Diferencia entre revisiones de «Segment Editor/en»

Revisión del 11:06 23 jul 2018

Module Segment Editor

This is the advanced version of the editor module, in this the tools have been improved and the workflow varies as there are more possibilities in the interaction with the data. (Figure 1)

Figure 1: Module Segment Editor

Interface

The module now allows you to work with different sets of segmentations, depending on the volume you are interacting with, as you can see in the first two drop-down menus of the interface.

The segmentations are generated individually, by means of the button bar that appears next to these menus (Figure 2):

Figure 2: Segments bar

The functions of these buttons are quite intuitive:

• Add: creates a new segmentation
• Remove: removes the selected segmentation
• 3D show: shows active 3D segmentations
• Segmentations: leads to the module of that name

Effects

Figure 3: Effects

The first two rows of icons correspond to the Segment Editor module itself, but the third is the SegmentEditorExtraEffects' extension, which is recommended to be installed, as it complements this module.

first fow

Figure 4: Effects row1

• None: returns the pointer to its default behavior
• Paint: Paint (select) areas of the image
• Draw: draw contours for drawing
• Erase: erases the zones marked with the two previous tools
• Level tracing: traces areas of similar intensity
• Grow from seeds: create segmentations from areas marked with the paint tool
• Fill between slices: segmentation between different sections of the volume
• Threshold: threshold. Selects areas of related intensity throughout the image.

second row

Figure 5: Effects row2

• Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
• Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
  • Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
  • Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
  • Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
  • Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
  • Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
• Scissors: corta (elimina) partes de la selección
• Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
  • Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
  • Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
  • Split islands into segments: separa las islas en segmentos
  • keep selected island: conserva la isla seleccionada
  • Remove selected island: elimina la isla seleccionada
  • Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
• Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
  • Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
  • Add: añade el segmento modificador al seleccionado
  • Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
  • Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
  • Invert: invierte el segmento seleccionado
  • Clear: borra el segmento seleccionado
  • Fill: rellena el segmento seleccionado
• Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
• Flood filling: relleno de área por inundación a través de los vóxeles con intensidad similar

third row: extra effects

Figure 6: Effects row3: extra effects

• Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.

La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)

• Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
• Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

Documentación en Slicer.org

[Segment Editor]

Flujo de trabajo

Before the segmentation

• Con el módulo Crop Volume comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
• En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimiento

• Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
• Delimitarla de forma aproximada con la herramienta Paint
• Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
• Aplicar el efecto Grow from seeds para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado

• Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada