Módulos y extensiones
Módulo Annotations
Permite realizar anotaciones sobre elementos de la escena, tales como mediciones y regiones de interés (ROI: Region Of Interest'). Las mediciones, como su nombre indica, permiten conocer el tamaño y dimensión de partes de la imagen. Una región de interés es un área tridimensional en forma de prisma rectangular; al definir las regiones de interés, se puede restringir la renderización de la zona seleccionada, para aligerar la carga de procesado y así trabajar únicamente con la información contenida en esta zona.
(Figure 1)
Documentación en Slicer.org
[Annotations] (en inglés)
Modulo Data
La función de este módulo es la de ofrecer en una lista de los objetos de la escena actual y permitir operaciones genéricas sobre ellos (búsqueda, renombrar, borrar, mover) dentro del árbol de la estructura del MRML. Muestra los objetos tal y como están ordenados en la escena y permite tener una visión general de la misma.
La ventana del módulo tiene tres pestañas:
- Subject hierarchy: muestra la jerarquía de los diferentes elementos (Figure 2)
- Transform hierarchy: muestra las diferentes transformaciones existentes en la escena (Figure 6)
- All nodes: muestra el listado de todos los nodos presentes en la escena
Menús contextuales
El icono que se muestra a la izquierda de cada uno de los elementos nos indica su tipo, que puede ser: modelo, vista de escena, volumen, datos DICOM.
Elementos
Haciendo clic con el botón derecho sobre un elemento se abre el menú contextual (Figure 3) para interactuar con elementos de la escena:
- Create child folder: crea una carpeta, dependiente del elemento seleccionado, donde ubicar los elementos que se deseen. Para mover un elemento basta con mantener pulsado el botón izquierdo del ratón sobre él y arrastrarlo a su nueva posición.
- Clone: crea una copia del elemento seleccionado
- Export to DICOM: para exportar en formato DICOM el elemento seleccionado, o la escena completa, si se marca la casilla de selección circular correspondiente en la parte superior de la ventana. (Figure 2)
- Rename: para cambiar el nombre del elemento seleccionado
- Delete: elimina el elemento seleccionado de la escena. Atención: al ejecutar esta orden no se abre ningún menú de confirmación, así que si se da el caso de un clic accidental el elemento queda borrado.
- Edit properties: nos transporta al módulo Models para modificar las opciones del elemento
- Select role: para seleccionar el comportamiento del elemento
Carpetas
Haciendo clic con el botón derecho sobre un elemento se abre el menú contextual (Figure 5) para interactuar con elementos de la escena:
Sólo se describen los elementos del menú contextual diferentes a los descritos en el menú contextual de objeto
- Create child folder: crear una subcarpeta
- Show volumes in branch: destaca en la ventana de la vista 3D los elementos de la carpeta
- Convert folder to subject: cambia el comportamiento de la carpeta dentro de la escena, convirtiéndola en un sujeto
- Convert folder to study: revierte el cambio anterior, o modifica un sujeto a carpeta
Pestaña Transform hierarchy
En esta pestaña se muestran las transformaciones de visualización y de coordenadas existentes en la escena. Mediante el menú contextual se pueden modificar, crear nuevas y consultar sus propiedades, lo cual nos lleva al módulo Transforms
Documentación en Slicer.org
[Data Module] (en inglés)
Módulo DataStore
Este módulo permite acceder a sets de datos, tanto sin conexión (aquellos almacenados en el ordenador) como en línea (aquellos aportados por la comunidad de Slicer).
Al acceder a él se abre una nueva ventana, organizada en tres pestañas:
Local datasets
Muestra los sets de datos que se hayan descargado previamente o aquellos que se hayan generado localmente. Es el contenido de la carpeta de datos del Slicer en el disco duro local.
Para cada conjunto de datos tenemos la opción de cargarlos en la escena con el botón Load o de borrarlos con el botón Delete.
