Interface utilisateur graphique (GUI)

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GUI

L'acronyme GUI signifie Graphical User Interface, et se réfère à la façon dont le programme présente les informations qu'il traite à l'utilisateur; plus familièrement, il est défini comme l'apparence et la disposition des fenêtres du programme.

Principaux éléments

Voici l'interface du 3D Slicer dès que vous l'exécutez (Figure 1):

Figure 1: Interfaz genérica

1. Menu principal
2. Barre d'outils
3. Panneau de module
4. Visualisation 3D
5. Affichage 2D
6. Fenêtre de données

Menus

Le menu de gestion des fichiers et de toutes les fonctions du programme (Figure 2).

Figure 2: Main Menu

Il se compose de quatre sections:

File

(Figure 3)

Figure 3: File

• Add Data: pour charger le contenu des fichiers et des dossiers. Il vous permet d'ouvrir des fichiers au format nrrd,mrml et vtk entre autres. Les fichiers mrml (Medical Reality Markup Language) sont des fichiers qui contiennent tous les éléments qui composent une scène mais qui sont contenus dans un seul fichier; les fichiers vtk (Visualization Tool Kit) et nrrd (Nearly Raw Raster Data) contiennent des structures multidimensionnelles.
• DICOM: pour charger des fichiers au format DICOM et communiquer avec un serveur PACS.
• Download Sample Data: il permet de télécharger les fichiers échantillons qui viennent avec le logiciel, il est nécessaire une connexion internet la première fois que chaque fichier est ouvert, puis ils sont stockés sur le disque dur.
• Save: Sauvegarde la scène dans laquelle vous travaillez ou une partie de celle-ci. Vous pouvez sauvegarder tout ce qui est emballé dans un seul fichier mrml ou dans des fichiers individuels.
• Recently Loaded: pour ouvrir les derniers fichiers/scènes avec lesquels vous avez travaillé.
• Close Scene: Fermez la scène.
• Exit: Quitter le programme.

Edit

(Figure 4)

Figure 4: Edit

• Application settings: ouvre la fenêtre avec les options de personnalisation du programme
• Cut: coupe l'élément sélectionné dans le presse-papiers
• Copy: copie l'élément sélectionné dans le presse-papiers
• Paste: coller depuis le presse-papier

View

(Figure 5)

Figure 5: View

• Extension Manager : Gestionnaire d'extensions
• Module Panel : pour activer ou désactiver la visibilité du panneau du module
• Python Interactor : ouverture de la fenêtre de la console Python
• Toolbars : Sélectionnez les sections de la barre des tâches à afficher
• Layout : change la disposition des différentes fenêtres du programme
• Reset to default : retourner aux options d'affichage initial
• Home : retour au module d'accueil
• Error Log : vérifiez le journal des erreurs

Help

(Figure 6)

Figure 6: Help

• Keyboard Shortcuts : liste des raccourcis clavier
• Interface Documentation : en ligne, ouvrez le site Web Slicer de la documentation du programme
• Browse tutorials : en ligne, ouvrez le site Web Slicer pour les tutoriels
• Slicer Publications : en ligne, ouvrez le site des publications de Slicer
• Visual Blog : en ligne, ouvrez le blog de Slicer
• Report a Bug : envoie le journal des erreurs aux développeurs
• About 3D Slicer : ouvre l'écran d'information du programme

Barre d'outils

Dans la barre d'outils, située en dessous du menu, y a une sélection pour l'accès rapide à quelques des fonctions les plus utilisées dans le programme:

Load/Save

(Figure 7)

Figure 7: Load/Save

• DATA: Charger des fichiers ou des dossiers, cela équivaut à la commande Ajouter des données du menu Fichier.
• DCM: pour charger des fichiers DICOM.
• SAVE: Sauvegarde la scène ou les fichiers avec lesquels vous travaillez, cela équivaut à la commande Sauvegarder du fichier menu.

Module Selection

(Figure 8)

Figure 8: Module Selection

• loupe grossissante: permet de rechercher des modules par nom
• dropdown: Affiche tous les modules installés dans Slicer. Il montre d'abord les plus courants et ensuite, à l'aide de tractions latérales, la liste complète de tous les modèles disponibles.
• derniers modules: il vous permet de naviguer entre les derniers modules utilisés
• précédent: retour en arrière dans la navigation entre les modules du panneau de module
• suivant: retour en arrière dans la navigation entre les modules du panneau de modules

Favorite Modules

(Figure 9)

Figure 9: Favorite Modules

Affiche une sélection par défaut des modules Slicer les plus généraux, à savoir: données, transformations, volumes et modèles.

