Interface OpenAnatomy

Ventana principal

En la página principal el menú nos conmina a elegir qué atlas deseamos abrir. Se selecciona uno de ellos (en este caso el del cerebro) y se pasa a la página del mismo. Para ello ha de cargar los ficheros que componen el atlas en sí, y una ventana superpuesta nos informa del progreso de la carga:

(Figure 1)

Figure 1: Load screen

Cuando la carga ha finalizado se puede cerrar la ventana superpuesta (en el botón OK o haciendo click en cualquier parte de la pantalla) y nos encontramos en la interfaz propiamente dicha (Figure 2):

Figure 2: Open Anatomy Interface

Description of the interface

Esta interfaz se asemeja a la del 3D Slicer: en la parte izquierda están las tres vistas (axial, coronal y sagital), en la parte central la representación tridimensional, y en la parte derecha está la jerarquía de elementos presentes en el atlas.

Barra de menú

En la parte superior de la ventana está la barra de herramientas (Figure 2):

Figure 3: Open Anatomy Toolbar

The buttons of the bar, of left to right, are:

• Threshold and label map transparency: to control the transparency and saturation of 2D views and their representation in the 3D window
• Toggle the crosshair in the slice views: enable/disable lines in the 2D views to indicate which section is being displayed
• Resize the view to fit the whole scene: Re-orient the 3D view and fit it into the window (very useful for when an excessive zoom level has been applied or the model has been moved off-screen)
• Volumes to display: list of available volumes in the loaded atlas
• View sharing: nabling/disabling the check box allows/blocking view sharing with other browsers that are loading the same session.
• Screenshot: takes a screenshot
• Log in: functionality not yet implemented

2D Views

Al igual que en el 3D Slicer, cada vista 2D se puede manipular mediante la barra deslizante que nos mueve entre el conjunto de vistas (slices). Haciendo click en el icono del ojo se cambia la visibilidad del plano de la sección en la parte de la ventana que muestra la vista 3D.

Vista 3D

En la parte inferior izquierda están representados los ejes, que ayuda a saber la orientación del modelo que se muestra en cada momento. El sistema de ejes utilizado es el RAS, al igual que en 3d Slicer.

En la parte inferior derecha hay un pequeño recuadro que muestra los parámetros de la animación: el número de FPS (Frames Per Second). Esta información es irrelevante desde el punto de vista anatómico, simplemente indica la fluidez con la que se muestra el movimiento en la ventana.

La representación 3D se manipula pinchando y arrastrando con el botón izquierdo del ratón. Al pinchar y arrastrar con el botón derecho se desplaza la representación 3D por la pantalla; y al utilizar la rueda de desplazamiento del ratón se cambia el zoom.

Al pasar el ratón por encima de un elemento, en la parte inferior de la pantalla, muestra el nombre del mismo y su posición en el árbol jerárquico de elementos. Si se hace click sobre el aparecerá marcado en amarillo.

Element Tree

The right side gives the hierarchical information of the elements available in the scene.

Clicking on the icons' + will display the parent element to show the child elements and clicking on - will shrink it. The visibility of the elements (and all those that depend hierarchically on it) is controlled by the eye icon.