Editor

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Módulo Editor

Este módulo complementa-se com o Segment Editor. Ambos servem para segmentar volumes, mas o Segment Editor se pode considerar como uma versão avançada do Editor; o que muda entre ambos são as ferramentas disponíveis para trabalhar e a forma em que algumas se comportam. De facto no ecrã do módulo recomenda o uso do módulo Segment Editor. (Figure 1)

Figure 1: Module Editor

Secções

Ao entrar no módulo Editor abre-se um quadro de diálogo perguntando que tabela de cores se vai utilizar no processado.

Uma tabela de cor associa os valores escalares da imagem médica com a cor que se vai utilizar em sua representação em Slicer. Determinadas modalidades médicas, como CT, proporcionam valores absolutos que permitem estabelecer a correlação entre os tipos de tecido e os valores escalares da imagem. No entanto, em outras modalidades como MRI, isto não ocorre porque os valores são relativos; sendo necessário realizar esta correlação de forma semi automática.

Há mais informações sobre as diferentes tabelas de cor disponíveis por defeito em Slicer dentro da documentação do módulo

Create and Select Label Maps

• Master Volume: contém as imagens originais do scanner. Podem-se seleccionar tantos volumes diferentes como carregados na cena.
• Merge Volume: contém as representações da cena, às que se aplicou o mapa de cor correspondente.

Ver Figure 1.

Edit Selected Label Map

primeira linha

Figure 2: Module Editor - Toolbar row 1

• Default Tool: permite a selecção de elementos
• Erase Label: apaga as mudanças realizadas na imagem
• Paint Effect: colore a zona sobre a que se *pincha e arrasta sobre o rato. Ao seleccionar esta ferramenta aparecem baixo as duas barras de ferramentas as opções de uso: sobre que etiqueta se efectua, o rádio da ponta do pincel e o modo em que comportar-se-á a cor aplicada. Trabalha-se clicando com o botão esquerdo do rato e arrastando, para fazer um desenho a mão livre.
• Draw Effect: similar ao anterior mas a base de linhas rectas que se definem a base de cliques.
• Wand Effect: selecciona todos os pixels de cor similar, segundo a tolerância estabelecida, ao clickado.
• Level Tracing Effect: delimita com uma linha todos os pixels com valor similar ao seleccionado e ao fazer clique com o botão esquerdo exporta a linha de contorno ao mapa de etiquetas.
• Rectangle Effect: realiza uma selecção com forma rectangular fazendo clique com o botão esquerdo e arrastando, ao soltar fecha-se o rectângulo.
• Identify Islands Effect: aplica uma etiqueta única à toda a área interligada dentro do mapa de etiquetas. No caso de que existam outras áreas com os mesmos valores, mas que não estejam conectadas com a seleccionada, estas não ver-se-ão alteradas nem seleccionadas.
• Change Island Effect: aplica uma cor diferente ao contorno fechado que se seleccione.
• Remove Islands Effect: elimina todos os pixels/voxels sem etiquetar dentro de um área que está etiquetada e os substitui por uns de valor idêntico aos da área etiquetada. Utiliza-se para eliminar buracos/ruído dentro das selecções.
• Save Island Effect: comporta-se igual a ferramenta anterior e ademais permite salvar a selecção para usos posteriores.

segunda linha

Figure 3: Module Editor - Toolbar row 2

• Erode Effect: contrai a selecção o número de pixels estabelecido nas opções da ferramenta.
• Dilate Effect: expande a selecção o número de pixels estabelecido nas opções da ferramenta.
• Grow Cut Effect: consiste num algoritmo que segmenta em base a múltipla etiquetas de cor para separar automaticamente as áreas pertencentes às estruturas anatómicas seleccionadas.
• Watershed from Marker Effect: algoritmo similar ao anterior, utiliza-se quando se dispõe de objectos com bordas bem definidas.
• Threshold Effect: define as faixas para as ombreiras de valores com os que se vai trabalhar a hora de pintar, por exemplo. Define-se um limite superior e inferior.
• Change Label Effect: para mudar cada pixel/voxel no mapa de etiquetas primeiramente ao valor do mapa de etiquetas de saída (do master volume ao merge volume).
• Make Model Effect: cria modelos de forma automática para todos aqueles valores diferentes a zero no mapa de etiquetas.
• Fast Marching Effect: permite seleccionar mediante um algoritmo de segmentação, zonas de valores similares aos definidos como valor semente de forma automática.

Documentação em Slicer.org

[Editor] (en inglés)

Fluxo de trabalho

O procedimento geral a seguir, é o seguinte:

1. Abrir a cena/ficheiros com os dados e entrar no módulo editor
2. Seleccionar um dos label maps que há em slicer, para que atribua etiquetas às cores/intensidades com os que trabalhar
3. Com a ferramenta Paint Effect atribuir-lhe uma etiqueta (do label map anteriormente seleccionado) e pintar a zona correspondente na imagem
4. Repetir o passo anterior para cada tipo de tecido que se queira segmentar
5. Aplicar o efeito Grow Cut para que Slicer automaticamente seleccione todas as áreas similares às selecionadas

Neste momento já estará feita a segmentação e passa a gerar os volumes que lhe correspondem:

1. Aplicar, dentro da flange Per-structure Volumes o efeito Split Merge Volume. Assim se cria um volume independente por cada estrutura segmentada.
2. Ajustar cada volume com a ferramenta Threshold Effect, comprovando que se selecciona o anatómicamente correcto nesse caso.
3. Depurar a selecção, eliminando ilhas ou acrescentando partes segundo seja necessário.
4. Quando já se tenham ajustado os volumes, criar os volumes 3D definitivos com o comando Merge and Build

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