Layout Selection

(Figure 10)

Figure 10: Layout Selection

Pour commuter entre les différentes options d'affichage de l'interface du programme, modifier la disposition des fenêtres. Equivalent à la commande Afficher menu.

Mouse Interaction

(Figure 11)

Figure 11: Mouse Interaction

Pour modifier le comportement du pointeur de la souris. Les options sont:

• Persistent: la façon dont nous voulons qu'il soit permanent, par défaut il sera Fiducial
• Ruler: à l'aide de deux clics sur la scène, il est possible de mesurer la distance entre les deux points marqués.
• ROI: délimiter une boîte 3D sur la scène, contenant une partie du modèle que l'on veut mettre en évidence
• Fiducial: pour manipuler la scène: rotation, zoom avant... (c'est le mode par défaut)

Capture/Restore

(Figure 12)

Figure 12: Capture/Restore

Pour capturer des images à l'écran.

Crosshair Selection

(Figure 13)

Figure 13: Crosshair Selection

Commute entre les différentes options de réticule, utilisées notamment dans les fenêtres d'affichage 2D pour connaître la position exacte du curseur de la souris.

Extensions

(Figure 14)

Figure 14: Extensions

Ouvre le gestionnaire d'extensions, il est équivalent à la commande Afficher menu.

Sequence browser

(Figure 15)

Figure 15: Sequence browser

Les contrôles de reproduction de séquences de vidéo.

Panneau de modules

Fenêtre dans laquelle les options du module actif sont affichées. Cette fenêtre peut être désancrée de la fenêtre principale du programme pour gagner plus d'espace sur l'écran. La sélection du module à travailler se fait depuis le panneau déroulant de la barre d'outils (Figure 16); ce panneau affiche d'abord une liste des modules les plus pertinents puis la liste complète de tous les modules installés dans notre version de Slicer 3D.

Figure 16: Modules list

Comme le contenu de ce panneau varie en fonction du module sur lequel on travaille à un moment donné, ses parties seront décrites en expliquant chacun des modules à utiliser dans ce cours.

Data Probe

Situé en bas du panneau de module, il est toujours visible quel que soit le module sélectionné. Affiche des informations spatiales sur la position du pointeur de la souris lorsque celui-ci se trouve au-dessus d'une des fenêtres d'affichage 2D:

Figure 17: Data Probe

Axes de visualisation

Il est important de revoir les axes en fonction desquels les objets sont orientés dans Slicer, ces axes sont ceux traditionnellement utilisés en radiologie et sont ceux représentés dans Figure 18, définis dans cet ordre:

Figure 18: Ejes

• R-L (Right-Left): Droite-Gauche, correspond au plan sagittal
• A-P (Anterior-Posterior): Antérieur-Postérieur, correspondant au plan coronal
• S-I (Superior-Inferior): Supérieur-inférieur, correspondant au plan axial

Information de la fenêtre Data Probe

Dans le cas de l'image Figure 17 l'indicateur de la souris était situé sur la fenêtre 2D rouge, sur un pixel défini par les coordonnées, celles-ci sont établies pendant que le patient se tient debout et regarde l'observateur:

• R 49.3: sur l'axe de gauche à droite du patient
• P 35.2: sur l'axe de l'avant vers l'arrière du patient
• I 35.0: sur l'axe de haut en bas du patient

La lettre désignant l'axe indique dans quelle direction les coordonnées croissent.

A droite de cette première ligne de texte est indiqué quel plan est affiché dans la fenêtre, et l'espacement entre les sections; ceci sera déterminé par le fichier de données avec lequel vous travaillez.

Les trois autres lignes donnent des informations, s'il y en a une, sur l'étiquette (Label), le premier plan (Foreground) et l'arrière-plan (Background); s'il n' y a pas d'information pour ce champ, l'indication "Aucun" apparaîtra, sinon le nom du volume et les coordonnées IJK du pixel sur lequel la souris est placée ainsi que les coordonnées IJK du pixel sur lequel la souris est placée.

Les coordonnées IJK se réfèrent à la section spécifique et non à l'ensemble des sections, elles seront discutées plus tard.

Visualisation 3D

Où il se montre la reconstruction en trois dimensions des données que se soient chargé.

Figure 19: 3D view

Options de visualisation

Figure 20: Visualization options

Dans la partie gauche du menu, il montre les trois axes de visualisation, ce qui permet de réorienter la vue 3D active à ce moment-là. En cliquant sur l'initiale de la fin de l'axe, la vue 3D est dirigée vers l'axe et l'orientation sélectionnés, ce qui est utile lorsque la vue 3D a été manipulée et que vous souhaitez la présenter à nouveau dans une orientation connue.

