Segment Editor

Módulo Segment Editor

Esta es la versión avanzada del módulo editor, en este las herramientas se han mejorado y el flujo de trabajo varía al haber más posibilidades en la interacción con los datos. (Figure 1)

Figure 1: Module Segment Editor

Interfaz

Ahora el módulo permite trabajar con distintos conjuntos de segmentaciones, en función del volumen con el que se esté interactuando, como se puede ver en los dos primeros menús desplegables de la interfaz.

Las segmentaciones se van generando individualmente, mediante la barra de botones que aparece a continuación de estos menús(Figure 2):

Figure 2: Segments bar

Las funciones de estos botones son bastante intuitivas:

• Add: crea una nueva segmentación
• Remove: elimina la segmentación seleccionada
• Show 3D: muestra las segmentaciones activas en 3D
• Segmentations: nos lleva al módulo de ese nombre

Effects

Figure 3: Effects

Las dos primeras filas de iconos corresponden al módulo Segment Editor propiamente dicho, pero la tercera es de la extensión SegmentEditorExtraEffects, la cual se recomienda instalar, pues complementa a este módulo.

primera fila

Figure 4: Effects row1

• None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
• Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
• Draw: delimita contornos para dibujar
• Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
• Level tracing: traza zonas de intensidad similar
• Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
• Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
• Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.

segunda fila

Figure 5: Effects row2

• Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
• Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
  • Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
  • Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
  • Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
  • Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
  • Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
• Scissors: corta (elimina) partes de la selección
• Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
  • Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
  • Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
  • Split islands into segments: separa las islas en segmentos
  • keep selected island: conserva la isla seleccionada
  • Remove selected island: elimina la isla seleccionada
  • Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
• Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
  • Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
  • Add: añade el segmento modificador al seleccionado
  • Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
  • Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
  • Invert: invierte el segmento seleccionado
  • Clear: borra el segmento seleccionado
  • Fill: rellena el segmento seleccionado
• Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
• Flood filling: relleno de área por inundación a través de los vóxeles con intensidad similar

tercera fila: extra effects

Figure 6: Effects row3: extra effects

• Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.

La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)

• Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
• Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

Documentación en Slicer.org

[Segment Editor] (en inglés)

Flujo de trabajo

Previo a la segmentación

• Con el módulo Crop Volume comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
• En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimiento

• Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
• Delimitarla de forma aproximada con la herramienta Paint
• Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
• Aplicar el efecto Grow from seeds para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado

• Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada