Editor

Módulo Editor

Este módulo complementa-se com o Segment Editor. Ambos servem para segmentar volumes, mas o Segment Editor se pode considerar como uma versão avançada do Editor; o que muda entre ambos são as ferramentas disponíveis para trabalhar e a forma em que algumas se comportam. De facto no ecrã do módulo recomenda o uso do módulo Segment Editor. (Figure 1)

Archivo:Moduleeditor01.png

Figure 1: Module Editor

Secções

Ao entrar no módulo Editor abre-se um quadro de diálogo perguntando que tabela de cores se vai utilizar no processado.

Uma tabela de cor associa os valores escalares da imagem médica com a cor que se vai utilizar em sua representação em Slicer. Determinadas modalidades médicas, como CT, proporcionam valores absolutos que permitem estabelecer a correlação entre os tipos de tecido e os valores escalares da imagem. No entanto, em outras modalidades como MRI, isto não ocorre porque os valores são relativos; sendo necessário realizar esta correlação de forma semi automática.

Hay más información sobre las diferentes tablas de color disponibles por defecto en Slicer dentro de la documentación del módulo [Colors], en la sección Categories.

Create and Select Label Maps

• Master Volume: contém as imagens originais do scanner. Podem-se seleccionar tantos volumes diferentes como carregados na cena.
• Merge Volume: contém as representações da cena, às que se aplicou o mapa de cor correspondente.

Ver Figure 1.

Edit Selected Label Map

primeira linha

Archivo:Moduleeditor02.png

Figure 2: Module Editor - Toolbar linha 1

• Default Tool: permite a selecção de elementos
• Erase Label: apaga as mudanças realizadas na imagem
• Paint Effect: colore a zona sobre a que se *pincha e arrasta sobre o rato. Ao seleccionar esta ferramenta aparecem baixo as duas barras de ferramentas as opções de uso: sobre que etiqueta se efectua, o rádio da ponta do pincel e o modo em que comportar-se-á a cor aplicada. Trabalha-se clicando com o botão esquerdo do rato e arrastando, para fazer um desenho a mão livre.
• Draw Effect: similar ao anterior mas a base de linhas rectas que se definem a base de cliques.
• Wand Effect: selecciona todos os pixels de cor similar, segundo a tolerância estabelecida, ao clickado.
• Level Tracing Effect: delimita com uma linha todos os pixels com valor similar ao seleccionado e ao fazer clique com o botão esquerdo exporta a linha de contorno ao mapa de etiquetas.
• Rectangle Effect: realiza uma selecção com forma rectangular fazendo clique com o botão esquerdo e arrastando, ao soltar fecha-se o rectângulo.
• Identify Islands Effect: aplica uma etiqueta única à toda a área interligada dentro do mapa de etiquetas. No caso de que existam outras áreas com os mesmos valores, mas que não estejam conectadas com a seleccionada, estas não ver-se-ão alteradas nem seleccionadas.
• Change Island Effect: aplica uma cor diferente ao contorno fechado que se seleccione.
• Remove Islands Effect: elimina todos os pixels/voxels sem etiquetar dentro de um área que está etiquetada e os substitui por uns de valor idêntico aos da área etiquetada. Utiliza-se para eliminar buracos/ruído dentro das selecções.
• Save Island Effect: comporta-se igual a ferramenta anterior e ademais permite salvar a selecção para usos posteriores.

segunda linha

Archivo:Moduleeditor03.png

Figure 3: Module Editor - Toolbar linha 2

• Erode Effect: contrai a selecção o número de pixels estabelecido nas opções da ferramenta.
• Dilate Effect: expande a selecção o número de pixels estabelecido nas opções da ferramenta.
• Grow Cut Effect: consiste num algoritmo que segmenta em base a múltipla etiquetas de cor para separar automaticamente as áreas pertencentes às estruturas anatómicas seleccionadas.
• Watershed from Marker Effect: algoritmo similar ao anterior, utiliza-se quando se dispõe de objectos com bordas bem definidas.
• Threshold Effect: define as faixas para as ombreiras de valores com os que se vai trabalhar a hora de pintar, por exemplo. Define-se um limite superior e inferior.
• Change Label Effect: para mudar cada pixel/voxel no mapa de etiquetas primeiramente ao valor do mapa de etiquetas de saída (do master volume ao merge volume).
• Make Model Effect: cria modelos de forma automática para todos aqueles valores diferentes a zero no mapa de etiquetas.
• Fast Marching Effect: permite seleccionar mediante um algoritmo de segmentação, zonas de valores similares aos definidos como valor semente de forma automática.

Documentação em Slicer.org

[Editor] (en inglés)

Fluxo de trabalho

O procedimento geral a seguir, é o seguinte:

1. Abrir a cena/ficheiros com os dados e entrar no módulo editor
2. Seleccionar um dos label maps que há em slicer, para que atribua etiquetas às cores/intensidades com os que trabalhar
3. Com a ferramenta Paint Effect atribuir-lhe uma etiqueta (do label map anteriormente seleccionado) e pintar a zona correspondente na imagem
4. Repetir o passo anterior para cada tipo de tecido que se queira segmentar
5. Aplicar o efeito Grow Cut para que Slicer automaticamente seleccione todas as áreas similares às selecionadas

Neste momento já estará feita a segmentação e passa a gerar os volumes que lhe correspondem:

1. Aplicar, dentro da flange Per-structure Volumes o efeito Split Merge Volume. Assim se cria um volume independente por cada estrutura segmentada.
2. Ajustar cada volume com a ferramenta Threshold Effect, comprovando que se selecciona o anatómicamente correcto nesse caso.
3. Depurar a selecção, eliminando ilhas ou acrescentando partes segundo seja necessário.
4. Quando já se tenham ajustado os volumes, criar os volumes 3D definitivos com o comando Merge and Build

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