Les autres options, répertoriées par ligne, sont:

• Rangée 1
  • Mise au point de la vue 3D sur l'écran
  • Commutation entre rendu orthographique ou perspective
  • Afficher/masquer les règles
  • Options pour lunettes et écrans 3D
• Rangée 2
  • Augmenter le zoom
  • Rotation horizontale de la vue 3D
  • Afficher/masquer les marques d'orientation des axes de représentation
  • Montrer FPS
• Rangée 3
  • Diminuer le zoom
  • Équilibrer la vue 3D horizontalement
  • Options graphiques de la fenêtre (étiquettes d'axes, arrière-plan, couleur...)

• Bouton gauche
  • Clic soutenu: pour faire pivoter librement la vue 3D sur les trois axes
• Bouton droit
  • Clic soutenu en haut vers le bas: zoomez dans ou hors de la vue 3D
  • Clic soutenu droite-gauche: aucun effet

Visualisation 2D

Les informations affichées dans ces fenêtres seront certainement plus familières aux professionnels de la santé habitués à travailler avec des images de coupes anatomiques issues d'un scanner.

Figure 21: 2D View

Axes de visualisation

Les trois vues 2D disponibles, chaque sous-fenêtre est identifiée par sa couleur: rouge, jaune et vert. Par défaut dans chacune des fenêtres apparaît chacun des trois différents plans de visualisation:

• Axial: rouge, correspond à l'axe S-I
• Sagittal: jaune, correspond à l'axe L-R
• Coronal: vert, correspond à l'axe A-P

Cette affectation des plans à chaque fenêtre peut être modifiée selon les besoins de l'utilisateur, en pouvant afficher dans ces fenêtres des représentations complètement différentes des trois plans mentionnés jusqu' à présent.

Figure 22: 2D View_detail

Options de visualisation

En cliquant sur le bouton avec le pin dans le coin supérieur gauche de la fenêtre, vous ouvrez le menu avec les informations de vue affichées dans la fenêtre:

Figure 23: 2D View_menu

• Anneaux ouverts/fermés: permet de lier/déplacer les options d'affichage entre les trois fenêtres 2D
• Ouvrir/fermer l'œil: affiche/masque la section correspondante en vue 3D, ce qui est très utile pour savoir rapidement quelle place du modèle 3D nous visualisons dans cette fenêtre.
• Menu déroulantavec le nom du plan représenté
• Menu déroulant avec les volumes disponibles dans la scène que nous avons ouvert à ce moment dans le Trancheur

Poursuivre avec la barre supérieure de l'id= "fig: Vista2Dc" /> "fig: Vista2Dc

• La lettre R, Y ou G identifie la fenêtre comme rouge (R: red), jaune (Y: yellow) ou verte (G: green).
• L'icône suivante ajuste l'image sur toute la fenêtre, en rétablissant le niveau de zoom s'il a changé.
• En se déplaçant à droite et à gauche, la poignée de la barre supérieure de la fenêtre affichera la section correspondant au plan de représentation le long de son axe. A l'extrémité droite de la barre supérieure apparaît, dans ce cas, la lettre R, qui correspond à l'axe R-L; la fenêtre rouge a la lettre S, correspondant à l'axe S-I et la lettre A, correspondant à l'axe A-P, la lettre verte (voir Figure 21). Le nombre qui accompagne cette lettre indique la position de l'image le long de son axe de la section représentée.

Calques

Chaque fenêtre de visualisation 3D affiche 3 calques. cliquez sur l'icône' >> (près du pin) pour ouvrir le menu des calques (voir ):

Figure 24: Layers

Les couches sont les suivantes:

• FG (foreground): couche avant
• BG (background): couche de fond
• L (label): Carte des étiquettes

Lorsqu'il se charge un volume, par défaut, ce se montre dans la couche BG; et si il se charge un ensemble d'étiquettes, il se montrera dans la couche L.

Options de la souris

• Bouton gauche
  • Clic soutenu en haut vers le bas: change la luminosité de l'image dans les trois fenêtres simultanément
  • Clic soutenu droite-gauche: change la saturation de l'image dans les trois fenêtres simultanément
• Bouton droit
  • Clic soutenu en haut vers le bas: Zoom dans ou hors de la vue en 2D
  • Clic soutenu droite-gauche: aucun effet

Barre de progression et enregistrement des erreurs

Située dans la part inférieure de la fenêtre inférieure de Slicer 3D, en elle se montreront des messages d'état.

Figure 25: Status Bar

En cliquant sur le bouton rouge dans le coin inférieur droit, vous pouvez accéder au journal des erreurs, où sont affichés les différents messages générés par le programme depuis son démarrage:

Figure 26: Error Log

Il peut être filtré en fonction de:

• Erreurs
• Avertissements
• Messages

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