Creador atlas
Inicio
La herramienta de generación de atlas se encuentra alojada en https://mt4sd.ulpgc.es/atlas/, junto con los atlas creados por el GTMA (Figure 1).
En la esquina superior derecha está el botón etiquetado Atlas manager, que da acceso a la herramienta.
ATENCION Actualmente la herramienta sólo está disponible en inglés
Acceso
Antes de acceder, es necesario introducir el nombre de usuario (el email) y la contraseña (Figure 2).
Pantalla inicial
Una vez dentro, la herramienta nos muestra los atlas creados por nuestro usuario, con su nivel de progreso, estado y si se ha marcado como disponible al público o sigue siendo privado (Figure 3):
Podemos crear un nuevo atlas, utilizando el botón NEW ATLAS de la parte izquierda o seleccionar uno de los existentes haciendo click sobre su nombre.
Trabajando con un atlas
El flujo de trabajo de la herramienta está diseñado para ir avanzando consecutivamente por los diferentes pasos, no permitiéndose la vuelta atrás en algunos de ellos. Es por eso que resulta muy importante tener claro lo que se está haciendo en cada uno de los pasos, ya que el atlas se va generando de forma progresiva, estando cada paso basado en el anterior.
1.Color Table
La base del atlas es la ColorTable generada en el 3DSlicer cuando se hace la segmentación (Figure 4). Es este fichero el que hay que subir a la plataforma, usando el botón UPLOAD Color Table. Si ya se ha subido el fichero, aparece listado y hay que seleccionarlo haciendo click sobre su nombre.
En Figure 5 aparece listado el contenido del fichero Color Table: el nombre de los segmentos y el color que tienen asignados. Si esta información es correcta se puede proceder al siguiente paso, haciendo click sobre el botón de la esquina superior derecha IMPORT INFORMATION. Esta acción valida los nombres de todos los segmentos listados, para poder empezar a construir el atlas con ellos, y nos lleva automáticamente al siguiente paso.
Figure 4: Select/Upload Color Table
Figure 5: Content of the colortable
2.Elements
En este paso se pueden editar, eliminar o añadir segmentos al atlas (Figure 6).
Es necesario eliminar el elemento con la id 0 (ver Figure 6), que no tiene ni nombre ni fichero asociado, esto se hace haciendo click sobre su icono de la papelera. Para modificar un segmento, basta con hacer click en su icono del lápiz (Figure 7); para cambiar el nombre hay que rellenar el campo del formulario con el nombre correcto y para cambiar el color, haciendo click sobre el recuadro coloreado se abre una ventana emergente con un selector de color. Si fuera necesario añadir un segmento que no haya venido incluido en la colortable, está el botón en la parte superior derecha con el texto ADD ELEMENT MANUALLY; los campos del formulario a rellenar son similares a los del caso de la edición.
Una vez revisados los segmentos, se continúa al siguiente paso con el botón PROCEED TO STRUCTURE
Figure 6: Elements screen
Figure 7: Editing a segment
3.Hierarchy
En este paso es necesario organizar jerárquicamente los segmentos, clasificándolos en grupos (Figure 8). No es posible tener elementos que no pertenezcan a ningún grupo dentro del atlas; de hecho los elementos que queden sueltos no serán incluidos en el atlas. Otra norma a tener en cuenta es que tiene que haber, al final, un único grupo que lo contenga todo. La estructura de grupos se construye desde los elementos individuales, los segmentos; grupos que pueden contener otros grupos y/o segmentos; hasta un grupo final. El proceso es similar a construir un árbol desde las puntas de las ramas hasta llegar al tronco principal. Se accede a la creación de grupos con el botón ADD GROUP, situado en la esquina superior derecha.
A la hora de crear un grupo, se le da un nombre en el formulario, y se marcan las casillas de los elementos que van a ser sus hijos (tomando el grupo que se está creando como padre y los elementos, tanto grupos como segmentos, como sus hijos). Para localizar los elementos a añadir, se puede utilizar la casilla de búsqueda, marcada con el nombre Children element o navegar directamente por el listado (Figure 9). Una vez seleccionados los elementos, notar que los grupos tienen su nombre escrito con negrita, para así diferenciarlos de los segmentos, hacer click en el botón CREATE, que nos devuelve a la pantalla con el listado de elementos (Figure 10).
Con el botón VIEW TREE se puede consultar en una nueva ventana la estructura jerárquica (Figure 11) que se ha construido hasta el momento.
Figure 8: Hierarchy overview
Figure 9: Group creation- Figure 10: Grouped elements
Figure 11: Tree view
