Diferencia entre revisiones de «Módulo 2»

Revisión actual del 16:30 10 oct 2017

Partes de la interfaz

Esta es la interfaz del 3D Slicer nada más ejecutarlo (Figure 1):

Figure 1: Interfaz genérica

1. Menú principal
2. Barra de herramientas
3. Panel de módulos
4. Visualización 3D
5. Visualización 2D
6. Ventana de datos

Menú principal

El menú desde el cual se gestionan los archivos y todas las funciones del programa (Figure 2).

Figure 2: Main Menu

Consta de cuatro secciones:

File

(Figure 3)

Figure 3: File

• Add Data: para cargar el contenido tanto de ficheros como de carpetas. Permite abrir ficheros formato nrrd, mrml y vtk entre otros. Los ficheros mrml son ficheros que contienen todos los elementos que conforman una escena pero contenidos en un único archivo; los ficheros vtk son sólidos individuales y los ficheros nrrd son ficheros XXXXX.
• DICOM: para cargar ficheros formato DICOM y comunicar con un servidor PACS.
• Download Sample Data: permite descargar los ficheros de muestra que vienen con el software, es necesaria una conexión a internet la primera vez que se abra cada fichero, después quedan almacenados en el disco duro.
• Save: Salva la escena en la que se esté trabajando o partes de la misma. Se puede guardar todo empaquetado en un único fichero mrml o en ficheros individuales.
• Recently Loaded: para abrir los últimos ficheros/escenas con los que se ha trabajado
• Close Scene: cerrar la escena.
• Exit: Salir del programa.

Edit

(Figure 4)

Figure 4: Edit

• Application settings: abre la ventana con las opciones de personalización del programa
• Cut: corta el elemento seleccionado al portapapeles
• Copy: copia al portapapeles el elemento seleccionado
• Paste: pega desde el portapapeles

View

(Figure 5)

Figure 5: View

• Extension Manager: Gestor de extensiones
• Module Panel: activar o desactivar la visibilidad del panel de módulos
• Python Interactor: abrir la ventana de consola de Python
• Toolbars: Selecciona las secciones de la barra de tareas a mostrar
• Layout: cambia la disposición de las diferentes ventanas del programa
• Reset to default: volver a las opciones iniciales de visualización
• Home: volver al módulo de bienvenida
• Error Log: consultar el registro de errores

Help

(Figure 6)

Figure 6: Help

• Keyboard Shortcuts: listado de los atajos de teclado
• Interface Documentation: online, abre el sitio web de Slicer de la documentación del programa
• Browse tutorials: online, abre el sitio web de Slicer de tutoriales
• Slicer Publications: online, abre el sitio web de publicaciones de Slicer
• Visual Blog: online, abre el blog de Slicer
• Report a Bug: envía el registro de error a los desarrolladores
• About 3D Slicer: abre la pantalla de información sobre el programa

Barra de herramientas

Una selección de algunas de las funciones más utilizadas

• Load/Save (Figure 7)

Figure 7: Load/Save

• • DATA: permite cargar archivos o carpetas, equivale al comando 'Add Data del menú file.
  • DCM: para la carga de ficheros DICOM.
  • SAVE: permite guardar la escena o ficheros con los que se esté trabajando, equivale al comando Save del menú file.

• Module Selection

(Figure 8)

Figure 8: Module Selection

• • lupa: permite realizar búsquedas de módulos por el nombre
  • desplegable: muestra todos los módulos instalados en Slicer. En primer lugar muestra los más comunes y luego, mediante desplegables laterales, muestra el listado completo de todos los disponibles
  • últimos módulos: permite navegar entre los últimos módulos utilizados
  • anterior: volver atrás en la navegación entre módulos del panel de módulos
  • siguiente: volver adelante en la navegación entre módulos del panel de módulos

• Favorite Modules

(Figure 9)

Figure 9: Favorite Modules

Muestra una selección por defecto de los módulos más generales de Slicer, estos son: datos, transformaciones, volúmenes y modelos

• Layout Selection

(Figure 10)

Figure 10: Layout Selection

Para cambiar entre las diferentes opciones de visualización de la interfaz del programa, variando la organización de las ventanas. Equivale al comando del menú View.

• Mouse Interaction

(Figure 11)

Figure 11: Mouse Interaction

Para cambiar el comportamiento del puntero del ratón. Las opciones son:

- Persistent: el modo que queremos que sea el permanente, por defecto va a ser Fiducial

- Ruler: mediante dos clicks sobre la escena permite medir la distancia entre los dos puntos señalados

- ROI: delimita una caja 3D sobre la escena, conteniendo una parte del modelo que nos interese destacar

- Fiducial: para manipular la escena: girarla, ampliarla... (es el modo por defecto)

• Capture/Restore

(Figure 12)

Figure 12: Capture/Restore

Para la captura de imágenes de la pantalla.

