Interface Slicer

Parties de l'interface

Celle-ci est l'interface du 3D Slicer lorsque vous l'ouvrez(Figure 1):

Figure 1: Interfaz genérica

1. Menu principal
2. Barre d'outils
3. Panneau Modules
4. Visualisation 3D
5. Affichage 2D
6. Fenêtre de données

Menú principal

Le menu à partir duquel les fichiers et toutes les fonctions du programme sont gérés (Figure 2).

Figure 2: Main Menu

Il figure de quatre sections:

Philae

(Figure 3)

Figure 3: File

• Add Data : pour charger le contenu des fichiers et des dossiers. Il permet d'ouvrir les formats de fichiers 'nrrd' , 'mrml' et 'vtk' entre autres. Les fichiers Mrml sont des fichiers qui contiennent tous les éléments qui constituent une scène mais qui sont contenus dans un seul fichier; les fichiers vtk sont individuels et les fichiers nrrd.
• DICOM : pour charger des fichiers au format DICOM et communiquer avec un serveur PACS.
• Download Sample Data : vous permet de télécharger des exemples de fichiers fournis avec le logiciel, une connexion Internet est requise la première fois que chaque fichier est ouvert, puis stocké sur le disque dur.
• Save : Sauvegarde la scène dans laquelle tu travailles ou une partie de celle-ci. Tous les paquets peuvent être stockés dans un seul fichier 'mrml' ou dans des fichiers individuels.
• Recently Loaded : pour ouvrir les derniers fichiers / scènes avec lesquels vous avez travaillé
• Close Scene : Ferme la scène.
• Exit : Quitte le programme.

Edit

(Figure 4)

Figure 4: Edit

• Application settings : ouvre la fenêtre avec les options de personnalisation du programme
• 'Cyt' ': Couper l'élément sélectionné dans le presse-papier
• Copy : copie l'élément sélectionné dans le presse-papier
• Paste : coller depuis le presse-papier

View

(Figure 5)

Figure 5: View

• Extension Manager : Gestionnaire d'extensions
• Module Panel : pour activer ou désactiver la visibilité du panneau du module
• Python Interactor : ouverture de la fenêtre de la console Python
• Toolbars : Sélectionnez les sections de la barre des tâches à afficher
• Layout : change la disposition des différentes fenêtres du programme
• Reset to default : retourner aux options d'affichage initial
• Home : retour au module d'accueil
• Error Log : vérifiez le journal des erreurs

Help

(Figure 6)

Figure 6: Help

• Keyboard Shortcuts : liste des raccourcis clavier
• Interface Documentation : en ligne, ouvrez le site Web Slicer de la documentation du programme
• Browse tutorials : en ligne, ouvrez le site Web Slicer pour les tutoriels
• Slicer Publications : en ligne, ouvrez le site des publications de Slicer
• Visual Blog : en ligne, ouvrez le blog de Slicer
• Report a Bug : envoie le journal des erreurs aux développeurs
• About 3D Slicer : ouvre l'écran d'information du programme

Barre d'outils

Une sélection de certaines des fonctions les plus couramment utilisées

• Load/ Save(Figure 7)

center | frame |

</ figure>

• • DATA: permet de charger des fichiers ou des dossiers, équivaut à la commande 'Add Data' 'dans le menu du fichier.
  • DCM: pour le chargement des fichiers DICOM.
  • SAVE: sauvegarder la scène ou les fichiers avec lesquels vous travaillez, c'est équivalent à la commande 'Enregistrer' 'du menu fichier.

• Module Selection

()

<figure id="fig:ModuleSelection">

Module Selection

• • Loupe: vous permet de rechercher des modules par leur nom
  • déroulant: affiche tous les modules installés dans Slicer. D'abord, il montre les plus communs, puis, à travers les menus déroulants latéraux, il montre la liste complète de tous les disponibles
  • derniers modules: permet de naviguer entre les derniers modules utilisés
  • précédent: revenir dans la navigation entre les modules du panneau de modules
  • suivant: aller de l'avant dans la navigation entre les modules

• Favorite Modules

(Figure 8)

Figure 8: Favorite Modules

Muestra una selección por defecto de los módulos más generales de Slicer, estos son: datos, transformaciones, volúmenes y modelos

• Layout Selection

(Figure 9)

Figure 9: Layout Selection

Para cambiar entre las diferentes opciones de visualización de la interfaz del programa, variando la organización de las ventanas. Equivale al comando del menú View.

• Mouse Interaction

(Figure 10)

Figure 10: Mouse Interaction

Para cambiar el comportamiento del puntero del ratón. Las opciones son:

- Persistent: el modo que queremos que sea el permanente, por defecto va a ser Fiducial

- Ruler: mediante dos clicks sobre la escena permite medir la distancia entre los dos puntos señalados

- ROI: delimita una caja 3D sobre la escena, conteniendo una parte del modelo que nos interese destacar

- Fiducial: para manipular la escena: girarla, ampliarla... (es el modo por defecto)

• Capture/Restore

(Figure 11)

Figure 11: Capture/Restore

Para la captura de imágenes de la pantalla.

• Crosshair Selection

(Figure 12)

Figure 12: Crosshair Selection

Cambia entre las diferentes opciones de retículo, se utiliza especialmente en las ventanas de visualización 2D para conocer la posición exacta del cursor del ratón.

• Extensions

(Figure 13)

Figure 13: Extensions

Abre el gestor de extensiones, equivale al comando del menú View.

• Sequence browser

(Figure 14)

Figure 14: Sequence browser

Los controles de reproducción de secuencias de vídeo.

Panel de módulos

Ventana en la que se muestran las opciones del módulo activo. Esta ventana se puede desanclar de la ventana principal del programa, para así ganar más espacio de pantalla.

Como su contenido varía en función del módulo con que se esté trabajando en cada momento, se describirán sus partes cuando se vayan explicando cada uno de los módulos a utilizar en este curso.

Visualización 3D

Donde se muestra la reconstrucción en tres dimensiones de los datos que se hayan cargado.

Figure 15: 3D view

Ejes de visualización

Es importante repasar los ejes según los cuales se orientan los objetos en Slicer, estos ejes son los utilizados tradicionalmente en radiología y son los representados en la Figure 16, definidos en ese orden:

• R-L (Right-Left): Derecha-Izquierda, corresponde al plano sagital
• A-S (Anterior-Posterior): Anterior-Posterior , corresponde al plano coronal
• S-I (Superior-Inferior): Superior-Inferior, corresponde al plano axial

Opciones de visualización

Figure 17: Visualization options

En la parte izquierda del menú nos muestra los tres ejes de visualización, esto sirve para re-orientar la vista en 3D activa en ese momento. Haciendo click sobre la inicial del extremo del eje nos pasa la vista 3D al eje y orientación seleccionado, lo cual es útil cuando se ha estado manipulando la vista 3D y se quiere volver a tenerla presentada en una orientación conocida.

El resto de opciones, enumeradas por filas, son:

• Fila 1
  • Centrar la vista 3d en la pantalla
  • Cambiar entre renderizado ortográfico o en perspectiva
  • mostrar/ocultar reglas
  • Opciones para gafas y pantallas 3D
• Fila 2
  • Aumentar zoom
  • Rotar la vista 3D horizontalmente
  • Mostrar/Ocultar las marcas de orientación de los ejes de representación
  • Mostar FPS
• Fila 3
  • Disminuir zoom
  • Balancear la vista 3D horizontalmente
  • Opciones gráficas de la ventana (etiquetas de los ejes, fondo, color...)

Comandos de ratón

• Botón izquierdo
• Botón derecho

Visualisation 2D

Figure 18: 2D View

Las tres vistas en 2D disponibles, cada una de las sub-ventanas se identifica por su color: rojo, amarillo y verde. Por defecto en cada una de las ventanas aparece cada uno de los tres diferentes planos de visualización:

• Axial: rojo
• Sagital: amarillo
• Coronal: verde

Esta asignación de planos a cada ventana se puede cambiar según las necesidades del usuario, pudiendo mostrarse en estas ventanas representaciones completamente ajenas a los tres planos de los que se ha hablado hasta ahora.

Figure 19: 2D View_detail

Haciendo click en el botón con el dibujo de chincheta en la esquina superior izquierda de la ventana se despliega el menú con la información de la vista mostrada en la ventana:

Figure 20: 2D View_menu

• Anillos abiertos/cerrados: enlaza/desenlaza las opciones de visualización entre las tres ventanas 2D
• Ojo abierto/cerrado: muestra/oculta en la vista 3D la sección correspondiente, lo cual resulta muy útil para conocer de forma rápida qué lugar del modelo 3D estamos viendo en esta ventana
• Desplegable con el nombre del plano que se está representando
• Desplegable con los volúmenes disponibles en la escena que tengamos abierta en ese momento en el slicer

La letra R, Y o G identifica la ventana, como la roja (R: red), la amarilla (Y: yellow) o la verde (G: green).

El siguiente icono ajusta la imagen a toda la ventana, restaurando el nivel de zoom si este ha variado.

Desplazando a la derecha e izquierda el tirador de la barra superior de la ventana se mostrará la sección correspondiente al plano de representación a lo largo de su eje. En el extremo derecho de la barra superior aparece, en este caso, la letra R, que corresponde al eje R-L; la ventana roja tiene la letra S, correspondiente al eje S-I y la verde la letra A, correspondiente al eje A-P (ver Figure 18). El número que acompaña a esta letra nos indica la posición de la imagen mostrada a lo largo de su eje correspondiente.

Commandes de la souris

Cliquez et faites glisser avec:

• Bouton gauche
  • verticalement: changez la luminosité de l'image dans les trois fenêtres simultanément
  • horizontalement: change la saturation de l'image dans les trois fenêtres simultanément
• Bouton droit
  • changer le zoom de la fenêtre