Segment Editor
Módulo Segment Editor
Esta é a versão avançada do módulo editor, neste as ferramentas se melhoraram e o fluxo de trabalho varia ao ter mais possibilidades na interacção com os dados. (Figure 1)
Interface
Agora o módulo permite trabalhar com diferentes conjuntos de segmentações, em função do volume com o que se esteja interactuando, como se pode ver em #dois primeiros menus suspensos da interface.
As segmentações vão-se gerando individualmente, mediante a barra de botões que aparece a seguir destes menus(Figure 2):
As funções destes botões são bastante intuitivas:
- Add: cria uma nova segmentação
- Remove: elimina a segmentação seleccionada
- Show 3D: mostra as segmentações activas em 3D
- Segmentations: leva-nos ao módulo desse nome
Efeitos
As duas primeiras linhas de ícones correspondem ao módulo Segment Editor propriamente dito, mas a terceira é da extensão SegmentEditorExtraEffects, a qual se recomenda instalar, pois complementa este módulo.
primeira linha
- None: devuelve al puntero a su comportamiento por defecto
- Paint: pinta (selecciona) zonas de la imagen
- Draw: delimita contornos para dibujar
- Erase: borra las zonas marcadas con las dos herramientas anteriores
- Level tracing: traza zonas de intensidad similar
- Grow from seeds: crea segmentaciones a partir de zonas marcadas con la herramienta paint
- Fill between slices: segmenta entre diferentes secciones del volumen
- Threshold: umbral. Selecciona zonas de intensidad afín por toda la imagen.
segunda fila
- Margin: amplía o contrae la selección en un incremento fijo
- Smoothing: suaviza la superficie de la selección, eliminando bultos y agujeros. Tiene varios parámetros de acplicación:
- Median: elimina pequeños detalles preservando lo máximo posible el contorno.
- Opening: elimina bultos de tamaño inferior al especificado.
- Closing: rellena agujeros de tamaño inferior al especificado.
- Gaussian: suaviza todos los contornos, a costa de contraer el segmento.
- Joint smoothing: se aplica a múltiples segmentos simultáneamente, para suavizarlos y eliminar espacios entre ellos.
- Scissors: corta (elimina) partes de la selección
- Islands: manipula las superficies independientes dentro de la segmentación. Sus ajustes se listan a continuación, y su efecto variará en función de la máscara que se utilice: everywhere (en todas partes), inside all segments (afecta únicamente a las segmentaciones), inside all visible segments (afecta únicamente a las segmentaciones visibles), outside all segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación) y outside all visible segments (afecta únicamente a lo que no forme parte de la segmentación visible).
- Keep largest island: conserva la isla de mayor tamaño
- Remove small islands: elimina todas las islas de tamaño inferior al especificado
- Split islands into segments: separa las islas en segmentos
- keep selected island: conserva la isla seleccionada
- Remove selected island: elimina la isla seleccionada
- Add selected island: añade la isla seleccionada a la segmentación en la que se esté trabajando
- Logical operators: operaciones con operadores lógicos entre segmentaciones
- Copy: reemplaza el segmento seleccionado por el modificador
- Add: añade el segmento modificador al seleccionado
- Subtract: resta la al segmento seleccionado el modificador
- Intersect: intersecta el segmento seleccionado con el modificador
- Invert: invierte el segmento seleccionado
- Clear: borra el segmento seleccionado
- Fill: rellena el segmento seleccionado
- Fast marching: Expande el segmento seleccionado a regiones con intensidad similar.
- Flood filling: relleno de área por inundación a través de los vóxeles con intensidad similar
terceira fila: extra effects
- Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.
La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)
- Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
- Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)
Documentación en Slicer.org
[Segment Editor] (em inglês)
Fluxo de trabalho
Previo a la segmentación
- Con el módulo Crop Volume comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
- En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado
Procedimento
- Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
- Delimitarla de forma aproximada con la herramienta Paint
- Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
- Aplicar el efecto Grow from seeds para generar automáticamente las segmentaciones
Refinado
- Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada
Ejemplos
Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda
Idioma subtítulos
Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:
1. Click en settings en la barra del vídeo abajo a la derecha
2. Click en Subtitles/CC
3. Seleccionar el idioma deseado
Segmentación de hueso
Presentación de las herramientas Scissors, Threshold, Logical operators e Islands en una muestra de segmentación de falanges de los pies.
