Segment Editor

Module Segment Editor

C'est la version avancée du module éditeur, en cela les outils ont été améliorés et le flux de travail varie car il y a plus de possibilités dans l'interaction avec les données. (Figure 1)

Figure 1: Module Segment Editor

Interface

Le module vous permet maintenant de travailler avec différents ensembles de segmentations, en fonction du volume avec lequel vous interagissez, comme vous pouvez le voir dans les deux premiers menus déroulants de l'interface.

Les segmentations sont générées individuellement, au moyen de la barre de boutons qui apparaît à côté de ces menus.(Figure 2):

Figure 2: Segments bar

Les fonctions de ces boutons sont très intuitives :

• Ajouter: crée une nouvelle segmentation
• Supprimer: supprime la segmentation sélectionnée.
• Spectacle 3D: montre les segmentations 3D actives.
• Segmentations: conduit au module de ce nom.

Effects

Figure 3: Effects

Les deux premières rangées d'icônes correspondent au module Segment Editor lui-même, mais la troisième est l'extension SegmentEditorExtraEffects, qu'il est recommandé d'installer, car elle complète ce module.

primera fila

Figure 4: Effects row1

• None: ramène le pointeur à son comportement par défaut.
• Paint: Peindre (sélectionner) les zones de l'image.
• Draw: dessiner des contours pour dessiner.
• Erase: efface les zones marquées avec les deux outils précédents.
• Level tracing: trace des zones d'intensité similaire.
• Grow from seeds: créer des segmentations à partir des zones marquées à l'aide de l'outil de peinture.
• Fill between slices: segmentation entre les différentes sections du volume.
• Threshold: seuil. Sélectionne les zones d'intensité correspondante sur l'ensemble de l'image.

Deuxième file

Figure 5: Effects row2

• Margin: élargit ou contracte la sélection par incrément fixe.
• Smoothing: adoucit la surface de la sélection, éliminant les bosses et les trous. Il a plusieurs paramètres d'application :
  • Median: élimine les petits détails tout en préservant au maximum le contour.
  • Opening: élimine les grumeaux plus petits que la taille spécifiée.
  • Closing: comble les trous plus petits que la taille spécifiée.
  • Gaussian: adoucit tous les contours, au prix de la contraction du segment.
  • Joint smoothing: est appliqué à plusieurs segments simultanément, afin de les lisser et d'éliminer les écarts entre eux.
• Scissors: coupe (enlève) des parties de la sélection
• Islands: manipule les surfaces indépendantes à l'intérieur de la segmentation. Ses paramètres sont énumérés ci-dessous, et leur effet varie selon le masque utilisé: everywhere (partout), inside all segments (n'affecte que les segmentations), inside all visible segments (n'affecte que les segmentations visibles), outside all segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation) et outside all visible segments (n'affecte que ce qui ne fait pas partie de la segmentation visible).
  • Keep largest island: conserve la plus grande île
  • Remove small islands: supprime toutes les îles sous-dimensionnées
  • Split islands into segments: sépare les îles en segments
  • keep selected island: conserve l'île sélectionnée
  • Remove selected island: efface l'île sélectionnée
  • Add selected island: ajoute l'île sélectionnée à la segmentation sur laquelle vous travaillez.
• Logical operators: opérations avec des opérateurs logiques entre les segmentations.
  • Copy: remplace le segment sélectionné par le modificateur
  • Add: ajoute le segment modificateur au segment sélectionné
  • Subtract: soustrait celui au segment sélectionné par le modificateur.
  • Intersect: croise le segment sélectionné avec le modificateur.
  • Invert: inverse le segment sélectionné
  • Clear: efface le segment sélectionné
  • Fill: remplir le segment sélectionné
• Fast marching: Étend le segment sélectionné à des régions d'intensité similaire.
• Flood filling: remplissage de la zone par inondation à travers les voxels avec une intensité similaire.

tercera fila: extra effects

Figure 6: Effects row3: extra effects

• Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.

La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)

• Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
• Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

Documentación en Slicer.org

[Segment Editor] (en inglés)

Flujo de trabajo

Previo a la segmentación

• Con el módulo Crop Volume comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
• En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimiento

• Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
• Delimitarla de forma aproximada con la herramienta Paint
• Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
• Aplicar el efecto Grow from seeds para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado

• Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada