Interface gráfica do utente (GUI)
GUI
O acrónimo GUI corresponde, em inglês, a «Graphical User Interface», e faz referência à forma como o programa apresenta a informação que maneja ao utente; de forma mais coloquial define-se como a aparência e distribuição das janelas do programa.
Componentes principais
Esta é a interface de 3D Slicer ao iniciar-se (Figure 1):
- Menu principal
- Barra de ferramentas
- Painel de módulos
- Visualização 3D
- Visualização 2D
- Janela de dados
Menus
O menu a partir do qual se gerem os arquivos e todas as funções do programa (Figure 2).
Consta de quatro secções:
*File
(Figure 3)
- Add Data: para carregar o conteúdo tanto de ficheiros como de pastas. Permite abrir ficheiros formato nrrd, mrml e vtk entre outros. Os ficheiros mrml (Medical Reality Markup Language) são ficheiros que contêm todos os elementos que conformam uma cena mas contidos num único arquivo; os ficheiros vtk (Visualization Tool Kit) e nrrd (Nearly Raw Raster Data) contêm estruturas multidimensionais.
- DICOM: para carregar ficheiros no formato *DICOM e comunicar com um servidor PACS.
- Download Sample Data: permite descarregar os ficheiros para exemplo que vêm com o software. A abertura destes arquivos requer conexão a Internet a primeira vez que se abra cada ficheiro, e depois ficam armazenados no disco duro.
- Save: guarda a cena em que se esteja a trabalhar ou partes da mesma. Pode-se guardar tudo empacotado num único ficheiro mrml ou em ficheiros individuais.
- Recently Loaded: para abrir os últimos ficheiros/cenas com os que se trabalhou
- Close Scene: fechar a cena.
- Exit: Sair do programa.
*Edit
(Figure 26)
- Application settings: abre a janela com as opções de personalização do programa
- Cut: corta o elemento seleccionado e copia-o na área de transferência
- Copy: copia à área de transferência o elemento seleccionado
- *Paste: cola a partir da área de transferência
*View
(Figure 5)
- Extension Manager: Gestor de extensões
- Module Panel: activar ou desactivar a visibilidade do painel de módulos
- Python Interactor: abre a janela de consola de Python
- Toolbars: Selecciona as secções da barra de tarefas a mostrar
- Layout: muda a disposição das diferentes janelas do programa
- Reset to default: volta às opções iniciais de visualização
- *Home: volta ao módulo de boas-vindas
- Erro Log: consulta o registo de erros
Help
(Figure 6)
- Keyboard Shortcuts: listagem dos métodos abreviados de teclado
- Interface Documentation: abre o site de Slicer da documentação do programa (em linha)
- Browse tutorials: abre o lugar site de Slicer de tutoriais (em linha)
- Slicer *Publications: abre o site de publicações de Slicer (em linha)
- Visual Blog: abre o blog de Slicer (em linha)
- Report a Bug: envia um registo de erro aos programadores
- About 3D Slicer: abre o ecrã de informação sobre o programa
Barra de ferramentas
Na barra de ferramentas, situada embaixo do menu, há uma selecção para o acesso rápido a algumas das funções mais utilizadas no programa:
*Load/*Save
(Figure 7)
- DATA: permite carregar arquivos ou pastas, equivale ao comando '*Add Data do menu File.
- DCM: para o ónus de ficheiros DICOM.
- SAVE: permite guardar a cena ou ficheiros com os quais se esteja a trabalhar, equivale ao comando Save do menu File.
*Module *Selection
(Figure 8)
- Lupa: permite realizar buscas de módulos pelo nome
- Desdobrável: mostra todos os módulos instalados em Slicer. Em primeiro lugar mostra os mais comuns e depois, mediante desdobramentos laterais, mostra a listagem completa de todos os disponíveis
- Últimos módulos: permite navegar entre os últimos módulos utilizados
- Anterior: voltar atrás na navegação entre módulos do painel de módulos
- Seguinte: voltar adiante na navegação entre módulos do painel de módulos
*Favorite *Modules
(Figure 9)
Mostra uma selecção por defeito dos módulos mais gerais de Slicer, que são: dados, transformações, volumes e modelos.
