Interfaz gráfica del usuario (GUI)
GUI
El acrónimo GUI corresponde, en inglés, a Graphical User Interface, y hace referencia a la forma en que el prrograma presenta la información que maneja al usuario; de forma más coloquial se define como la apariencia y distribución de las ventanas del programa.
Componentes principales
Esta es la interfaz de 3D Slicer al iniciarse (Figure 1):
- Menú principal
- Barra de herramientas
- Panel de módulos
- Visualización 3D
- Visualización 2D
- Ventana de datos
Menús
El menú desde el cual se gestionan los archivos y todas las funciones del programa (Figure 2).
Consta de cuatro secciones:
File
(Figure 3)
- Add Data: para cargar el contenido tanto de ficheros como de carpetas. Permite abrir ficheros formato nrrd, mrml y vtk entre otros. Los ficheros mrml (Medical Reality Markup Language) son ficheros que contienen todos los elementos que conforman una escena pero contenidos en un único archivo; los ficheros vtk (Visualization Tool Kit) y nrrd (Nearly Raw Raster Data) contienen estructuras multidimensionales.
- DICOM: para cargar ficheros formato DICOM y comunicar con un servidor PACS.
- Download Sample Data: permite descargar los ficheros de muestra que vienen con el software. La apertura de estos archivos requiere conexión a Internet la primera vez que se abra cada fichero, y después quedan almacenados en el disco duro.
- Save: guarda la escena en la que se esté trabajando o partes de la misma. Se puede guardar todo empaquetado en un único fichero mrml o en ficheros individuales.
- Recently Loaded: para abrir los últimos ficheros/escenas con los que se ha trabajado
- Close Scene: cerrar la escena.
- Exit: Salir del programa.
Edit
(Figure 4)
- Application settings: abre la ventana con las opciones de personalización del programa
- Cut: corta el elemento seleccionado y lo copia en el portapapeles
- Copy: copia al portapapeles el elemento seleccionado
- Paste: pega desde el portapapeles
View
(Figure 5)
- Extension Manager: Gestor de extensiones
- Module Panel: activar o desactivar la visibilidad del panel de módulos
- Python Interactor: abre la ventana de consola de Python
- Toolbars: Selecciona las secciones de la barra de tareas a mostrar
- Layout: cambia la disposición de las diferentes ventanas del programa
- Reset to default: vuelve a las opciones iniciales de visualización
- Home: vuelve al módulo de bienvenida
- Error Log: consulta el registro de errores
Help
(Figure 6)
- Keyboard Shortcuts: listado de los métodos abreviados de teclado
- Interface Documentation: abre el sitio web de Slicer de la documentación del programa (en línea)
- Browse tutorials: abre el sitio web de Slicer de tutoriales (en línea)
- Slicer Publications: abre el sitio web de publicaciones de Slicer (en línea)
- Visual Blog: abre el blog de Slicer (en línea)
- Report a Bug: envía un registro de error a los desarrolladores
- About 3D Slicer: abre la pantalla de información sobre el programa
Barra de herramientas
En la barra de herramientas, situada debajo del menú, hay una selección para el acceso rápido a algunas de las funciones más utilizadas en el programa:
Load/Save
(Figure 7)
- DATA: permite cargar archivos o carpetas, equivale al comando 'Add Data del menú File.
- DCM: para la carga de ficheros DICOM.
- SAVE: permite guardar la escena o ficheros con los que se esté trabajando, equivale al comando Save del menú File.
Module Selection
(Figure 8)
- Lupa: permite realizar búsquedas de módulos por el nombre
- Desplegable: muestra todos los módulos instalados en Slicer. En primer lugar muestra los más comunes y luego, mediante desplegables laterales, muestra el listado completo de todos los disponibles
- Últimos módulos: permite navegar entre los últimos módulos utilizados
- Anterior: volver atrás en la navegación entre módulos del panel de módulos
- Siguiente: volver adelante en la navegación entre módulos del panel de módulos
Favorite Modules
(Figure 9)
Muestra una selección por defecto de los módulos más generales de Slicer, que son: datos, transformaciones, volúmenes y modelos.
Layout Selection
(Figure 10)
Sirve para elegir entre las diferentes opciones de visualización de la interfaz del programa, variando la organización de las ventanas. Equivale al comando del menú View.
