for each anatomical structure
*Delimit it roughly with the tool '''Paint'''.
*Repeat the previous two steps with each of the segmentations to be created
*Apply the '''Grow from seeds''' effect to automatically generate the segmentations

Reffination
*Using the effects of the second row of tools, adjust the automatically generated segmentations to match the desired anatomical reality

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Bone segmentation===
Introduction of the tools ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' and ''Islands'' on a segmentation example of foot bones.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/en| MENU]]

Segment Editor

2018-08-31T13:45:32Z

Sysadmin: Se marcó esta sección para su traducción

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos == 
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:


'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]


'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]


'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso=== 
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:45:18Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.''' Click en ''Subtitles/CC''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.''' Seleccionar el idioma deseado
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:44:25Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

'''1.''' Click on ''settings'' en la barra del vídeo abajo a la derecha
[[File:Sub1.png|center|frame]]

'''2.'''
[[File:Sub2.png|center|frame]]

'''3.'''
[[File:Sub3.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
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</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:43:18Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:
[[File:Sub1.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


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Segment Editor

2018-08-31T13:43:01Z

Sysadmin:

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<languages />
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==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
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Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
====Idioma subtítulos====
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:
[[File:Subs1.png|center|frame]]

===Segmentación de hueso===
Presentación de las herramientas ''Scissors'', ''Threshold'', ''Logical operators'' e ''Islands'' en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Archivo:Sub3.png

2018-08-31T13:40:36Z

Sysadmin:

Archivo:Sub2.png

2018-08-31T13:40:17Z

Sysadmin:

Archivo:Sub1.png

2018-08-31T13:40:08Z

Sysadmin:

Segment Editor

2018-08-31T13:37:10Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
===Segmentación de hueso===

<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&hl=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

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Segment Editor

2018-08-31T13:35:31Z

Sysadmin:

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==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
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===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
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Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
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*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
===Segmentación de hueso===

<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ?cc_load_policy=1&cc_lang_pref=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:35:02Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
===Segmentación de hueso===

<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQcc_load_policy=1&cc_lang_pref=fr</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:33:51Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
===Segmentación de hueso===

<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ&yt:cc=on</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Segment Editor

2018-08-31T13:32:35Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>
==Módulo Segment Editor== 


Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (<xr id="fig:ModuleSegmentEditor" />)


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor">
[[File:Captura1.png|center|frame|<caption>Module Segment Editor</caption>]]
</figure>

===Interfaz=== 
Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.


Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(<xr id="fig:ModuleSegmentEditor2" />):


<figure id="fig:ModuleSegmentEditor2">
[[File:Captura2.png|center|frame|<caption>Segments bar</caption>]]
</figure>


Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:
* Add: crea una nueva segmentación
* Remove: elimina la segmentación seleccionada
* Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
* Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

====Effects==== 


<figure id="fig:Effects">
[[File:Captura3.png|center|frame|<caption>Effects</caption>]]
</figure>


Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo '''Segment Editor''' propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión '''SegmentEditorExtraEffects''', la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

=====primera fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow1">
[[File:Fila1.png|center|frame|<caption>Effects row1</caption>]]
</figure>


*None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
*Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
*Draw: delimita contornos para dibujar
*Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
*Level tracing: traza zonas de intensidad similar
*Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
*Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
*Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

=====segunda fila===== 
<figure id="fig:EffectsRow2">
[[File:Fila2.png|center|frame|<caption>Effects row2</caption>]]
</figure>


*Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
*Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
**Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
**Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
**Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
**Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
**Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
*Scissors: corta (elimina) partes de la selección
*Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
**Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
**Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
**Split islands into segments: separa las islas en segmentos
**keep selected island: conserva la isla seleccionada
**Remove selected island: elimina la isla seleccionada
**Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
*Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
**Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
**Add: añade el segmento modificador al seleccionado
**Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
**Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
**Invert: invierte el segmento seleccionado
**Clear: borra el segmento seleccionado
**Fill: rellena el segmento seleccionado
*Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
*Flood filling: relleno de área por ''inundación'' a través de los vóxeles con intensidad similar

=====tercera fila: extra effects===== 
<figure id="fig:EffectsRow3">
[[File:Fila3.png|center|frame|<caption>Effects row3: extra effects</caption>]]
</figure>


*Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
*Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
*Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

==Documentación en Slicer.org== 


[[http://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/module_segmenteditor.html Segment Editor]] (en inglés)

== Flujo de trabajo == 


Previo a la segmentación


*Con el módulo '''Crop Volume''' comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
*En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado


Procedimiento


*Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
*Delimitarla de forma aproximada con la herramienta '''Paint'''
*Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
*Aplicar el efecto '''Grow from seeds''' para generar automáticamente las segmentaciones


Refinado
*Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

== Ejemplos ==
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
===Segmentación de hueso===

<youtube>https://youtu.be/kZ5-krQcRNQ</youtube>


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Translations:Registrado/34/fr

2018-08-30T13:16:24Z

Sysadmin: Página creada con «Lors de la détermination des points communs aux deux images, il peut être nécessaire de se déplacer entre les différentes tranches des trois vues disponibles pour que...»

Lors de la détermination des points communs aux deux images, il peut être nécessaire de se déplacer entre les différentes tranches des trois vues disponibles pour que les mêmes informations anatomiques soient affichées dans les images A et B.

Registrado/fr

2018-08-30T13:16:24Z

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />

==Registration==
L'enregistrement (Registration) est le processus par lequel deux images médicales prises à des moments différents, correspondant à la même partie du corps et généralement au même patient, sont superposées par coïncidence afin de vérifier l'évolution d'une blessure/maladie/opération.

Grâce à cette comparaison d'images, les différences entre les deux sont étudiées, mais pour que cela soit possible de la manière la plus intuitive possible, la coïncidence de chevauchement doit être réalisée aussi précisément que possible. Ceci doit être fait avec deux images qui, en plus d'être prises à des moments différents, peuvent provenir d'équipements différents (un autre modèle de scanner, par exemple) et où il n'est pas possible de garantir que la position dans laquelle le patient a été placé était exactement la même (variations d'orientation et de déplacement).

Un résumé des scénarios d'enregistrement possibles est :
*Structures anatomiques quasi-correspondantes : deux images dans lesquelles les mêmes structures anatomiques, de taille similaire, sont présentes dans les deux.
*Variations de la taille du patient : en particulier dans le cas des enfants, où la croissance naturelle entraîne des différences dans la taille du corps entier.
*structures anatomiques avec différents volumes : lorsqu'il s'agit d'étudier l'évolution d'une masse tumorale qui s'est développée au fil du temps, elle a augmenté de volume dans l'une des images (elle peut être la plus récente ou la plus ancienne) et peut avoir déplacé d'autres structures anatomiques ou organes adjacents.
*des structures anatomiques inexistantes : après une intervention chirurgicale (ou un traitement) dans laquelle une partie du tissu (organe, tumeur, os, etc.) a été enlevée, il faut comparer des paires d'éléments qui n'existent pas dans une des images.

===Description de la procédure===

En général, la procédure à suivre est de charger les deux images l'une à côté de l'autre, d'identifier les points communs dans chacune d'elles (les points sont appariés, l'un est pris dans l'image A et l'autre dans l'image B). Si les deux images ont la même orientation, aucune distorsion ne sera nécessaire pour les faire correspondre, mais ce n'est généralement pas le cas. Ensuite, vous devez choisir laquelle des deux images avec lesquelles vous travaillez (A ou B) appliquera une distorsion pour obtenir une coïncidence totale.

Lors de la détermination des points communs aux deux images, il peut être nécessaire de se déplacer entre les différentes tranches des trois vues disponibles pour que les mêmes informations anatomiques soient affichées dans les images A et B.

===Modules===

Les modules d'enregistrement se trouvent dans la moitié inférieure du menu déroulant du module (<xr id="fig:Registrado" />), ils sont regroupés sous le nom''Registration'' :

<figure id="fig:Registrado">
[[File:Reg01.png|none|thumb|<caption>registration modules</caption>]]
</figure>

Traditionnellement, l'imagerie cérébrale a été utilisée, c'est pourquoi plusieurs modules sont orientés vers ces cas spécifiques.

====Terminologie====
* Landmark: points représentatifs de l'image (sélectionnés par l'utilisateur dans les deux images) pour assurer la coïncidence.
* Fixed volume: image qui ne va subir aucune transformation.
* Moving volume: image à transformer pour correspondre à celle sélectionnée comme''volume fixe''.

==Exemple: landmark registration==
===Charge de volumes===
Une fois que les deux ensembles d'images sont chargés, le module ''Registration\Landmark registration''' est ouvert. A ce moment, le module demande à l'utilisateur de déterminer quel sera le ''fixed volume'' et le''moving volume'' (<xr id="fig:Registrado2" />) en utilisant les listes déroulantes, en cliquant sur chacun d'eux vous pouvez voir quels sont les volumes chargés dans la scène actuelle et sélectionner le volume correspondant.

<figure id="fig:Registrado2">
[[File:Reg02.png|none|thumb|<caption>fixed and moving volumes</caption>]]
</figure>

La disposition de l'écran devient une grille de 3x3 (<xr id="fig:Registrado3" />). Par colonnes, les vues axiale, coronale et sagittale sont affichées dans les colonnes 1, 2 et 3 (c'est la disposition par défaut, à moins que l'utilisateur ne décide de la modifier). Par lignes le ''fixed volume'' dans la ligne 1 est affiché, le ''moving volume'' dans la ligne 2 et le résultat du chevauchement des deux dans la ligne 3, qui sera renommé ''-transformed''.

<figure id="fig:Registrado3">
[[File:Reg03.png|none|thumb|<caption>registration layout</caption>]]
</figure>

===Sélection layout===
Si vous souhaitez modifier cette disposition, cela se fera à partir du panneau des modules, en modifiant les options suivantes (<xr id="fig:Registrado4" />). Si l'une des vues n'est pas pertinente, vous pouvez la désactiver et ainsi ne prendre aucun espace à l'écran, contrôler la transparence de l'image superposée et même le zoom :

<figure id="fig:Registrado4">
[[File:Reg04.png|none|thumb|<caption>layout</caption>]]
</figure>

<xr id="fig:Registrado2" />.
Aussi, si vous voulez changer les volumes avec lesquels vous travaillez, un peu plus haut sur le panneau du module, en utilisant le bouton '''Select volumes to register''', vous retournerez au menu de sélection décrit dans

Par exemple, en sélectionnant ''Coronal'' le layout reste ainsi (<xr id="fig:Registrado5" />):

<figure id="fig:Registrado5">
[[File:Reg05.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

===Landmarks===
Les points de correspondance, ou landmarks, sont ajoutés à la section ''Landmarks'' du panneau du module, situé juste en dessous de ceux décrits ci-dessus. (<xr id="fig:Registrado6" />).

<figure id="fig:Registrado6">
[[File:Reg06.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

Appuyez sur le bouton ADD et placez le point (le curseur change automatiquement et nous sommes en mode fiducial) sur le ''fixed volume'' en cliquant sur l'endroit désiré. Le programme placera automatiquement le même point (appelé L-0 dans l'image d'exemple) dans le ''moving volume''. Idéalement, ces points devraient être placés sur des éléments représentatifs des deux images et facilement identifiables.

Maintenant, comme le montre l'image (<xr id="fig:Registrado7" />), l'utilisateur a mis le point dans la vue de la première colonne (vert) et Slicer a mis le point dans la vue de la deuxième colonne (jaune). Le landmark du ''moving volume'' n'est pas au même endroit que l'image du ''fixed volume'' (Slicer le place simplement dans les mêmes coordonnées, sans tenir compte de l'image et de ce qu'il représente), donc pour corriger son emplacement, cliquez sur le bouton REFINE LANDMARK qui se trouve juste en dessous de la liste des repères présents dans le registre actuel. Ensuite, nous pouvons déplacer manuellement, en cliquant et en faisant glisser, le landmark du ''moving volume'' jusqu'à la position que nous considérons visuellement correcte.

