Introduction à Slicer

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Vision générale

Dans le contexte de la médecine actuelle y a des multiples options de registre et capture d'images du corps humain ou parts d'il, afin du diagnostic et examen de différentes pathologies. Ces méthodes produisent information en forme d'images, dénommée image médicale.

Diagnostic par des images

L'image médicale souvent est usée pour désigner à l'ensemble de techniciennes qu'ils produisent des images d'aspects internes du corps (sans devoir l'ouvrir). Le diagnostic par des images permet aux médecins remarquer l'intérieur du corps en recherche d'indices sur une pathologie, puisqu'ils permettent remarquer les structures anatomiques en le sujet vif et étudier son mouvement dans les activités normales et anormales.

Une variété d'appareils et techniques ils peuvent créer des images des structures et activités dans l'intérieur du corps humain. Le type d'image qu'utilise le professionnel de la médecine dépendra de ses symptômes et la part du corps à examiner. Celles-ci sont quelqu'unes d'elles:

• Rayons X
• Tomographie computerisé
• Retentissement magnétique
• Échographie
• Techiques de médecine nucléaire

Contexte clinique

Dans le contexte clinique, il existe deux profils professionnels: d'une part, le professionnel responsable de l'acquisition d'images médicales avec la qualité du diagnostic et, d'autre part, le médecin qui interprète ces images et prend des décisions diagnostiques en fonction de celles-ci. Selon l'appareil et l'immédiateté des données fournies par le périphérique, les deux profils peuvent coïncider en un, ce qui est facultatif qui capture l'image et l'interprète.

Recherche scientifique

En tant que domaine de la recherche scientifique, l'imagerie médicale constitue une sous-discipline de l'ingénierie biomédicale, de la physique médicale ou de la médecine, selon le contexte: la recherche et le développement dans le domaine de l'instrumentation, l'acquisition d'image, la modélisation et la quantification sont normalement réservés aux génie biomédical, physique médicale et informatique; la recherche sur l'application et l'interprétation d'images médicales est normalement réservée à la radiologie et aux sous-disciplines médicales pertinentes en matière de maladie médicale ou de domaine de la science médicale (neurosciences, cardiologie, psychiatrie, psychologie, etc.) sous enquête. Beaucoup de techniques développées pour l'imagerie médicale sont également des applications scientifiques et industrielles.

Le format DICOM

Ces images sont acquises directement en format digital, à différence, par exemple, des images de radiographie conventionnelle qu'ils restent enregistrées dans un support de acétate. En image médicales y a un format standard reconnu mundialment, qu'est le DICOM (Digital Imaging and Communication in Medicine).

Ce format a été formulé pour la manipulation, visualisation, emmagasinage, impression et transmission des images médicales. Il comprend la définition d'un format de fichier et d'un protocole de communication de réseau (applique le protocole TCP/IP. Et il permet que différents établissements partagent la información et celle-ci maintienne son utilisabilité et lisibilité.

DICOM Permet l'intégration de scanners, serveurs, postes de travail, imprimantes et hardware de réseau de multiples fournisseurs dedans d'un système d'emmagasinage et communication d'images. Les différentes machines, serveurs et postes de travail ont une déclaration de conformité DICOM (conformance statements) qu'établit clairement les classes DICOM que supportent. DICOM a été largement adopté par des hôpitaux, gérés moyennant des systèmes PACS.

Logiciel: 3D Slicer

3D Slicer est un outil logiciel qui permet de charger et de manipuler des images DICOM; est conçu pour l'analyse d'image et la visualisation scientifique. Cette licence ne présente pas de restrictions d'utilisation dans des projets commerciaux ou académiques. Il s'agit d'une plate-forme de recherche translationnelle, non à usage clinique, bien qu'elle puisse être utilisée dans des procédures expérimentales avec l'approbation du conseil d'éthique et du patient concerné. Il incombe à l'utilisateur de fonctionner conformément à la réglementation et à la législation locales. 3D Slicer n'a pas été officiellement approuvé pour une utilisation clinique par la FDA aux États-Unis ou par tout autre organisme de réglementation d'autres pays.

Caractéristiques

Il est un logiciel gratuit open source licence ([BSD]), permet le registre d'images, traitement de tractophie de diffusion, servir d'interface pour des dispositifs externes pour guidé par image et renderisation des volumes par GPU, entre autres choses.

Il a une organisation modulaire qui permet d'ajouter de nouvelles fonctionnalités adaptées aux besoins spécifiques de chaque utilisateur.

Il est en constante évolution par différentes équipes internationales, basées dans des universités et des centres de recherche (publics et privés) en Amérique du Nord, en Europe et en Asie.

Fonctionnalités

Il permet l'intégration d'images multimodales, y compris toutes celles mentionnées précédemment comme images médicales; les possibilités de visualisation interactive comprennent la construction d'images par des coupures dans des plans arbitraires, la construction de modèles de surface à partir de balises d'image et la modélisation de volume accélérée par le matériel. Il prend également en charge une large gamme de compétences de journalisation, telles que les utilitaires de mesure, les cartes de couleurs personnalisées...

Capacités

• Gérer les images DICOM et lire/écrire d'autres formats
• Visualisation interactive d'images volumetriques de voxels, mailles poligonaux et renderisation de volumes
• Édition manuelle
• Fusion et co-enregistrement d'informations à l'aide d'algorithmes rigides et non rigides
• Segmentation automatique d'images
• Analyse et visualisation d'images par des tenseurs de diffusion
• Suivi de dispositifs en des procédures guidées par l'image

Hardware

La configuration hardware recommandée est:

• Écran: une résolution minime de 1024x768 (se recommande 1280x1024)
• 4GB De mémoire (se recommandent 8GB)
• Carte graphique dédiée (recommandée de 1GB)
• Multi CPU
• Souris ou dispositif de pointage équivalent avec deux boutons et une molette de défilement
• Connexion Internet pour accéder à la documentation en ligne et aux didacticiels

Système opératif

Versions recommandées:

• Windows 7 64bits
• Mac OS X *Lion
• Linux: Les versions actuelles des distributions les plus populaires ne devraient pas présenter problème (Ubuntu et Fedora, par exemple)