*Layout *Selection
(Figure 10)
Serve para eleger entre as diferentes opções de visualização da interface do programa, variando a organização das janelas. Equivale ao comando do menu *View.
Mouse Interaction
(Figure 11)
Serve para mudar o comportamento do ponteiro do rato. As opções são:
- Persistent: o modo que queremos que seja o permanente; por defeito vai ser Fiducial
*Ruler: fazendo dois cliques sobre a cena permite medir a distância entre os dois pontos assinalados ROI: delimita uma caixa 3D sobre a cena, contendo uma parte do modelo que nos interesse destacar
- Fiducial: serve para manipular a cena: girá-la, ampliá-la... (é o modo por defeito)
Capture/Restore
(Figure 12)
Serve para a captura de imagens do ecrã.
*Crosshair Selection
(Figure 13)
Serve para seleccionar as diferentes opções de retículo, utiliza-se especialmente nas janelas de visualização 2D para conhecer a posição exacta do cursor do rato.
*Extensions
(Figure 14)
Abre o gestor de extensões, e equivale ao comando do menu View.
*Sequence browser
(Figure 15)
Apresenta os controles de reprodução de sequências de vídeo.
Painel de módulos
É a janela na qual se mostram as opções do módulo activo. Esta janela pode-se separar da janela principal do programa, para assim ganhar mais espaço de ecrã. A selecção do módulo com o que se vai trabalhar faz-se a partir do painel desdobrável da barra de ferramentas (Figure 16); este painel mostra em primeiro lugar uma listagem dos módulos mais relevantes e depois a listagem completa de todos os módulos instalados em nossa versão de Slicer 3D.
Como o conteúdo deste painel varia em função do módulo com que se esteja a trabalhar em cada momento, descrever-se-ão as suas partes enquanto se vão explicando cada um dos módulos que vamos utilizar neste curso.
Data Probe (Sondagem de dados)
Situado na parte inferior do painel de módulos, sempre está visível, independentemente do módulo seleccionado. Mostra informação espacial sobre a posição do ponteiro do rato quando este se encontra sobre uma das janelas de visualização 2D:
Eixos de visualização
É importante rever os eixos segundo os quais se orientam os objectos em Slicer. Estes eixos são os utilizados tradicionalmente em radiología e são os representados em , Figure 18definidos nessa ordem:
- R-L (Right-Left): Direita-Esquerda, corresponde ao plano sagital
- A-P (Anterior-Posterior): Anterior-Posterior, corresponde ao plano coronal
- S-I (Superior-Inferior): Superior-Inferior, corresponde ao plano axial
Informação da janela Data Probe (Sondagem de dados)
No caso da imagem Figure 17 o ponteiro do rato estava situado sobre a janela 2D vermelho, sobre um pixel que se define pelas coordenadas RAS; estas se estabelecem estando o paciente de pé e olhando de frente para o observador:
- R 49.3: no eixo que vai desde a esquerda à direita do paciente
- P 35.2: no eixo que vai desde a parte frontal à posterior do paciente
- I 35.0: no eixo que vai desde a parte superior à inferior do paciente
A letra que designa o eixo indica em que sentido crescem as coordenadas.
À direita desta primeira linha de texto indica-se que plano se está a mostrar na janela, e o espaçamento entre as secções do mesmo; isto virá determinado pelo ficheiro de dados com o que se esteja a trabalhar.
As três linhas seguintes dão informação, se há, sobre a etiqueta (Label), primeiro plano (Foreground) e fundo (Background); se não há informação para esse campo, mostrará a indicação None; em caso contrário mostrará o nome do volume e as coordenadas IJK do pixel sobre o qual está situado o rato, junto com o valor do tom de cinza correspondente.
As coordenadas IJK referem-se à secção em concreto e não ao conjunto de secções, falar-se-á delas mais adiante.
Visualização 3D
Aqui mostra-se a reconstrução em três dimensões dos dados que se tenham carregado.
Opções de visualização
Na parte esquerda do menu mostram-se os três eixos de visualização; isto serve para reorientar a vista em 3D activo nesse momento. Clicando sobre a inicial do extremo do eixo passamos da vista 3D ao eixo e orientação seleccionado, o qual é útil quando se tem estado manipulando a vista 3D e se quer voltar a ter apresentada numa orientação conhecida.
