Modules et extensions
Module Annotations
Permet d'annoter des éléments de la scène, tels que les mesures et les régions d'intérêt (ROI: Region Of Interest). Les mesures, comme le nom l'indique, nous permettent de connaître la taille et la dimension des parties de l'image. Une région d'intérêt est une zone tridimensionnelle sous la forme d'un prisme rectangulaire; en les définissant, vous pouvez limiter le rendu de la zone sélectionnée, pour alléger la charge de traitement et ainsi travailler uniquement avec les informations contenues dans cette zone.
(Figure 1)
Documentation en Slicer.org
[Annotations] (en inglés)
Module Data
La fonction de ce module est de lister les objets de la scène courante et permet des opérations génériques sur ceux-ci (recherche, renommage, suppression, déplacement) dans l'arborescence MRML. Il montre les objets tels qu'ils sont disposés dans la scène et vous permet d'en avoir une vue d'ensemble.
La fenêtre du module comporte trois onglets:
- Subject hierarchy: montre la hiérarchie des différents éléments (Figure 2)
- Transform hierarchy: montre les différentes transformations de la scène (Figure 6)
- All nodes: affiche la liste de tous les noeuds présents dans la scène
Menus contextuels
L'icône à gauche de chaque élément indique son type, qui peut être: modèle, vue de scène, volume, données DICOM.
Éléments
Un clic droit sur un élément ouvre le menu contextuel (Figure 3) pour interagir avec les éléments de la scène:
- Créer un dossier enfant: crée un conteneur, dépendant de l'élément sélectionné, où localiser les éléments souhaités. Pour déplacer un élément, maintenez simplement le bouton gauche de la souris enfoncé et faites-le glisser jusqu' à sa nouvelle position.
- Clone: créer une copie de l'élément sélectionné
- Exporter vers DICOM: pour exporter l'élément sélectionné au format DICOM, ou la scène complète si la case circulaire correspondante est cochée en haut de la fenêtre. (Figure 2)
- Rename: pour changer le nom de l'élément sélectionné.
- Delete: supprime l'élément sélectionné de la scène. Attention: lors de l'exécution de cette commande, aucun menu de confirmation n'est ouvert, donc si un clic accidentel se produit, l'élément est supprimé.
- Edit properties: nous transporte vers le moduleModèles pour modifier les options de l'élément.
- Select role: pour sélectionner le comportement de l'élément.
Dossiers
Un clic droit sur un élément ouvre le menu contextuel (Figure 5) pour interagir avec les éléments de la scène:
Seuls les éléments du menu contextuel autres que ceux décrits dans le menu contextuel de l'objet sont décrits.
- Create child folder: créer un sous-dossier
- Show volumes in branch: met en surbrillance les éléments du dossier dans la fenêtre de vue 3D
- Convert folder to subject: change le comportement du dossier dans la scène, ce qui en fait un sujet.
- Convert folder to study: retourne le changement précédent, ou modifie un sujet en dossier
Onglet Transformer la hiérarchie
Cet onglet affiche les transformations d'affichage et de coordonnées dans la scène. A l'aide du menu contextuel vous pouvez modifier, en créer de nouveaux et consulter leurs propriétés, ce qui nous amène au module Transformes.
Documentation en Slicer.org
[Data Module] (en inglés)
Module DataStore
Ce module permet d'accéder aux ensembles de données hors ligne (celles stockées sur l'ordinateur) et en ligne (celles fournies par la communauté Slicer).
Lorsque vous y accédez, une nouvelle fenêtre s'ouvre, organisée en trois onglets:
Local datasets
Affiche les groupes de données précédemment téléchargés ou générés localement. C'est le contenu du dossier de données Slicer sur le disque dur local.
Pour chaque ensemble de données, nous avons l'option de les charger dans la scène avec le bouton Load ou de les supprimer avec le bouton Delete.
