Charge d'une scène
Charge de fichiers
Il y a deux façons d'ouvrir fichiers en Slicer:
- En utilisant le menu File|Add Data
- En appuyant sur le premier bouton de la barre d'outils, que contient le texte DATA
La fenêtre qui s'ouvre est:
Les options sont: Charger un seul fichier ou charger le contenu d'un dossier. En sélectionnant l'option Choose directory to add nous montre tous les fichiers contenus dans le dossier, en appuyant sur le bouton nous devons indiquer le chemin sur le disque dur du répertoire où se trouvent nos fichiers et appuyer sur l'option Choose. La fenêtre affichera alors les fichiers compatibles Slicer contenus dans le dossier:
Par défaut, tous les fichiers sont sélectionnés. Ils peuvent tous être sélectionnés/désélectionnés en même temps avec la case à cocher située juste en dessous du bouton Choisir le répertoire à ajouter, marqué en vert dans l'image. Si nous ne voulons sélectionner qu'un seul fichier, le moyen le plus rapide est de les décocher tous et de cocher la case à côté du nom de fichier que vous voulez sélectionner. Une fois cela fait, appuyez sur le bouton OK pour charger le fichier dans Slicer.
Si vous ne voulez pas utiliser les fichiers du dossier ou si vous voulez sélectionner un autre dossier, en utilisant le bouton Reset, la liste des fichiers affichés sera supprimée.
Serveurs PACS
Le système [PACS] (Picture Archiving and Communication System) permet le stockage et la distribution de l'imagerie médicale. Il a sa partie matérielle, qui sont les disques durs sur lesquels les informations sont stockées physiquement et l'ordinateur qui les héberge, et sa partie logicielle, qui est responsable de la gestion et de la transmission des informations entre les utilisateurs. Ces systèmes sont installés dans les hôpitaux, facilitant l'accès à l'imagerie médicale pour tout professionnel intervenant dans le traitement du patient, permettant d'accéder à la fois à l'historique et à tous les ensembles d'images issus des tests médicaux effectués.
Le système PACS fonctionne selon la norme d'imagerie médicale DICOM (Dicom Imaging and Communications in Medicine). Cette norme permet la compatibilité entre les images médicales obtenues par différents scanners (bien que les fabricants introduisent de petites variantes dans leurs modèles, la compatibilité est maintenue), les logiciels et les imprimantes (imprimantes radiologiques, par exemple).
Pour accéder aux fichiers stockés sur un serveur PACS, il est nécessaire d'être enregistré dans ce même serveur et d' y avoir accès.
Glisser-déposer
Une autre façon rapide d'ouvrir des fichiers est, à partir de l'explorateur de fichiers du système d'exploitation, de faire glisser le fichier que vous voulez ouvrir dans la fenêtre Slicer et de le déposer là.
Tipos de fichero
Volume
Grilles voxel structurées.
NRRD
Correspond à Nearly Raw Raster Data, est un format de fichier pour la représentation et le traitement d'images matricielles en 2 et 3 dimensions.
MHA/MHD
Il s'agit de deux formats de méta-image, contenant à la fois des informations d'image et des balises texte.
MHD
C'est un format de méta-image, principalement utilisé pour les balises de texte en imagerie médicale. Développé par [[1]].
DICOM
Le format d'imagerie médicale standard par excellence, supporté par la grande majorité des fabricants et des logiciels.
Modèle
Composé de mailles polygonales et de surfaces 3D.
VTK
Chaque fichier vtk correspond à un solide. Dans le cas de l'anatomie, chaque organe/structure est habituellement placé séparément dans un dossier pour faciliter les interactions avec eux. [simple. html Définition]
STL
Correspond à Standard Triangle Language. C'est un format pour la construction d'objets 3D à partir de maillages triangulaires, ne fournissant que des informations spatiales, sans compter les autres propriétés physiques qui peuvent être associées à l'objet représenté.
Mixtos
Il s'agit de ceux contenant à la fois des volumes et des modèles.
MRML
Correspond au Medical Reality Markup Language; XML-based, inclut des références à des ensembles de données 3D et des propriétés de scène, utilisés pour construire la scène du programme. C'est le format natif de Slicer pour enregistrer tous les éléments d'une scène dans un seul fichier.
Garder une scène
Pour garder une scène, s'accourt au menu File|Save, le raccourci de clavier Ctrl+S ou le bouton SAVE de la barre d'outils (le troisième en commençant par la gauche).
Fermer une scène
Lorsque vous avez terminé de travailler avec la scène, pour la fermer, utilisez l'optionFile|Close Scene' ou la combinaison de touches Ctrl+W. Cela laisse la fenêtre coulissante telle qu'elle était : avec les modules et la disposition de la fenêtre (layout) avec laquelle vous travailliez, mais sans les données que vous aviez ouvertes.
