Interface OpenAnatomy

Fenêtre principale

Sur la page d'accueil, le menu nous invite à choisir l'atlas que nous voulons ouvrir. Sélectionnez l'un d'entre eux (dans ce cas-ci le cerveau) et allez à la page du même. Pour ce faire, vous devez télécharger les fichiers qui composent l'atlas lui-même, et une fenêtre de superposition nous informe de l'avancement du téléchargement:

(Figure 1)

Figure 1: Load screen

Une fois le chargement terminé, vous pouvez fermer la fenêtre de superposition (sur le bouton OK ou en cliquant sur n'importe quelle partie de l'écran) et vous vous retrouverez dans l'interface elle-même (Figure 2):

Figure 2: Open Anatomy Interface

Description de l'interface

Cette interface ressemble à celle de 3D Slicer: à gauche les trois vues (axiale, coronale et sagittale), au centre la représentation tridimensionnelle, et à droite la hiérarchie des éléments présents dans l'atlas.

Barre des menus

En haut de la fenêtre se trouve la barre d'outils (Figure 2):

Figure 3: Open Anatomy Toolbar

Les boutons de la barre, de gauche à droite, sont:

• Threshold and label map transparency: ppour contrôler la transparence et la saturation des vues 2D et leur représentation dans la fenêtre 3D.
• Toggle the crosshair in the slice views: activer/désactiver les lignes dans les vues 2D pour indiquer quelle section est affichée.
• Resize the view to fit the whole scene: Réorienter la vue 3D et l'insérer dans la fenêtre (très utile lorsqu'un niveau de zoom excessif a été appliqué ou que le modèle a été déplacé hors de l'écran)
• Volumes to display: lliste des volumes disponibles dans l'atlas chargé
• View sharing: activer/désactiver la case à cocher permet/bloquer le partage de vues avec d'autres navigateurs qui chargent la même session.
• Screenshot: faire une capture d'écran
• Log in: fonctionnalité pas encore implémentée

Vues 2D

Comme dans le 3D Slicer, chaque vue 2D peut être manipulée à l'aide du curseur qui nous déplace entre les vues. En cliquant sur l'icône de l'œil, vous changez la visibilité du plan de coupe dans la partie de la fenêtre qui affiche la vue 3D.

Vue 3D

Les axes sont représentés dans le coin inférieur gauche, ce qui permet de connaître à tout moment l'orientation du modèle affiché. Le système d'axes utilisé est le RAS, comme dans 3d Slicer.

En bas à droite il y a une petite boîte qui montre les paramètres d'animation: le nombre de FPS (Frames Per Second). Cette information n'est pas pertinente du point de vue anatomique, elle indique simplement la fluidité avec laquelle le mouvement est montré dans la fenêtre.

La représentation 3D est manipulée en cliquant et en faisant glisser avec le bouton gauche de la souris. Un clic droit et un glisser-déplacer déplacent la représentation 3D à travers l'écran; en utilisant la molette de défilement de la souris, le zoom change.

Lorsque vous passez votre souris sur un élément, au bas de l'écran, il affiche son nom et sa position dans l'arborescence hiérarchique des éléments. Si vous cliquez dessus, il sera marqué en jaune.

Arbre des éléments

Le côté droit donne les informations hiérarchiques des éléments disponibles dans la scène.

Cliquer sur les icônes +' affichera l'élément parent pour afficher les éléments enfant et cliquer sur - pour le réduire. La visibilité des éléments (et de tous ceux qui en dépendent hiérarchiquement) est contrôlée par l'icône œil.

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