Mouse Interaction
(Figure 11)
Sirve para cambiar el comportamiento del puntero del ratón. Las opciones son:
- Persistent: el modo que queremos que sea el permanente; por defecto va a ser Fiducial
- Ruler: haciendo dos clics sobre la escena permite medir la distancia entre los dos puntos señalados
- ROI: delimita una caja 3D sobre la escena, conteniendo una parte del modelo que nos interese destacar
- Fiducial: sirve para manipular la escena: girarla, ampliarla... (es el modo por defecto)
Capture/Restore
(Figure 12)
Sirve para la captura de imágenes de la pantalla.
Crosshair Selection
(Figure 13)
Sirve para seleccionar las diferentes opciones de retículo, se utiliza especialmente en las ventanas de visualización 2D para conocer la posición exacta del cursor del ratón.
Extensions
(Figure 14)
Abre el gestor de extensiones, y equivale al comando del menú View.
Sequence browser
(Figure 15)
Presenta los controles de reproducción de secuencias de vídeo.
Panel de módulos
Es la ventana en la que se muestran las opciones del módulo activo. Esta ventana se puede desanclar de la ventana principal del programa, para así ganar más espacio de pantalla. La selección del módulo con el que se va a trabajar se hace desde el panel desplegable de la barra de herramientas (Figure 16); este panel muestra en primer lugar un listado de los módulos más relevantes y luego el listado completo de todos los módulos instalados en nuestra versión de Slicer 3D.
Como el contenido de este panel varía en función del módulo con que se esté trabajando en cada momento, se describirán sus partes cuando se vayan explicando cada uno de los módulos que vamos a utilizar en este curso.
Data Probe (Sondeo de datos)
Situado en la parte inferior del panel de módulos, siempre está visible, independientemente del módulo seleccionado. Muestra información espacial sobre la posición del puntero del ratón cuando este se encuentra sobre una de las ventanas de visualización 2D:
Ejes de visualización
Es importante repasar los ejes según los cuales se orientan los objetos en Slicer. Estos ejes son los utilizados tradicionalmente en radiología y son los representados en Figure 18, definidos en ese orden:
- R-L (Right-Left): Derecha-Izquierda, corresponde al plano sagital
- A-P (Anterior-Posterior): Anterior-Posterior, corresponde al plano coronal
- S-I (Superior-Inferior): Superior-Inferior, corresponde al plano axial
Información de la ventana Data Probe (Sondeo de datos)
En el caso de la imagen Figure 17 el puntero del ratón estaba situado sobre la ventana 2D roja, sobre un píxel que se define por las coordenadas RAS; estas se establecen estando el paciente de pie y mirando de frente al observador:
- R 49.3: en el eje que va desde la izquierda a la derecha del paciente
- P 35.2: en el eje que va desde la parte frontal a la posterior del paciente
- I 35.0: en el eje que va desde la parte superior a la inferior del paciente
La letra que designa al eje indica en qué sentido crecen las coordenadas.
A la derecha de esta primera línea de texto se indica qué plano se está mostrando en la ventana, y el espaciado entre las secciones del mismo; esto vendrá determinado por el fichero de datos con el que se esté trabajando.
Las tres líneas siguientes dan información, si la hay, sobre la etiqueta (Label), primer plano (Foreground) y fondo (Background); si no hay información para ese campo, mostrará la indicación None; en caso contrario mostrará el nombre del volumen y las coordenadas IJK del píxel sobre el cual está situado el ratón, junto con el valor del tono de gris correspondiente.
Las coordenadas IJK se refieren a la sección en concreto y no al conjunto de secciones, se hablará de ellas más adelante.
Visualización 3D
Aquí se muestra la reconstrucción en tres dimensiones de los datos que se hayan cargado.
Opciones de visualización
En la parte izquierda del menú se muestran los tres ejes de visualización; esto sirve para reorientar la vista en 3D activa en ese momento. Haciendo clic sobre la inicial del extremo del eje nos pasa la vista 3D al eje y orientación seleccionado, lo cual es útil cuando se ha estado manipulando la vista 3D y se quiere volver a tenerla presentada en una orientación conocida.