O resto de opções, listadas por filas, são:
- Fila 1
- Centrar a vista 3D no ecrã
- Mudar entre renderização ortográfica ou em perspectiva
- mostrar/ocultar regras
- Opções para lupas e ecrãs 3D
- Fila 2
- Aumentar zoom
- Rodar a vista 3D horizontalmente
- Mostrar/Ocultar as marcas de orientação dos eixos de representação
- Mostar FPS
- Fila 3
- Diminuir zoom
- Balançar a vista 3D horizontalmente
- Opções gráficas da janela (etiquetas dos eixos, fundo, cor...)
Opções de rato
- Botão esquerdo
- clique sustentado: para rodar livremente nos três eixos a vista em 3D
- Botão direito
- clique sustentado acima-abaixo: aproxima ou afasta a vista em 3D
- clique sustentado direita-esquerda: não tem efeito
Visualização 2D
A informação representada nestas janelas resultará seguramente mais familiar aos profissionais da medicina acostumados a trabalhar com as imagens das secções anatómicas que resultam de um scaner.
Eixos de visualização
Nas três vistas em 2D disponíveis, a cada uma das subjanelas identifica-se pela sua cor: vermelho, amarelo e verde. Por defeito em cada uma das janelas aparece cada um dos três diferentes planos de visualização:
- Axial: vermelho, corresponde ao eixo S-I
- Sagital: amarelo, corresponde ao eixo L-R
- Coronal: verde, A-P
Esta atribuição de planos a cada janela pode-se mudar segundo as necessidades do utente, podendo mostrar nestas janelas representações completamente alheias aos três planos dos que se falou até agora.
Opções de visualização
Clicando no botão com o desenho de chucha no canto superior esquerdo da janela se fecha o menu com a informação da vista mostrada na janela:
- Anéis abertos/fechados: enlaça/desvincula as opções de visualização entre as três janelas 2D
- Olho aberto/fechado: mostra/oculta na vista 3D a secção correspondente, o qual resulta muito útil para conhecer de forma rápida que lugar do modelo 3D estamos a ver nesta janela
- Desdobrável com o nome do plano que se está a representar
- Desdobrável com os volumes disponíveis na cena que tenhamos aberta nesse momento em Slicer
Continuando com a barra superior da Figure 23
- A letra R, E ou G identifica a janela, como a vermelha (R: red), a amarela (E: yellow) ou a verde (G: green)
- O seguinte ícone ajusta a imagem a toda a janela, restaurando o nível de zoom se este tiver variado
- Deslocando à direita e esquerda o puxador da barra superior da janela mostrar-se-á a secção correspondente ao plano de representação ao longo de seu eixo. No extremo direito da barra superior aparece, neste caso, a letra R, que corresponde ao eixo R-L; a janela vermelha tem a letra S, correspondente ao eixo S-I e a verde a letra A, correspondente ao eixo A-P (ver Figure 21). O número que acompanha esta letra indica a posição da imagem ao longo do seu eixo da secção mostrada
Capas
Em cada janela de visualização 3D mostram-se 3 capas. Ao clicar no ícone >> (está junto à chucha) se fecha o menu de capas (ver ???):
As capas são as seguintes:
- FG (foreground): capa frontal
- BG (background): capa de fundo
- L (Label): mapa de etiquetas
Quando se carrega um volume, por defeito, este se mostra na capa BG; e se se carrega um conjunto de etiquetas, mostrar-se-á na capa L.
Opções de rato
- Botão esquerdo
- clique sustentado acima-abaixo: muda o brilho da imagem nas três janelas simultaneamente
- clique sustentado direita-esquerda: muda a saturação da imagem nas três janelas simultaneamente
- Botão direito
- clique sustentado acima-abaixo: acerca ou afasta a vista em 2D
- clique sustentado direita-esquerda: não tem efeito
Barra de progresso e registo de erros
Está situada na parte inferior da janela inferior de Slicer 3D, e nela mostrar-se-ão mensagens de estado.
Clicando no botão vermelho do canto inferior direito acede-se ao registo de erros, onde se mostram as diferentes mensagens que tem gerado o programa desde que se iniciou:
Pode-se filtrar em função de:
- Erros
- Advertências
- Mensagens