<figure id="fig:Registrado7">
[[File:Reg07.png|none|thumb|<caption>landmak point</caption>]]
</figure>

Nous continuons à ajouter des landmarks jusqu'à ce que nous considérons que nous avons mis les nécessaires pour l'ajustement correct des deux images, à ce point du processus de travail, nous aurons un ensemble de points (<xr id="fig:Registrado8" />), qui sont définis par leur nom. Ils peuvent être sélectionnés en cliquant sur le curseur avec l'icône ''crosshair'' (reticule) et supprimés avec l'icône de la poubelle.

<figure id="fig:Registrado8">
[[File:Reg08.png|none|thumb|<caption>landmak list</caption>]]
</figure>

Le raffinement des repères peut être basé sur deux méthodes de raffinage, BRAINSFit et SimpleITK, mais aucune de ces méthodes ne peut remplacer l'opérateur et ses critères.

===Registration===

Il n'y a pas de canon qui détermine la méthode d'enregistrement à appliquer, puisqu'elle dépend de différents facteurs dans chaque cas, tels que le type d'images avec lesquelles vous travaillez, leur qualité, l'anatomie que vous visualisez et les résultats attendus. Une méthode standard et assez ouverte à la configuration par l'utilisateur est le ''Affine Registration'' (<xr id="fig:Registrado9" />), qui permet ces trois niveaux de réglage :
*Rigid : permet les traductions et les rotations.
*Similarity : rigide + changement d'échelle uniforme
*Affine : Similarité + déformation (shear)
La transformation affine est également appelée transformation linéaire et est définie par différentes matrices pour passer d'un ensemble de coordonnées initiales à d'autres.
[[https://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation| Wikpedia Affine Transformation]].

<figure id="fig:Registrado9">
[[File:Reg09.png|none|thumb|<caption>linear registration</caption>]]
</figure>

En fonction de la qualité et de la quantité des points de repère sélectionnés, l'enregistrement sera plus ou moins précis et il appartient à l'opérateur d'affiner les points de repère afin que le résultat soit le plus optimal possible.

<hr>
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Translations:Registrado/34/en

2018-08-30T13:16:09Z

Sysadmin: Página creada con «When determining the common points in both images, it may be necessary to move between the different slices of the three available views so that the same anatomical informa...»

When determining the common points in both images, it may be necessary to move between the different slices of the three available views so that the same anatomical information is displayed in the image A and B.

Registrado/en

2018-08-30T13:16:09Z

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />

===Registration===
Registration is the process by which two medical images taken at different times, corresponding to the same part of the body and generally to the same patient, are overlaid coincidentally in order to check the evolution of an injury/disease/operation.

By means of this image comparison, the differences between the two are studied, but in order to make this possible in the most intuitive way possible, the overlapping coincidence must be achieved as precisely as possible. This has to be done with two images that, in addition to being taken at different times, may come from different equipment (another scanner model, for example) and where it cannot be guaranteed that the position in which the patient was placed was exactly the same (variations in orientation and displacement).

Translated with www.DeepL.com/Translator

A summary of the possible registration scenarios is:
*quasi-matching anatomical structures: two images in which the same anatomical structures, of similar size, are present in both.
*Variations in patient size: particularly in the case of children, where natural growth causes differences in whole body size.
*anatomical structures with different volumes: when the evolution of a tumour mass that has grown over time is to be studied, it has increased in volume in one of the images (it may be the most recent or the oldest) and may have displaced other anatomical structures or adjacent organs.
*non-existent anatomical structures: after surgery (or treatment) in which part of the tissue (organ, tumour, bone, etc.) has been removed, pairs of elements that do not exist in one of the images must be compared.

===Description of the procedure===

In general, the procedure to follow is to load both images one next to the other, identify common points in each one (the points are paired, one is taken in image A and the other in image B). If both images have the same orientation, no distortion will be necessary to match them, but this is not usually the case. Then you have to select which of the two images you are working with (A or B) will apply a distortion to achieve full coincidence.

When determining the common points in both images, it may be necessary to move between the different slices of the three available views so that the same anatomical information is displayed in the image A and B.

===Modules===

The registration modules can be found in the lower half of the module dropdown (<xr id="fig:Registrado" />), they are grouped under the name''Registration'':

<figure id="fig:Registrado">
[[File:Reg01.png|none|thumb|<caption>registration modules</caption>]]
</figure>

Traditionally, brain imaging has been used, which is why several of the modules are oriented to these specific cases.

====Terminology====
*Landmark: representative points of the image (selected by the user in both images) to ensure coincidence
*Fixed volume: image that is not going to undergo any transformation
*Moving volume: image to be transformed to match the one selected as''fixed volume''.

==Example: landmark registration==
===Volume loading===
Once the two sets of images are loaded, the '''Registration\Landmark registration''' module is opened. At that moment the module asks the user to determine which is going to be the''fixed volume'' and the''moving volume'' (<xr id="fig:Registrado2" />) using the dropdown lists, when clicking on each of them you can see which are the volumes loaded in the current scene and select the corresponding one.

<figure id="fig:Registrado2">
[[File:Reg02.png|none|thumb|<caption>fixed and moving volumes</caption>]]
</figure>

The screen layout changes to a 3x3 grid (<xr id="fig:Registrado3" />). By columns, the axial, coronal and sagittal views are shown in columns 1, 2 and 3 (this is the default layout, unless the user decides to modify it). By rows the''fixed volume'' in row 1 is displayed, the''moving volume'' in row 2 and the result of the overlapping of the two in row 3, which will be renamed''-transformed''.