• Crosshair Selection

(Figure 13)

Figure 13: Crosshair Selection

Cambia entre las diferentes opciones de retículo, se utiliza especialmente en las ventanas de visualización 2D para conocer la posición exacta del cursor del ratón.

• Extensions

(Figure 14)

Figure 14: Extensions

Abre el gestor de extensiones, equivale al comando del menú View.

• Sequence browser

(Figure 15)

Figure 15: Sequence browser

Los controles de reproducción de secuencias de vídeo.

Panel de módulos

Ventana en la que se muestran las opciones del módulo activo. Esta ventana se puede desanclar de la ventana principal del programa, para así ganar más espacio de pantalla.

Como su contenido varía en función del módulo con que se esté trabajando en cada momento, se describirán sus partes cuando se vayan explicando cada uno de los módulos a utilizar en este curso.

Visualización 3D

Donde se muestra la reconstrucción en tres dimensiones de los datos que se hayan cargado.

Figure 16: 3D view

Ejes de visualización

Es importante repasar los ejes según los cuales se orientan los objetos en Slicer, estos ejes son los utilizados tradicionalmente en radiología y son los representados en la Figure 17, definidos en ese orden:

• R-L (Right-Left): Derecha-Izquierda, corresponde al plano sagital
• A-S (Anterior-Posterior): Anterior-Posterior , corresponde al plano coronal
• S-I (Superior-Inferior): Superior-Inferior, corresponde al plano axial

Opciones de visualización

Figure 18: Visualization options

En la parte izquierda del menú nos muestra los tres ejes de visualización, esto sirve para re-orientar la vista en 3D activa en ese momento. Haciendo click sobre la inicial del extremo del eje nos pasa la vista 3D al eje y orientación seleccionado, lo cual es útil cuando se ha estado manipulando la vista 3D y se quiere volver a tenerla presentada en una orientación conocida.

El resto de opciones, enumeradas por filas, son:

• Fila 1
  • Centrar la vista 3d en la pantalla
  • Cambiar entre renderizado ortográfico o en perspectiva
  • mostrar/ocultar reglas
  • Opciones para gafas y pantallas 3D
• Fila 2
  • Aumentar zoom
  • Rotar la vista 3D horizontalmente
  • Mostrar/Ocultar las marcas de orientación de los ejes de representación
  • Mostar FPS
• Fila 3
  • Disminuir zoom
  • Balancear la vista 3D horizontalmente
  • Opciones gráficas de la ventana (etiquetas de los ejes, fondo, color...)

Comandos de ratón

• Botón izquierdo
• Botón derecho

Visualización 2D

Figure 19: 2D View

Las tres vistas en 2D disponibles, cada una de las sub-ventanas se identifica por su color: rojo, amarillo y verde. Por defecto en cada una de las ventanas aparece cada uno de los tres diferentes planos de visualización:

• Axial: rojo
• Sagital: amarillo
• Coronal: verde

Esta asignación de planos a cada ventana se puede cambiar según las necesidades del usuario, pudiendo mostrarse en estas ventanas representaciones completamente ajenas a los tres planos de los que se ha hablado hasta ahora.

Figure 20: 2D View_detail

Haciendo click en el botón con el dibujo de chincheta en la esquina superior izquierda de la ventana se despliega el menú con la información de la vista mostrada en la ventana:

Figure 21: 2D View_menu

• Anillos abiertos/cerrados: enlaza/desenlaza las opciones de visualización entre las tres ventanas 2D
• Ojo abierto/cerrado: muestra/oculta en la vista 3D la sección correspondiente, lo cual resulta muy útil para conocer de forma rápida qué lugar del modelo 3D estamos viendo en esta ventana
• Desplegable con el nombre del plano que se está representando
• Desplegable con los volúmenes disponibles en la escena que tengamos abierta en ese momento en el slicer

La letra R, Y o G identifica la ventana, como la roja (R: red), la amarilla (Y: yellow) o la verde (G: green).

El siguiente icono ajusta la imagen a toda la ventana, restaurando el nivel de zoom si este ha variado.

Desplazando a la derecha e izquierda el tirador de la barra superior de la ventana se mostrará la sección correspondiente al plano de representación a lo largo de su eje. En el extremo derecho de la barra superior aparece, en este caso, la letra R, que corresponde al eje R-L; la ventana roja tiene la letra S, correspondiente al eje S-I y la verde la letra A, correspondiente al eje A-P (ver Figure 19). El número que acompaña a esta letra nos indica la posición de la imagen mostrada a lo largo de su eje correspondiente.

Comandos de ratón

Pinchando y arrastrando con:

• Botón izquierdo
  • verticalmente: cambia el brillo de la imagen en las tres ventanas simultáneamente
  • horizontalmente: cambia la saturación de la imagen en las tres ventanas simultáneamente
• Botón derecho
  • cambia el zoom de la ventana