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Mediante esta comparação de imagem estudam-se as diferenças entre ambas, mas para que isto seja possível da maneira mais intuitiva possível se tem de conseguir a coincidência por sobreposição o mais exacta possível. Isto tem de se fazer com duas imagens que, além de ter sido tomadas em momentos temporários diferentes, podem provir de equipas diferentes (outro modelo de scanner, por exemplo) e nos que não se pode garantir que a posição na que estava colocado o paciente tem sido exactamente a mesma (variações em orientação e deslocação).