<figure id="fig:Registrado3">
[[File:Reg03.png|none|thumb|<caption>registration layout</caption>]]
</figure>

====Select layout=====
If you wish to modify this layout, it will be done from the module panel, modifying the following options (<xr id="fig:Registrado4" />). If any of the views are not relevant, you can deactivate them and thus take up no space on the screen, control the transparency of the image overlay and even the zoom:

<figure id="fig:Registrado4">
[[File:Reg04.png|none|thumb|<caption>layout</caption>]]
</figure>

Also, if you want to change the volumes you are working with, a little higher up on the module panel, using the button'''Select Volumes to Register'' you will return to the selection menu described in <xr id="fig:Registrado2" />.

For example, by selecting ''Coronal'' the layout remains like this (<xr id="fig:Registrado5" />):

<figure id="fig:Registrado5">
[[File:Reg05.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

===Landmarks===
The matching points, or landmarks, are added to the ''Landmarks'' section of the module panel, located just below the ones described above (<xr id="fig:Registrado6" />).

<figure id="fig:Registrado6">
[[File:Reg06.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

Press the ADD button and place the point (the cursor changes automatically and we are in fiducial mode) on the''fixed volume'' by clicking on the desired place. The program will automatically place the same point (called L-0 in the example image) in the''moving volume''. Ideally, these points should be placed on elements that are representative of both images and that are easily identifiable.

Now, as shown in the image (<xr id="fig:Registrado7" />), the user has put the point in the view of the first column (green) and Slicer has put the point in the view of the second column (yellow). The landmark of the ''moving volume'' is not in the same place as the image of the ''fixed volume'' (Slicer simply places it in the same coordinates, without taking into account the image and what it represents), so to correct its location click on the REFINE LANDMARK button that is just below the list of landmarks present in the current registry. Then we can move manually, by clicking and dragging, the landmark of the ''moving volume'' to the position we consider visually correct.

<figure id="fig:Registrado7">
[[File:Reg07.png|none|thumb|<caption>landmak point</caption>]]
</figure>

We continue adding landmarks until we consider that we have put the necessary ones for the correct adjustment of both images, at this point of the work process we will have a set of points (<xr id="fig:Registrado8" />), which are defined by their name. They can be selected by clicking on the cursor with the ''crosshair'' icon and deleted with the trash can icon.

<figure id="fig:Registrado8">
[[File:Reg08.png|none|thumb|<caption>landmak list</caption>]]
</figure>

The refining of landmarks can be based on two refining methods, BRAINSFit and SimpleITK, but neither of these methods is a substitute for the operator and his criteria.

===Registered===

There is no canon that determines the method of registration to be applied, since it depends on different factors in each case, such as the type of images you are working with, their quality, the anatomy you are visualizing and the expected results. A standard method and quite open to configuration by the user is the''Affine Registration'' (<xr id="fig:Registrado9" />), which allows these three levels of adjustment:
*Rigid: allows translations and rotations
*Similarity: rigid + uniform scale changes
*Affine: Similarity + shear
The affine transformation is also called a linear transformation and is defined by different matrices to pass from a set of initial coordinates to others [[https://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation| Wikpedia Affine Transformation]].

<figure id="fig:Registrado9">
[[File:Reg09.png|none|thumb|<caption>linear registration</caption>]]
</figure>

Depending on the quality and quantity of selected landmarks, the registered will be more or less accurate and it is the operator's task to refine the landmarks so that the result is as optimal as possible.

<hr>
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Registrado

2018-08-30T13:15:41Z

Sysadmin: Se marcó esta sección para su traducción

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>

==Registrado== 
El registrado es el proceso mediante el cual se superponen de forma coincidente dos imágenes médicas tomadas en momentos temporales diferentes, correspondientes a la misma parte del cuerpo y generalmente al mismo paciente, a fin de poder comprobar la evolución de una lesión/enfermedad/operación.


Mediante esta comparación de imagen se estudian las diferencias entre ambas, pero para que esto sea posible de la manera más intuitiva posible se ha de lograr la coincidencia por superposición lo más exacta posible. Esto ha de hacerse con dos imágenes que, además de haber sido tomadas en momentos temporales diferentes, pueden provenir de equipos diferentes (otro modelo de escáner, por ejemplo) y en los que no se puede garantizar que la posición en la que estaba colocado el paciente ha sido exactamente la misma (variaciones en orientación y desplazamiento).


Un resumen de los posibles escenarios de registrado es:
*estructuras anatómicas cuasi coincidentes: dos imágenes en las que las mismas estructuras anatómicas, de tamaño similar, están presentes en ambas.
*variaciones en la talla del paciente: particularmente en el caso de niños, donde el crecimiento natural hace que existan diferencias de tamaño del cuerpo entero.
*estructuras anatómicas con volúmenes diferentes: cuando se va a estudiar la evolución de una masa tumoral que ha ido creciendo con el tiempo, esta ha aumentado de volumen en una de las imágenes (puede ser la más reciente o la más antigua) y puede que haya desplazado a otras estructuras anatómicas u órganos colindantes.
*estructuras anatómicas inexistentes: tras una cirugía (o tratamiento) en la que se ha practicado una extirpación de parte de tejido (órgano, tumor, hueso, etc...) se han de cotejar pares de en las que hay elementos que no existen en una de las imágenes.

===Descripción del procedimiento=== 


En líneas generales el procedimiento a seguir es el de cargar ambas imágenes una junto a la otra, identificar puntos comunes en cada una (los puntos van emparejados, se toma uno en la imagen A y otro en la imagen B. Si ambas imágenes presentan la misma orientación, no será necesario aplicar distorsión alguna para hacerlas coincidir; pero esto no suele ser lo más común. Entonces se ha de seleccionar cual de las dos imágenes con las que se trabaja (A o B) se va a aplicar una distorsión para lograr la coincidencia plena.


