Diferencia entre revisiones de «Creador atlas»

Revisión actual del 15:51 10 ene 2019

Inicio

La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (Figure 1).

Figure 1: Welcome screen

En la esquina superior derecha está el botón etiquetado Atlas manager, que da acceso a la herramienta.

ATENCION Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés

Acceso

Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (Figure 2).

Figure 2: Entrance screen

Pantalla inicial

Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (Figure 3):

Figure 3: Main panel

Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón NEW ATLAS de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.

Trabajando con un atlas

El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.

1.Color Table

La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (Figure 4). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón UPLOAD Color Table. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.

En Figure 5 aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha IMPORT INFORMATION. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.

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  Figure 4: Select/Upload Color Table
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  Figure 5: Content of the colortable

2.Elements

En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (Figure 6).

Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver Figure 6), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (Figure 7); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto ADD ELEMENT MANUALLY; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.

Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón PROCEED TO STRUCTURE

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  Figure 6: Elements screen
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  Figure 7: Editing a segment

3.Hierarchy

En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (Figure 8). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden sueltos no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón ADD GROUP, situado en la esquina superior derecha.

A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre Children element o navegar directamente por el listado (Figure 9). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón CREATE, que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (Figure 10).

Con el botón VIEW TREE se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (Figure 11) que se ha construido hasta el momento.

Una vez organizados todos los elementos que van a formar parte del atlas, hacer click en el botón CONTINUE para ir al siguiente paso.

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  Figure 8: Hierarchy overview
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  Figure 9: Group creation
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  Figure 10: Grouped elements
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  Figure 11: Tree view

4.Files

En este paso se suben al servidor los ficheros que componen el atlas: la herramienta va solicitando los ficheros necesarios y no permite continuar al siguiente paso si le falta alguno de los ficheros necesarios. (Figure 12

Hay que aportar los ficheros .vtk generados durante la segmentación. Estos son los ficheros que contienen, de forma individual, la representación tridimensional de cada una de las estructuras segmentadas en 3D Slicer. Aparecen listados en la parte baja de la pantalla; si están marcados en verde significa que su fichero se ha subido ya de forma correcta, si aparecen en amarillo es que falta el fichero .vtk y si aparecen en rojo es que hay una discrepancia entre el nombre del fichero aportado y el segmento al que debería estar asociado. MUY IMPORTANTE: el nombre del fichero ha de coincidir con el del segmento, todo en minúsculas y sin espacios (los espacios han de ser sustituidos por un guión bajo _).

Hay que subir también un fichero para el labelmap (formato nrrd), y otro para el background (formato nrrd) de la escena.

Una vez subidos todos los ficheros, la aplicación permite pasar al siguiente paso, que es el montaje, mediante el botón Proceed to ASSEMBLY

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  Figure 12: Uploading files

5.Assembly

En este paso podemos elegir si deseamos alojar el atlas generado en el servidor o si preferimos descargar los ficheros, generando para ello un archivo comprimido con toda la información.

También aquí se puede escoger si deseamos que el atlas sea público o se mantenga privado (que sólo nosotros podamos consultarlo).

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