El resto de opciones, enumeradas por filas, son:
- Fila 1
- Centrar la vista 3D en la pantalla
- Cambiar entre renderización ortográfica o en perspectiva
- mostrar/ocultar reglas
- Opciones para gafas y pantallas 3D
- Fila 2
- Aumentar zoom
- Rotar la vista 3D horizontalmente
- Mostrar/Ocultar las marcas de orientación de los ejes de representación
- Mostar FPS
- Fila 3
- Disminuir zoom
- Balancear la vista 3D horizontalmente
- Opciones gráficas de la ventana (etiquetas de los ejes, fondo, color...)
Opciones de ratón
- Botón izquierdo
- clic sostenido: para rotar libremente en los tres ejes la vista en 3D
- Botón derecho
- clic sostenido arriba-abajo: acerca o aleja la vista en 3D
- clic sostenido derecha-izquierda: no tiene efecto
Visualización 2D
La información representada en estas ventanas resultará seguramente más familiar a los profesionales de la medicina acostumbrados a trabajar con las imágenes de las secciones anatómicas que resultan de un escáner.
Ejes de visualización
En las tres vistas en 2D disponibles, cada una de las subventanas se identifica por su color: rojo, amarillo y verde. Por defecto en cada una de las ventanas aparece cada uno de los tres diferentes planos de visualización:
- Axial: rojo, corresponde al eje S-I
- Sagital: amarillo, corresponde al eje L-R
- Coronal: verde, A-P
Esta asignación de planos a cada ventana se puede cambiar según las necesidades del usuario, pudiendo mostrarse en estas ventanas representaciones completamente ajenas a los tres planos de los que se ha hablado hasta ahora.
Opciones de visualización
Haciendo clic en el botón con el dibujo de chincheta en la esquina superior izquierda de la ventana se despliega el menú con la información de la vista mostrada en la ventana:
- Anillos abiertos/cerrados: enlaza/desenlaza las opciones de visualización entre las tres ventanas 2D
- Ojo abierto/cerrado: muestra/oculta en la vista 3D la sección correspondiente, lo cual resulta muy útil para conocer de forma rápida qué lugar del modelo 3D estamos viendo en esta ventana
- Desplegable con el nombre del plano que se está representando
- Desplegable con los volúmenes disponibles en la escena que tengamos abierta en ese momento en Slicer
Continuando con la barra superior de la Figure 23
- La letra R, Y o G identifica la ventana, como la roja (R: red), la amarilla (Y: yellow) o la verde (G: green)
- El siguiente icono ajusta la imagen a toda la ventana, restaurando el nivel de zoom si este ha variado
- Desplazando a la derecha e izquierda el tirador de la barra superior de la ventana se mostrará la sección correspondiente al plano de representación a lo largo de su eje. En el extremo derecho de la barra superior aparece, en este caso, la letra R, que corresponde al eje R-L; la ventana roja tiene la letra S, correspondiente al eje S-I y la verde la letra A, correspondiente al eje A-P (ver Figure 21). El número que acompaña a esta letra nos indica la posición de la imagen a lo largo de su eje de la sección mostrada
Capas
En cada ventana de visualización 3D se muestran 3 capas. Al hacer clic en el icono >> (está junto a la chincheta) se despliega el menú de capas (ver Figure 24):
Las capas son las siguientes:
- FG (foreground): capa frontal
- BG (background): capa de fondo
- L (Label): mapa de etiquetas
Cuando se carga un volumen, por defecto, este se muestra en la capa BG; y si se carga un conjunto de etiquetas, se mostrará en la capa L.
Opciones de ratón
- Botón izquierdo
- clic sostenido arriba-abajo: cambia el brillo de la imagen en las tres ventanas simultáneamente
- clic sostenido derecha-izquierda: cambia la saturación de la imagen en las tres ventanas simultáneamente
- Botón derecho
- clic sostenido arriba-abajo: acerca o aleja la vista en 2D
- clic sostenido derecha-izquierda: no tiene efecto
Barra de progreso y registro de errores
Está situada en la parte inferior de la ventana inferior de Slicer 3D, y en ella se mostrarán mensajes de estado.
Haciendo clic en el botón rojo de la esquina inferior derecha se accede al registro de errores, donde se muestran los diferentes mensajes que ha generado el programa desde que se ha iniciado:
Se puede filtrar en función de:
- Errores
- Advertencias
- Mensajes
