Diferencia entre revisiones de «Editor»

Revisión actual del 11:19 30 ago 2018

Módulo Editor

Este módulo se complementa con el Segment Editor. Ambos sirven para segmentar volúmenes, pero el Segment Editor se puede considerar como una versión avanzada del Editor; lo que cambia entre ambos son las herramientas disponibles para trabajar y la forma en que algunas se comportan. De hecho en la pantalla del módulo recomienda el uso del módulo Segment Editor. (Figure 1)

Figure 1: Module Editor

Secciones

Al entrar en el módulo Editor se abre un cuadro de diálogo preguntando qué tabla de colores se va a utilizar en el procesado.

Una tabla de color asocia los valores escalares de la imagen médica con el color que se va a utilizar en su representación en Slicer. Determinadas modalidades médicas, como CT, proporcionan valores absolutos que permiten establecer la correlación entre los tipos de tejido y los valores escalares de la imagen. Sin embargo, en otras modalidades como MRI, esto no ocurre porque los valores son relativos; siendo necesario realizar esta correlación de forma semi automática.

Hay más información sobre las diferentes tablas de color disponibles por defecto en Slicer dentro de la documentación del módulo [Colors], en la sección Categories.

Create and Select Label Maps

• Master Volume: contiene las imágenes originales del escáner. Se pueden seleccionar tantos volúmenes diferentes como haya cargados en la escena.
• Merge Volume: contiene las representaciones de la escena, a las que se ha aplicado el mapa de color correspondiente.

Ver Figure 1.

Edit Selected Label Map

primera fila

Figure 2: Module Editor - Toolbar row 1

• Default Tool: permite la selección de elementos
• Erase Label: borra los cambios realizados en la imagen
• Paint Effect: colorea la zona sobre la que se pincha y arrastra sobre el ratón. Al seleccionar esta herramienta aparecen bajo las dos barras de herramientas las opciones de uso: sobre qué etiqueta se ectúa, el radio de la punta del pincel y el modo en que se comportará el color aplicado. Se trabaja pinchando con el botón izquierdo del ratón y arrastrando, para hacer un dibujo a mano alzada.
• Draw Effect: similar al anterior pero a base de líneas rectas que se definen a base de clicks.
• Wand Effect: selecciona todos los píxeles de color similar, según la tolerancia establecida, al clickado.
• Level Tracing Effect: delimita con una línea todos los píxeles con valor similar al seleccionado y al hacer click con el botón izquierdo exporta la línea de contorno al mapa de etiquetas.
• Rectangle Effect: realiza una selección con forma rectangular haciendo click con el botón izquierdo y arrastrando, al soltar se cierra el rectángulo.
• Identify Islands Effect: aplica una etiqueta única a a toda el área inter conectada dentro del mapa de etiquetas. En el caso de que existan otras áreas con los mismos valores, pero que no estén conectadas con la seleccionada, estas no se verán alteradas ni seleccionadas.
• Change Island Effect: aplica un color diferente al contorno cerrado que se seleccione.
• Remove Islands Effect: elimina todos los píxeles/vóxeles sin etiquetar dentro de un área que sí está etiquetada y los reemplaza por unos de idéntico valor a los del área etiquetada. Se utiliza para eliminar agujeros/ruido dentro de las selecciones.
• Save Island Effect: se comporta igual que la herramienta anterior y además permite salvar la selección para usos posteriores.

segunda fila

Figure 3: Module Editor - Toolbar row 2

• Erode Effect: contrae la selección el número de píxeles establecido en las opciones de la herramienta.
• Dilate Effect: expande la selección el número de píxeles establecido en las opciones de la herramienta.
• Grow Cut Effect: consiste en un algoritmo que segmenta en base a múltiple etiquetas de color para separar automáticamente las áreas pertenecientes a las estructuras anatómicas seleccionadas.
• Watershed from Marker Effect: algoritmo similar al anterior, se utiliza cuando se dispone de objetos con bordes bien definidos.
• Threshold Effect: define los rangos para los umbrales de valores con los que se va a trabajar a la hora de pintar, por ejemplo. Se define un umbral superior e inferior.
• Change Label Effect: para cambiar cada píxel/voxel en el mapa de etiquetas de entrada al valor del mapa de etiquetas de salida (del master volume al merge volume).
• Make Model Effect: crea modelos de forma automática para todos aquellos valores diferentes a cero en el mapa de etiquetas.
• Fast Marching Effect: permite seleccionar mediante un algoritmo de segmentación, zonas de valores similares a los definidos como valor semilla de forma automática.

Documentación en Slicer.org

[Editor] (en inglés)

Flujo de trabajo

El procedimiento a seguir, a grandes rasgos, es el siguiente:

1. Abrir la escena/ficheros con los datos y entrar en el módulo editor
2. Seleccionar uno de los label maps que hay en slicer, para que asigne etiquetas a los colores/intensidades con los que trabajar
3. Con la herramienta Paint Effect asignarle una etiqueta (del label map anteriormente seleccionado) y pintar la zona correspondiente en la imagen
4. Repetir el paso anterior para cada tipo de tejido que se quiera segmentar
5. Aplicar el efecto Grow Cut para que Slicer automáticamente seleccione todas las áreas similares a las selecionadas

En este momento ya estará hecha la segmentación y se pasa a generar los volúmenes que le corresponden:

1. Aplicar, dentro de la pestaña Per-structure Volumes el efecto Split Merge Volume. Así se crea un volumen independiente por cada estructura segmentada.
2. Ajustar cada volumen con la herramienta Threshold Effect, comprobando que se selecciona lo anatómicamente correcto en ese caso
3. Depurar la seleccion, eliminando islas o añadiendo partes según sea necesario
4. Cuando ya se hayan ajustado los volúmenes, crear los volúmenes 3D definitivos con el comando Merge and Build

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