Carga de una escena
Carga de ficheros
Hay dos maneras de abrir ficheros en Slicer:
- Utilizando el menú File|Add Data
- Pulsando el primer botón de la barra de herramientas, que contiene el texto DATA
La ventana que se abre es:
Las opciones son: cargar un único fichero o cargar el contenido de una carpeta. Seleccionando la opción de Choose directory to add nos muestra todos los ficheros contenidos en la carpeta. Al pulsar el botón hemos de indicar la ruta en el disco duro del directorio donde estén nuestros ficheros y pulsar la opción Choose. Entonces la ventana mostrará los archivos compatibles con Slicer contenidos en la carpeta:
Por defecto todos los ficheros aparecen seleccionados. Se pueden seleccionar/deseleccionar todos a la vez con la casilla que hay inmediatamente debajo del botón Choose directory to add, marcado en verde en la imagen. Si queremos seleccionar únicamente un fichero, la manera más rápida consiste en deseleccionar todos y luego marcar la casilla junto al nombre del archivo que se desee seleccionar. Una vez hecho esto, pulsando el botón OK cargará el fichero en Slicer.
Si no se quiere utilizar ninguno de los archivos de la carpeta o deseamos seleccionar otra carpeta, con utilizar el botón Reset, la lista de ficheros mostrada se borrará.
Servidores PACS
El sistema [PACS] (Picture Archiving and Communication System) permite el almacenamiento y distribución de imagen médica. Tiene su parte de hardware, que son los discos duros en los que se almacena físicamente la información y el ordenador que los alberga, y su parte de software, que es la encargada de gestionar y transmitir la información entre los usuarios. Estos sistemas se instalan en hospitales, facilitando el acceso a la imagen médica por parte de cualquier profesional implicado en el tratamiento del paciente, y permitiéndole acceder tanto al historial como a todos los conjuntos de imágenes resultantes de las pruebas médicas que se le hayan realizado.
El sistema PACS trabaja según el estándar médico de imagen DICOM (Dicom Imaging and Communications in Medicine). Este estándar permite la compatibilidad entre las imágenes médicas obtenidas por diferentes escáneres (aunque los fabricantes introducen pequeñas variantes en sus modelos, la compatibilidad se mantiene), software e impresoras (impresoras radiológicas, por ejemplo).
Para acceder a los ficheros almacenados en un servidor PACS es necesario estar registrado y disponer de los datos de acceso al mismo.
Arrastrar y soltar
Otra manera rápida de abrir ficheros consiste, desde el explorador de archivos del sistema operativo, arrastrar el fichero que se quiera abrir hasta la ventana de Slicer y soltarlo ahí.
Tipos de fichero
Volumen
Retículas estructuradas de vóxeles.
NRRD
Corresponde a Nearly Raw Raster Data, es un formato de archivo para la representación y procesado de imágenes de trama (raster) en 2 y 3 dimensiones.
MHA/MHD
Son dos formatos de meta-imagen, contiene información tanto de imagen como etiquetas de texto.
MHD
Es un formato de meta-imagen, utilizado principalmente para etiquetas de texto en imagen médica. Desarrollados por [[1]].
DICOM
Es el formato estándar de imagen médica por excelencia, con el que opera la gran mayoría de fabricantes y software.
Modelo
Consistentes en mallas polígonales y superficies 3D.
VTK
Cada fichero vtk corresponde a un sólido. En el caso de anatomía, se suele colocar de manera independiente cada órgano/estructura en un fichero, para así facilitar las interacciones con ellos. [Definición]
STL
Corresponde a Standard Triangle Language. Es un formato para construcción de objetos en 3D a base de mallas de triángulos; proporciona únicamente la información espacial, no incuyendo el resto de propiedades físicas que se pueden asociar al objeto representado.
Mixtos
Son aquellos que contienen tanto volúmenes como modelos.
MRML
Corresponde a Medical Reality Markup Language; basado en XML, incluye referencias a sets de datos 3D y propiedades de escena, utilizados para construir la escena dento del programa. Es el formato nativo de Slicer para guardar todos los elementos de una escena en un único fichero.
Guardar una escena
Para guardar una escena, se acude al menú File|Save, el atajo de teclado Ctrl+S o el botón SAVE de la barra de herramientas (el tercero empezando por la izquierda).
Cerrar una escena
Cuando se ha terminado de trabajar con la escena, para cerrarla, se utiliza la opción File|Close Scene o la combinación de teclas Ctrl+W. Esto deja la ventana de Slicer tal cual estaba: con los módulos y la disposición de ventanas (layout) con la que se estuviera trabajando, pero sin los datos que había abiertos.
