Segment Editor
Module Segment Editor
C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (Figure 1)
Interface
Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.
Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(Figure 2):
Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :
- Ajouter: crée une nouvelle segmentation
- Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
- Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
- Segmentations: conduit au module de ce nom.
Effects
Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module Segment Editor lui-même, mais la troisième est l'extension SegmentEditorExtraEffects, qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.
primera fila
- None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
- Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
- Draw: dessiner des contours pour dessiner.
- Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
- Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
- Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
- Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
- Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.
Deuxième file
- Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
- Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
- Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
- Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
- Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
- Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
- Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
- Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
- Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
- Keep largest island: conserve la plus grande île
- Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
- Split islands into segments: sépare les îles en segments
- keep selected island: conserve l'île sélectionnée
- Remove selected island: efface l'île sélectionnée
- Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
- Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
- Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
- Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
- Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
- Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
- Invert: inverse le segment sélectionné
- Clear: efface le segment sélectionné
- Fill: remplir le segment sélectionné
- Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
- Flood filling: remplissage de la zone par inondation à travers les voxels avec une intensité similaire.
tercera fila: extra effects
- Mask volume: Utilisez le segment sélectionné comme masque. Le masque est appliqué au volume maître par défaut.
L'opération de remplissage intérieur et extérieur crée un volume de carte d'étiquettes binaire en sortie, les valeurs de remplissage intérieur et extérieur pouvant être modifiées. (à partir de la description de l'outil)
- Surface cut: Utilisez des marques de référence pour remplir un segment. La surface est générée à partir des points placés. (à partir de la description de l'outil)
- Watershed: Il développe des segments pour créer une segmentation complète. L'emplacement, la taille et la forme des segments initiaux et le contenu du volume maître sont pris en compte. Les limites finales des segments seront définies lorsque la luminosité du volume maître change brusquement. (à partir de la description de l'outil)
Documentation en Slicer.org
[Segment Editor] (en anglais)
Flux de travail
Avant la segmentation
- Avec le module Crop Volume vérifiez que la résolution dans les trois dimensions est la même.
- Dans le même module, ajuster le ROI à la zone à travailler, afin de réduire la charge de traitement.
Procédure
- Créer une nouvelle segmentation pour chaque structure anatomique.
- Délimitez-le grossièrement avec l'outil Peinture.
- Répétez les deux étapes précédentes avec chacune des segmentations à créer.
- Appliquer l'effet Grow from seeds pour générer automatiquement les segmentations.
Raffiné
- En utilisant les effets de la deuxième rangée d'outils, ajustez les segmentations générées automatiquement pour correspondre à la réalité anatomique désirée.
Ejemplos
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
Idioma subtítulos
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:
1. Click on settings en la barra del vídeo abajo a la derecha
2. Click en Subtitles/CC
3. Seleccionar el idioma deseado
Segmentación de hueso
Presentación de las herramientas Scissors, Threshold, Logical operators e Islands en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