A la hora de determinar los puntos comunes en ambas imágenes, puede ser necesario moverse entre las diferentes slices de las tres vistas disponibles para que en la imagen A y B se esté mostrando la misma información anatómica.

===Módulos=== 


Los módulos de registrado se pueden encontrar en la mitad inferior del desplegable de módulos (<xr id="fig:Registrado" />), están agrupados bajo el nombre ''Registration'':


<figure id="fig:Registrado">
[[File:Reg01.png|none|thumb|<caption>registration modules</caption>]]
</figure>


Tradicionalmente se ha utilizado el registrado en imágenes cerebrales, de ahí que varios de los módulos estén orientados a estos casos específicos.

====Terminología==== 
* Landmark: puntos representativos de la imagen (seleccionados por el usuario en ambas imágenes) para asegurar la coincidencia
* Fixed volume: imagen que no va a sufrir transformación alguna
* Moving volume: imagen que se va a transformar para hacerla coincidir con la que se ha seleccionado como ''fixed volume''

==Ejemplo: landmark registration== 
===Carga de volúmenes===
Una vez cargados los dos juegos de imágenes, se abre el módulo '''Registration\Landmark registration'''. En ese momento el módulo pide al usuario que determine cual va a ser el ''fixed volume'' y el ''moving volume'' (<xr id="fig:Registrado2" />) utilizando los desplegables, al hacer click en cada uno de ellos se puede ver cuales son los volúmenes cargados en la escena actual y seleccionar el que corresponda.


<figure id="fig:Registrado2">
[[File:Reg02.png|none|thumb|<caption>fixed and moving volumes</caption>]]
</figure>


La distribución de la pantalla cambia y pasa a ser una rejilla de 3x3 (<xr id="fig:Registrado3" />). Por columnas, se muestran las vistas axial, coronal y sagital en las columnas 1, 2 y 3 (esta es la distribución por defecto, a no ser que el usuario decida modificarlo). Por filas se muestra el ''fixed volume'' en la fila 1, el ''moving volume'' en la fila 2 y el resultado de la superposición de ambos en la fila 3, que pasará a llamarse ''-transformed''.


<figure id="fig:Registrado3">
[[File:Reg03.png|none|thumb|<caption>registration layout</caption>]]
</figure>

===Selección layout=== 
Si se desea modificar este layout, se hará desde el panel del módulo, modificando las siguientes opciones (<xr id="fig:Registrado4" />). Si no fuera relevante alguna de las vistas se puede desactivar y así no ocupa espacio en pantalla, controlar la transparencia de la superposición de imágenes e incluso el zoom:


<figure id="fig:Registrado4">
[[File:Reg04.png|none|thumb|<caption>layout</caption>]]
</figure>


También, si se desea cambiar los volúmenes con los que se esté trabajando, un poco más arriba en el panel del módulo, utilizando el botón '''Select Volumes to Register''' se vuelve al menú de selección descrito en <xr id="fig:Registrado2" />.


Por ejemplo, seleccionando ''Coronal'' el layout queda así (<xr id="fig:Registrado5" />):


<figure id="fig:Registrado5">
[[File:Reg05.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

===Landmarks=== 
Los puntos de cotejamiento, o landmarks, se añaden en el apartado ''Landmarks'' del panel del módulo, situado justo debajo de los descritos anteriormente (<xr id="fig:Registrado6" />).


<figure id="fig:Registrado6">
[[File:Reg06.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>


Se pulsa el botón ADD y se sitúa el punto (el cursor cambia automáticamente y pasamos a estar en modo fiducials) en el ''fixed volume'' haciendo click en el lugar deseado. El programa situará automáticamente ese mismo punto (llamado L-0 en la imagen de ejemplo) en el ''moving volume''. Lo ideal es que estos puntos se coloquen en elementos representativos de ambas imágenes y que sean fácilmente identificables.


Ahora, tal y como se ve en la imagen (<xr id="fig:Registrado7" />), el usuario ha puesto el punto en la vista de la primera columna (verde) y Slicer ha puesto el punto en la vista de la segunda columna (amarilla). El landmark de la ''moving volume'' no está en el mismo lugar que el de la imagen de la ''fixed volume'' (Slicer simplemente lo sitúa en las mismas coordenadas, sin tener en cuenta la imagen y lo que en ella se representa), así que para corregir su localización se hace click en el botón REFINE LANDMARK que está justo debajo de la lista de landmarks presentes en el registrado actual. Entonces podremos desplazar manualmente, pinchando y arrastrando, el landmark del ''moving volume'' hasta la posición que consideremos visualmente correcta.


<figure id="fig:Registrado7">
[[File:Reg07.png|none|thumb|<caption>landmak point</caption>]]
</figure>


Se continúa añadiendo landmarks hasta considerar que se han puesto los necesarios para el ajuste correcto de ambas imágenes, en este punto del proceso de trabajo dispondremos de un conjunto de puntos (<xr id="fig:Registrado8" />), que vienen definidos por su nombre. Se pueden seleccionar haciendo click en el cursor con el icono del ''crosshair'' y eliminarse con el icono de la papelera.


<figure id="fig:Registrado8">
[[File:Reg08.png|none|thumb|<caption>landmak list</caption>]]
</figure>


El refinado de los landmarks puede apoyarse en dos métodos de refinamiento, BRAINSFit y SimpleITK, pero ninguno de estos métodos suple al operador y a su criterio.

===Registrado=== 


No existe un canon que determine el método de registrado a aplicar, puesto que depende de diferentes factores en cada caso, como pueden ser el tipo de imágenes con las que se trabaje, la calidad de las mismas, la anatomía que se esté visualizando y los resultados esperados. Un método estándard y bastante abierto a configuración por parte del usuario es el de la '''Affine Registration'' (<xr id="fig:Registrado9" />), que permite estos tres niveles de ajuste:
*Rigid: permite traslaciones y rotaciones
*Similarity: rigid + cambios de escala uniforme
*Affine: Similarity + deformación
La transformación afín se denomina también transformación lineal y viene definida por diferentes matrices para pasar de un conjunto de coordenadas iniciales a otras [[https://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation| Wikpedia Affine Transformation]].


<figure id="fig:Registrado9">
[[File:Reg09.png|none|thumb|<caption>linear registration</caption>]]
</figure>


Dependiendo de la calidad y cantidad de landmarks seleccionados el registrado será más o menos exacto y es tarea del operador ir refinando los landmarks para que el resultado sea lo más óptimo posible.


<hr>
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</translate>

Registrado

2018-08-30T13:15:35Z

Sysadmin:

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
<translate>

==Registrado== 
El registrado es el proceso mediante el cual se superponen de forma coincidente dos imágenes médicas tomadas en momentos temporales diferentes, correspondientes a la misma parte del cuerpo y generalmente al mismo paciente, a fin de poder comprobar la evolución de una lesión/enfermedad/operación.


Mediante esta comparación de imagen se estudian las diferencias entre ambas, pero para que esto sea posible de la manera más intuitiva posible se ha de lograr la coincidencia por superposición lo más exacta posible. Esto ha de hacerse con dos imágenes que, además de haber sido tomadas en momentos temporales diferentes, pueden provenir de equipos diferentes (otro modelo de escáner, por ejemplo) y en los que no se puede garantizar que la posición en la que estaba colocado el paciente ha sido exactamente la misma (variaciones en orientación y desplazamiento).


Un resumen de los posibles escenarios de registrado es:
*estructuras anatómicas cuasi coincidentes: dos imágenes en las que las mismas estructuras anatómicas, de tamaño similar, están presentes en ambas.
*variaciones en la talla del paciente: particularmente en el caso de niños, donde el crecimiento natural hace que existan diferencias de tamaño del cuerpo entero.
*estructuras anatómicas con volúmenes diferentes: cuando se va a estudiar la evolución de una masa tumoral que ha ido creciendo con el tiempo, esta ha aumentado de volumen en una de las imágenes (puede ser la más reciente o la más antigua) y puede que haya desplazado a otras estructuras anatómicas u órganos colindantes.
*estructuras anatómicas inexistentes: tras una cirugía (o tratamiento) en la que se ha practicado una extirpación de parte de tejido (órgano, tumor, hueso, etc...) se han de cotejar pares de en las que hay elementos que no existen en una de las imágenes.

===Descripción del procedimiento=== 


En líneas generales el procedimiento a seguir es el de cargar ambas imágenes una junto a la otra, identificar puntos comunes en cada una (los puntos van emparejados, se toma uno en la imagen A y otro en la imagen B. Si ambas imágenes presentan la misma orientación, no será necesario aplicar distorsión alguna para hacerlas coincidir; pero esto no suele ser lo más común. Entonces se ha de seleccionar cual de las dos imágenes con las que se trabaja (A o B) se va a aplicar una distorsión para lograr la coincidencia plena.

A la hora de determinar los puntos comunes en ambas imágenes, puede ser necesario moverse entre las diferentes slices de las tres vistas disponibles para que en la imagen A y B se esté mostrando la misma información anatómica.

===Módulos=== 


Los módulos de registrado se pueden encontrar en la mitad inferior del desplegable de módulos (<xr id="fig:Registrado" />), están agrupados bajo el nombre ''Registration'':


<figure id="fig:Registrado">
[[File:Reg01.png|none|thumb|<caption>registration modules</caption>]]
</figure>


Tradicionalmente se ha utilizado el registrado en imágenes cerebrales, de ahí que varios de los módulos estén orientados a estos casos específicos.

====Terminología==== 
* Landmark: puntos representativos de la imagen (seleccionados por el usuario en ambas imágenes) para asegurar la coincidencia
* Fixed volume: imagen que no va a sufrir transformación alguna
* Moving volume: imagen que se va a transformar para hacerla coincidir con la que se ha seleccionado como ''fixed volume''

==Ejemplo: landmark registration== 
===Carga de volúmenes===
Una vez cargados los dos juegos de imágenes, se abre el módulo '''Registration\Landmark registration'''. En ese momento el módulo pide al usuario que determine cual va a ser el ''fixed volume'' y el ''moving volume'' (<xr id="fig:Registrado2" />) utilizando los desplegables, al hacer click en cada uno de ellos se puede ver cuales son los volúmenes cargados en la escena actual y seleccionar el que corresponda.


<figure id="fig:Registrado2">
[[File:Reg02.png|none|thumb|<caption>fixed and moving volumes</caption>]]
</figure>


La distribución de la pantalla cambia y pasa a ser una rejilla de 3x3 (<xr id="fig:Registrado3" />). Por columnas, se muestran las vistas axial, coronal y sagital en las columnas 1, 2 y 3 (esta es la distribución por defecto, a no ser que el usuario decida modificarlo). Por filas se muestra el ''fixed volume'' en la fila 1, el ''moving volume'' en la fila 2 y el resultado de la superposición de ambos en la fila 3, que pasará a llamarse ''-transformed''.


<figure id="fig:Registrado3">
[[File:Reg03.png|none|thumb|<caption>registration layout</caption>]]
</figure>

===Selección layout=== 
Si se desea modificar este layout, se hará desde el panel del módulo, modificando las siguientes opciones (<xr id="fig:Registrado4" />). Si no fuera relevante alguna de las vistas se puede desactivar y así no ocupa espacio en pantalla, controlar la transparencia de la superposición de imágenes e incluso el zoom:


<figure id="fig:Registrado4">
[[File:Reg04.png|none|thumb|<caption>layout</caption>]]
</figure>


También, si se desea cambiar los volúmenes con los que se esté trabajando, un poco más arriba en el panel del módulo, utilizando el botón '''Select Volumes to Register''' se vuelve al menú de selección descrito en <xr id="fig:Registrado2" />.


Por ejemplo, seleccionando ''Coronal'' el layout queda así (<xr id="fig:Registrado5" />):


<figure id="fig:Registrado5">
[[File:Reg05.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>

===Landmarks=== 
Los puntos de cotejamiento, o landmarks, se añaden en el apartado ''Landmarks'' del panel del módulo, situado justo debajo de los descritos anteriormente (<xr id="fig:Registrado6" />).


<figure id="fig:Registrado6">
[[File:Reg06.png|none|thumb|<caption>coronal layout</caption>]]
</figure>


Se pulsa el botón ADD y se sitúa el punto (el cursor cambia automáticamente y pasamos a estar en modo fiducials) en el ''fixed volume'' haciendo click en el lugar deseado. El programa situará automáticamente ese mismo punto (llamado L-0 en la imagen de ejemplo) en el ''moving volume''. Lo ideal es que estos puntos se coloquen en elementos representativos de ambas imágenes y que sean fácilmente identificables.


Ahora, tal y como se ve en la imagen (<xr id="fig:Registrado7" />), el usuario ha puesto el punto en la vista de la primera columna (verde) y Slicer ha puesto el punto en la vista de la segunda columna (amarilla). El landmark de la ''moving volume'' no está en el mismo lugar que el de la imagen de la ''fixed volume'' (Slicer simplemente lo sitúa en las mismas coordenadas, sin tener en cuenta la imagen y lo que en ella se representa), así que para corregir su localización se hace click en el botón REFINE LANDMARK que está justo debajo de la lista de landmarks presentes en el registrado actual. Entonces podremos desplazar manualmente, pinchando y arrastrando, el landmark del ''moving volume'' hasta la posición que consideremos visualmente correcta.


<figure id="fig:Registrado7">
[[File:Reg07.png|none|thumb|<caption>landmak point</caption>]]
</figure>


Se continúa añadiendo landmarks hasta considerar que se han puesto los necesarios para el ajuste correcto de ambas imágenes, en este punto del proceso de trabajo dispondremos de un conjunto de puntos (<xr id="fig:Registrado8" />), que vienen definidos por su nombre. Se pueden seleccionar haciendo click en el cursor con el icono del ''crosshair'' y eliminarse con el icono de la papelera.


<figure id="fig:Registrado8">
[[File:Reg08.png|none|thumb|<caption>landmak list</caption>]]
</figure>


El refinado de los landmarks puede apoyarse en dos métodos de refinamiento, BRAINSFit y SimpleITK, pero ninguno de estos métodos suple al operador y a su criterio.

===Registrado=== 


No existe un canon que determine el método de registrado a aplicar, puesto que depende de diferentes factores en cada caso, como pueden ser el tipo de imágenes con las que se trabaje, la calidad de las mismas, la anatomía que se esté visualizando y los resultados esperados. Un método estándard y bastante abierto a configuración por parte del usuario es el de la '''Affine Registration'' (<xr id="fig:Registrado9" />), que permite estos tres niveles de ajuste:
*Rigid: permite traslaciones y rotaciones
*Similarity: rigid + cambios de escala uniforme
*Affine: Similarity + deformación
La transformación afín se denomina también transformación lineal y viene definida por diferentes matrices para pasar de un conjunto de coordenadas iniciales a otras [[https://en.wikipedia.org/wiki/Affine_transformation| Wikpedia Affine Transformation]].


<figure id="fig:Registrado9">
[[File:Reg09.png|none|thumb|<caption>linear registration</caption>]]
</figure>


Dependiendo de la calidad y cantidad de landmarks seleccionados el registrado será más o menos exacto y es tarea del operador ir refinando los landmarks para que el resultado sea lo más óptimo posible.


<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

</translate>

Translations:Interfaz web/13/pt

2018-08-30T12:34:01Z

Sysadmin: Página creada con «<hr> MENU»

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/pt| MENU]]

Interfaz web/pt

2018-08-30T12:34:01Z

Sysadmin: Página creada con «<hr> MENU»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
'''Open Anatomy Atlas''' (https://www.openanatomy.org/) é um projeto de código aberto baseado em uma web que mostra o atlas da anatomia humana em três dimensões. Ser baseado em uma web não é necessário ter software adicional no computador, com um navegador da web relativamente moderno é suficiente e é independente do sistema operacional que está usando o usuário. Esses dois detalhes são muito importantes para entender o poder do projeto: ele permite o acesso a informações de praticamente qualquer dispositivo, incluindo telefones celulares ou tablets, e de qualquer lugar.

Outra característica razovel é a posiblidade de compartilhar sessão com outros utentes: o utente ''pai'' abre sessão no atlas, compartilha a URL com os utentes ''filhos'' e estes verão em seus ecrãs exactamente a mesma informação que está a ver o ''pai'', incluindo a manipulação da imagem 3D (giros, zoom, activação/desativação de elementos). Esta característica é extremamente útil à hora de dar classes, tanto presencialmente como a distância, já que permite a interacção em tempo real em ambas partes.

==Interface==

Actualmente há quatro atlas disponíveis, tal como se pode ver no ecrã principal (<xr id="fig:OpenAnat" />):

<figure id="fig:OpenAnat">
[[File:OpenAnat.png|none|thumb|<caption>Open Anatomy Atlas</caption>]]
</figure>

* *Abdomen
* Cérebro
* Cabeça e pescoço
* Joelho

== Tecnologia ==

O atlas web está construído em Angular, WebGL e a biblioteca de javascript Three.js. Desta forma consegue-se carregar e visualizar em três dimensões os ficheiros VTK no navegador web.

Toda esta informação gráfica se apoia em ficheiros XML com a informação textual sobre a cada elemento: nome, dependência hierárquica, etc.

Você pode acessar o código do projeto no GitHub em:[[https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas]].

== Publicação ==

A publicação científica que descreve este projeto de código aberto pode ser consultada em [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5366788/ The Open Anatomy Browser: A Collaborative Web-Based Viewer for Interoperable Anatomy Atlases]]

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer/pt| MENU]]

Translations:Interfaz web/12/pt

2018-08-30T12:33:55Z

Sysadmin: Página creada con «A publicação científica que descreve este projeto de código aberto pode ser consultada em https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5366788/ The Open Anatomy Brows...»

A publicação científica que descreve este projeto de código aberto pode ser consultada em [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5366788/ The Open Anatomy Browser: A Collaborative Web-Based Viewer for Interoperable Anatomy Atlases]]

Interfaz web/pt

2018-08-30T12:33:55Z

Translations:Interfaz web/10/pt

2018-08-30T12:33:37Z

Sysadmin: Página creada con «Você pode acessar o código do projeto no GitHub em:https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas.»

Você pode acessar o código do projeto no GitHub em:[[https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas]].

Interfaz web/pt

2018-08-30T12:33:37Z

Sysadmin: Página creada con «Você pode acessar o código do projeto no GitHub em:https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas.»

__NOTOC__ __NOEDITSECTION__
<languages />
'''Open Anatomy Atlas''' (https://www.openanatomy.org/) é um projeto de código aberto baseado em uma web que mostra o atlas da anatomia humana em três dimensões. Ser baseado em uma web não é necessário ter software adicional no computador, com um navegador da web relativamente moderno é suficiente e é independente do sistema operacional que está usando o usuário. Esses dois detalhes são muito importantes para entender o poder do projeto: ele permite o acesso a informações de praticamente qualquer dispositivo, incluindo telefones celulares ou tablets, e de qualquer lugar.

Outra característica razovel é a posiblidade de compartilhar sessão com outros utentes: o utente ''pai'' abre sessão no atlas, compartilha a URL com os utentes ''filhos'' e estes verão em seus ecrãs exactamente a mesma informação que está a ver o ''pai'', incluindo a manipulação da imagem 3D (giros, zoom, activação/desativação de elementos). Esta característica é extremamente útil à hora de dar classes, tanto presencialmente como a distância, já que permite a interacção em tempo real em ambas partes.

==Interface==

Actualmente há quatro atlas disponíveis, tal como se pode ver no ecrã principal (<xr id="fig:OpenAnat" />):

<figure id="fig:OpenAnat">
[[File:OpenAnat.png|none|thumb|<caption>Open Anatomy Atlas</caption>]]
</figure>

* *Abdomen
* Cérebro
* Cabeça e pescoço
* Joelho

== Tecnologia ==

O atlas web está construído em Angular, WebGL e a biblioteca de javascript Three.js. Desta forma consegue-se carregar e visualizar em três dimensões os ficheiros VTK no navegador web.

Toda esta informação gráfica se apoia em ficheiros XML com a informação textual sobre a cada elemento: nome, dependência hierárquica, etc.

Você pode acessar o código do projeto no GitHub em:[[https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas]].

== Publicação ==

La publicación científica que describe este proyecto de código abierto se puede consultar en [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5366788/ The Open Anatomy Browser: A Collaborative Web-Based Viewer for Interoperable Anatomy Atlases]]

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]

Translations:Interfaz web/1/pt

2018-08-30T12:33:16Z

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'''Open Anatomy Atlas''' (https://www.openanatomy.org/) é um projeto de código aberto baseado em uma web que mostra o atlas da anatomia humana em três dimensões. Ser baseado em uma web não é necessário ter software adicional no computador, com um navegador da web relativamente moderno é suficiente e é independente do sistema operacional que está usando o usuário. Esses dois detalhes são muito importantes para entender o poder do projeto: ele permite o acesso a informações de praticamente qualquer dispositivo, incluindo telefones celulares ou tablets, e de qualquer lugar.

Interfaz web/pt

2018-08-30T12:33:16Z

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'''Open Anatomy Atlas''' (https://www.openanatomy.org/) é um projeto de código aberto baseado em uma web que mostra o atlas da anatomia humana em três dimensões. Ser baseado em uma web não é necessário ter software adicional no computador, com um navegador da web relativamente moderno é suficiente e é independente do sistema operacional que está usando o usuário. Esses dois detalhes são muito importantes para entender o poder do projeto: ele permite o acesso a informações de praticamente qualquer dispositivo, incluindo telefones celulares ou tablets, e de qualquer lugar.

Outra característica razovel é a posiblidade de compartilhar sessão com outros utentes: o utente ''pai'' abre sessão no atlas, compartilha a URL com os utentes ''filhos'' e estes verão em seus ecrãs exactamente a mesma informação que está a ver o ''pai'', incluindo a manipulação da imagem 3D (giros, zoom, activação/desativação de elementos). Esta característica é extremamente útil à hora de dar classes, tanto presencialmente como a distância, já que permite a interacção em tempo real em ambas partes.

==Interface==

Actualmente há quatro atlas disponíveis, tal como se pode ver no ecrã principal (<xr id="fig:OpenAnat" />):

<figure id="fig:OpenAnat">
[[File:OpenAnat.png|none|thumb|<caption>Open Anatomy Atlas</caption>]]
</figure>

* *Abdomen
* Cérebro
* Cabeça e pescoço
* Joelho

== Tecnologia ==

O atlas web está construído em Angular, WebGL e a biblioteca de javascript Three.js. Desta forma consegue-se carregar e visualizar em três dimensões os ficheiros VTK no navegador web.

Toda esta informação gráfica se apoia em ficheiros XML com a informação textual sobre a cada elemento: nome, dependência hierárquica, etc.

Se puede acceder al código del proyecto en GitHub en: [[https://github.com/lorensen/OpenAtlas OpenAtlas]].

== Publicação ==

La publicación científica que describe este proyecto de código abierto se puede consultar en [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5366788/ The Open Anatomy Browser: A Collaborative Web-Based Viewer for Interoperable Anatomy Atlases]]

<hr>
[[Clínicos 3D Slicer| MENU]]