Segment Editor

---

Módulo Segment Editor

Esta é a versão avançada do módulo editor, neste as ferramentas se melhoraram e o fluxo de trabalho varia ao ter mais possibilidades na interacção com os dados. (Figure 1)

Figure 1: Module Segment Editor

Interface

Agora o módulo permite trabalhar com diferentes conjuntos de segmentações, em função do volume com o que se esteja interactuando, como se pode ver em #dois primeiros menus suspensos da interface.

As segmentações vão-se gerando individualmente, mediante a barra de botões que aparece a seguir destes menus(Figure 2):

Figure 2: Segments bar

As funções destes botões são bastante intuitivas:

• Add: cria uma nova segmentação
• Remove: elimina a segmentação seleccionada
• Show 3D: mostra as segmentações activas em 3D
• Segmentations: leva-nos ao módulo desse nome

Efeitos

Figure 3: Effects

As duas primeiras linhas de ícones correspondem ao módulo Segment Editor propriamente dito, mas a terceira é da extensão SegmentEditorExtraEffects, a qual se recomenda instalar, pois complementa este módulo.

primeira linha

Figure 4: Effects row1

• None: devolve ao ponteiro e seu comportamento por defeito
• Paint: pinta (selecciona) zonas da imagem
• Draw: delimita contornos para desenhar
• Erase: apaga as zonas marcadas com as duas ferramentas anteriores
• Level tracing: traça zonas de intensidade similar
• Grow from seeds: cria segmentações a partir de zonas marcadas com a ferramenta paint
• Fill between slices: segmenta entre diferentes secções do volume
• Threshold: limita. Selecciona zonas de intensidade afín por toda a imagem.

segunda linha

Figure 5: Effects row2

• Margin: amplia ou contrai a selecção num incremento fixo
• Smoothing: suaviza a superfície da selecção, eliminando caroços e buracos. Tem vários parâmetros de aplicação:
  • Medium: elimina pequenos detalhes preservando o máximo possível o contorno.
  • Opening: elimina caroços de tamanho inferior ao especificado.
  • Closing: recheia buracos de tamanho inferior ao especificado.
  • Gaussian: suaviza todos os contornos, ao custo de contrair o segmento.
  • Joint smoothing: aplica-se a múltiplos segmentos simultaneamente, para suavizá-los e eliminar espaços entre eles.
• Scissors: corta (elimina) partes da selecção
• Islands: manipula as superfícies independentes dentro da segmentação. Seus ajustes listam-se a seguir, e seu efeito variará em função da máscara que se utilize: everywhere (em todas partes), inside all segments (afecta unicamente às segmentações), inside all visible segments (afecta unicamente às segmentações visíveis), outside all segments (afecta unicamente a que não faça parte da segmentação) e outside all visible segments (afecta unicamente a que não faça parte da segmentação visível).
  • Keep largest island: conserva a ilha de maior tamanho
  • Remove small islands: elimina todas as ilhas de tamanho inferior ao especificado
  • Split islands into segments: separa as ilhas em segmentos
  • keep selected island: conserva a ilha seleccionada
  • Remove selected island: elimina a ilha seleccionada
  • Add selected island: acrescenta a ilha seleccionada à segmentação que se esteja a trabalhar
  • Logical operators: operações com operadores lógicos entre segmentações
  • Copy: substitui o segmento seleccionado pelo modificador
  • Add: acrescenta o segmento modificador ao seleccionado
  • Subtract: subtrai ao segmento seleccionado o modificador
  • Intersect: intersecta o segmento seleccionado com o modificador
  • Invert: inverte o segmento seleccionado
  • Clear: apaga o segmento seleccionado
  • Fill: recheia o segmento seleccionado
• Fast marching: Expande o segmento seleccionado a regiões com intensidade similar.
• Flood filling: recheado de área por inundação através dos vóxels com intensidade similar

terceira linha: extra effects

Figure 6: Effects row3: extra effects

• Mask volume: Utilize o segmento seleccionado como máscara. A máscara aplica-se ao volume mestre por defeito.

A operação de preenchimento interior e exterior cria um volume de mapa de etiquetas binário como saída, com os valores de preenchimento interior e exterior modificáveis. (da descrição da ferramenta)

• Surface cut: Usa marcas de referência para preencher um segmento. A superfície gera-se a partir dos pontos colocados. (da descrição da ferramenta)
• Watershed: Aumenta segmentos para criar uma segmentação completa. Têm-se em conta a localização, o tamanho e a forma dos segmentos iniciais e o conteúdo do volume mestre. Os limites finais do segmento colocar-se-ão onde o brilho do volume mestre muda bruscamente. (da descrição da ferramenta)

Documentação em Slicer.org

[Segment Editor] (em inglês)

Fluxo de trabalho

Prévio à segmentação

• Com o módulo Crop Volume comprova que a resolução nas três dimensões é a mesma
• Nesse mesmo módulo, ajustar o ROI a área que se vai trabalhar, para assim reduzir a carga processada.

Procedimento

• Criar uma nova segmentação para cada estrutura anatómica
• Delimitá-la de forma aproximada com a ferramenta Paint
• Repetir os dois passos anteriores com cada uma das segmentações a criar
• Aplicar o efeito Grow from seeds para gerar automaticamente as segmentações

Refinado

• Mediante os efeitos da segunda linha de ferramentas, ajustar as segmentações geradas automaticamente para que se ajustem à realidade anatómica desejada

Exemplos

Os exemplos em vídeo servem para conhecer o modo em que as ferramentas do editor funcionam, de uma forma dinâmica e cómoda

Idioma subtítulos

Os vídeos apresentam-se sem audio, com os textos em subtítulos em inglês, francês e espanhol. Para mudar o idioma dos subtítulos mostrados há que seguir os seguintes passos:

1. Clique em settings na barra do vídeo abaixo à direita

2. Clique em Subtitles/CC

3. Seleccionar o idioma desejado

Segmentação de osso

Apresentação das ferramentas Scissors, Threshold, Logical operators e Islands numa mostra de segmentação de ossos dos pés.

---

MENU