Segment Editor

Módulo Segment Editor

Esta é a versão avançada do módulo editor, neste as ferramentas se melhoraram e o fluxo de trabalho varia ao ter mais possibilidades na interacção com os dados. (Figure 1)

Figure 1: Module Segment Editor

Interface

Agora o módulo permite trabalhar com diferentes conjuntos de segmentações, em função do volume com o que se esteja interactuando, como se pode ver em #dois primeiros menus suspensos da interface.

As segmentações vão-se gerando individualmente, mediante a barra de botões que aparece a seguir destes menus(Figure 2):

Figure 2: Segments bar

As funções destes botões são bastante intuitivas:

• Add: cria uma nova segmentação
• Remove: elimina a segmentação seleccionada
• Show 3D: mostra as segmentações activas em 3D
• Segmentations: leva-nos ao módulo desse nome

Efeitos

Figure 3: Effects

As duas primeiras linhas de ícones correspondem ao módulo Segment Editor propriamente dito, mas a terceira é da extensão SegmentEditorExtraEffects, a qual se recomenda instalar, pois complementa este módulo.

primeira linha

Figure 4: Effects row1

• None: devolve ao ponteiro e seu comportamento por defeito
• Paint: pinta (selecciona) zonas da imagem
• Draw: delimita contornos para desenhar
• Erase: apaga as zonas marcadas com as duas ferramentas anteriores
• Level tracing: traça zonas de intensidade similar
• Grow from seeds: cria segmentações a partir de zonas marcadas com a ferramenta paint
• Fill between slices: segmenta entre diferentes secções do volume
• Threshold: limita. Selecciona zonas de intensidade afín por toda a imagem.

segunda linha

Figure 5: Effects row2

• Margin: amplia ou contrai a selecção num incremento fixo
• Smoothing: suaviza a superfície da selecção, eliminando caroços e buracos. Tem vários parâmetros de aplicação:
  • Medium: elimina pequenos detalhes preservando o máximo possível o contorno.
  • Opening: elimina caroços de tamanho inferior ao especificado.
  • Closing: recheia buracos de tamanho inferior ao especificado.
  • Gaussian: suaviza todos os contornos, ao custo de contrair o segmento.
  • Joint smoothing: aplica-se a múltiplos segmentos simultaneamente, para suavizá-los e eliminar espaços entre eles.
• Scissors: corta (elimina) partes da selecção
• Islands: manipula as superfícies independentes dentro da segmentação. Seus ajustes listam-se a seguir, e seu efeito variará em função da máscara que se utilize: everywhere (em todas partes), inside all segments (afecta unicamente às segmentações), inside all visible segments (afecta unicamente às segmentações visíveis), outside all segments (afecta unicamente a que não faça parte da segmentação) e outside all visible segments (afecta unicamente a que não faça parte da segmentação visível).
  • Keep largest island: conserva a ilha de maior tamanho
  • Remove small islands: elimina todas as ilhas de tamanho inferior ao especificado
  • Split islands into segments: separa as ilhas em segmentos
  • keep selected island: conserva a ilha seleccionada
  • Remove selected island: elimina a ilha seleccionada
  • Add selected island: acrescenta a ilha seleccionada à segmentação que se esteja a trabalhar
  • Logical operators: operações com operadores lógicos entre segmentações
  • Copy: substitui o segmento seleccionado pelo modificador
  • Add: acrescenta o segmento modificador ao seleccionado
  • Subtract: subtrai ao segmento seleccionado o modificador
  • Intersect: intersecta o segmento seleccionado com o modificador
  • Invert: inverte o segmento seleccionado
  • Clear: apaga o segmento seleccionado
  • Fill: recheia o segmento seleccionado
• Fast marching: Expande o segmento seleccionado a regiões com intensidade similar.
• Flood filling: recheado de área por inundação através dos vóxels com intensidade similar

terceira linha: extra effects

Figure 6: Effects row3: extra effects

• Mask volume: Utilice el segmento seleccionado como máscara. La máscara se aplica al volumen maestro por defecto.

La operación de llenado interior y exterior crea un volumen de mapa de etiquetas binario como salida, con los valores de llenado interior y exterior modificables. (de la descripción de la herramienta)

• Surface cut: Use marcas de referencia para rellenar un segmento. La superficie se genera a partir de los puntos colocados. (de la descripción de la herramienta)
• Watershed: Crece segmentos para crear una segmentación completa. Se tienen en cuenta la ubicación, el tamaño y la forma de los segmentos iniciales y el contenido del volumen maestro. Los límites finales del segmento se colocarán donde el brillo del volumen maestro cambia bruscamente. (de la descripción de la herramienta)

Documentación en Slicer.org

[Segment Editor] (em inglês)

Fluxo de trabalho

Previo a la segmentación

• Con el módulo Crop Volume comprobar que la resolución en las tres dimensiones es la misma
• En ese mismo módulo, ajustar el ROI al área en la que se vaya a trabajar, para así reducir la carga de procesado

Procedimento

• Crear una nueva segmentación para cada estructura anatómica
• Delimitarla de forma aproximada con la herramienta Paint
• Repetir los dos pasos anteriores con cada una de las segmentaciones a crear
• Aplicar el efecto Grow from seeds para generar automáticamente las segmentaciones

Refinado

• Mediante los efectos de la segunda fila de herramientas, ajustar las segmentaciones generadas automáticamente para que se ajusten a la realidad anatómica deseada

Ejemplos

Los ejemplos en vídeo sirven para conocer el modo en que las herramientas del editor funcionan, de una forma dinámica y cómoda

Idioma subtítulos

Los vídeos se presentan sin audio, con los textos en subtítulos en inglés, francés y español. Para cambiar el idioma de los subtítulos mostrados hay que seguir los siguientes pasos:

1. Click en settings en la barra del vídeo abajo a la derecha

2. Click en Subtitles/CC

3. Seleccionar el idioma deseado

Segmentación de hueso

Presentación de las herramientas Scissors, Threshold, Logical operators e Islands en una muestra de segmentación de falanges de los pies.

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