Download datasets
Télécharger des ensembles de données accessibles au public dans la communauté Slicer. Ces données sont gratuites. (Figure 7)
Le côté gauche de la fenêtre est le menu de navigation, où apparaissent les différentes catégories et leurs modes d'organisation, et le côté droit montre les jeux de données disponibles selon les filtres appliqués dans le menu de navigation. Lorsque vous cliquez sur le nom ou l'image qui illustre l'ensemble de données, vous accédez à une page avec une brève description de celui-ci (date de création, taille du fichier, nombre de téléchargements, URL); lorsque vous cliquez sur le bouton DOWNLOAD, vous procédez au téléchargement sur l'ordinateur (afin qu'il s'affiche plus tard dans le dossier "Ensembles de données locaux"). Les jeux de données sont cotés de 0 à 5 étoiles.
Une fois le téléchargement terminé, il retourne à la fenêtre du module et les données peuvent être chargées. (Figure 8)
Upload Datasets
Pour télécharger des données vers les serveurs, vous devez être enregistré en tant qu'utilisateur. Un autre avantage d'être enregistré en tant qu'utilisateur est qu'il vous permet également de commenter et de voter sur des ensembles de données existants.
Documentation en Slicer.org
[DataStore] (en inglés)
DICOM Module
Ce module vous permet d'importer et d'exporter des informations au format DICOM à partir d'un serveur ou localement, en éditant les informations supplémentaires contenues dans ce format de fichier.
Le format DICOM format est géré à partir de [[1]], dans la division [Imaging & Technology Alliance], la documentation sur ce format [[2]] (en anglais) est disponible.
(Figure 9)
Documentation en Slicer.org
[DICOM] (en anglais)
Module Models
Ce module présente les différents composants de la scène: les modèles qui la composent. A partir de cette fenêtre, vous pouvez modifier ses options de visualisation et son comportement visuel.
Les icônes avec le dessin d'un œil fermé et ouvert servent à activer ou désactiver l'affichage simultané de tous les objets de la scène. Pour ce faire, cliquez individuellement sur l'icône œil ouvert/fermeture à côté du nom de l'élément. A droite du nom de l'élément, dans un petit carré, la couleur de l'élément est affichée; en double-cliquant dessus, vous pouvez le changer dans une fenêtre de sélection de couleur.
Information
Le bloc d'information présente les données suivantes:
Le type de maillage avec lequel l'objet est formé, les données sur ses dimensions (superficie, volume, nombre d'éléments qui le composent...) et le nom du fichier vtk.
Display
Cette section de menu gère la visibilité de l'élément sélectionné dans la case visibility, dans laquelle il est représenté et la couleur utilisée. Dans la section Affichage 3D, l'opacité de l'élément est contrôlée au moyen d'un curseur, le mode de représentation (surface, maillage et nuage de points).
La section Clipping contrôle le comportement de l'objet en intersection avec les plans coronal, axial et sagittal: en cochant la case Clipping, on indique que la visibilité de l'élément sera affectée par la position de ces trois plans. En dessous de la fenêtre du module se trouve la section Plans d'écrêtage, dans laquelle il est établi comment chacun des plans de découpe va influencer (rouge, jaune ou vert): si vous voulez qu'il soit par union ou intersection, et si vous voulez qu'il montre la partie de l'objet avant ou après le plan.
Les autres paramètres de cette section du module contrôlent la qualité du rendu, le matériau et les conditions d'éclairage.
Documentation en Slicer.org
[DataStore] (en anglais)
Module Scene Views
Sauvegarder et restaurer l'état des fenêtres de vue 3d et 2d de la scène en différentes étapes de travail avec les données. Ces captures d'écran sont prises avec l'outil sur la barre d'outils de la barre de boutons avec une icône de caméra.
(Figure 13)
Documentation en Slicer.org
[Scene Views] (en anglais)
Module View Controllers
Ce module duplique les contrôles d'affichage des fenêtres 2D et 3D. Toutes les modifications qui peuvent être faites dans les menus de chaque fenêtre peuvent être effectuées directement depuis ce module si l'utilisateur le préfère:
(Figure 14)
Documentación en Slicer.org
[View Controllers] (en anglais)
Module Volumes
La fonction de ce module est d'ajuster les paramètres de représentation de la vue 3D, permettant de passer d'une table de couleurs, d'un moteur de rendu à l'autre et d'un jeu de valeurs prédéfinies (cela dépend du type de source de données: CAT, MRI...).
(Figure 15)
Les paramètres avancés de rendu et d'éclairage peuvent également être gérés:
(Figure 16)
Documentation en Slicer.org
[Volumes] (en anglais)