Download datasets
Para descargar conjuntos de datos públicamente disponibles en la comunidad Slicer. Estos datos son gratuitos. (Figure 7)
La parte izquierda de la ventana es el menú de navegación, en donde aparecen las distintas categorías y los modos de organizarlas; la parte derecha muestra los conjuntos de datos disponibles según los filtros aplicados en el menú de navegación. Al hacer clic en el nombre o la imagen que ilustra el conjunto de datos, nos lleva a una página con una breve descripción del mismo (fecha de creación, tamaño del fichero, número de descargas, URL). Al hacer clic en el botón DOWNLOAD se procede a la descarga en el ordenador (lo que hará que se muestre después en la carpeta Local Datasets). Los conjuntos de datos están puntuados por los usuarios, de 0 a 5 estrellas.
Una vez finalizada la descarga, se vuelve a la ventana del módulo y se pueden cargar los datos. (Figure 8)
Upload Datasets
Para poder subir datos a los servidores es necesario estar registrado como usuario. Otra ventaja de estar registrado como usuario es que permite también comentar y votar sobre los juegos de datos existentes.
Documentación en Slicer.org
[DataStore] (en inglés)
Módulo DICOM
Este módulo permite importar y exportar información en formato DICOM desde un servidor o de forma local, editando la información adicional que lleva este formato de archivo.
El formato DICOM es gestionado desde la [[1]], en la división de [Imaging & Technology Alliance]. Se puede consultar la documentación sobre este formato aquí[[2]] (en inglés)
(Figure 9)
Documentación en Slicer.org
[DICOM] (en inglés)
Módulo Models
Este módulo nos presenta los diferentes componentes de la escena: los modelos que la forman. Desde esta ventana se pueden modificar sus opciones de visualización y su comportamiento visual.
Los iconos con el dibujo de un ojo cerrado y abierto son para activar o desactivar la visualización de todos los objetos de la escena de forma simultánea. Para hacerlo individualmente se hace clic en el icono del ojo abierto/cerrado junto al nombre del elemento. A la derecha del nombre del elemento, en un pequeño cuadrado, se muestra el color del mismo; haciendo doble clic en él se puede cambiar en una ventana de selector de color.
Information
El bloque information presenta los siguientes datos:
El tipo de malla con la que está formado el objeto, datos sobre sus dimensiones (área, volumen, número de elementos que lo componen...) y el nombre del fichero vtk.
Display
En esta sección del menú se gestiona la visibilidad del elemento selecionado en la casilla visibility, en qué vista se representa y el color utilizado. En el apartado 3D Display se controla la opacidad del elemento mediante un control deslizable, el modo de representación (superficie, malla y nube de puntos).
La sección Clipping controla el comportamiento que tendrá el objeto al intersectar con los planos coronal, axial y sagital: al marcar la casilla clipping indicamos que la visibilidad del elemento se verá afectada por la posición de esos tres planos. Más abajo, dentro de la ventana del módulo, está la sección Clipping Planes, en la que se establece cómo influirá cada uno de los planos de corte (el rojo, amarillo o verde): si se quiere que sea por unión o intersección, y si se quiere que muestre la parte del objeto anterior al plano o la posterior al mismo.
El resto de parámetros de esta sección del módulo controlan la calidad del renderización, el material del mismo y sus condiciones de iluminación.
Documentación en Slicer.org
[DataStore] (en inglés)
Módulo Scene Views
Sirve para guardar y recuperar el estado de las ventanas de la vista 3D y 2D de la escena en diferentes estadios del trabajo con los datos. Estas capturas de pantalla se hacen con la herramienta de la barra de botones con el icono de una cámara.
(Figure 13)
Documentación en Slicer.org
[Scene Views] (en inglés)
Módulo View Controllers
Este módulo duplica los controles de visualización de las ventanas 2D y 3D. Todas las modificaciones que se pueden hacer sobre los menús de cada ventana se pueden hacer directamente desde este módulo si el usuario lo prefiere así:
(Figure 14)
Documentación en Slicer.org
[View Controllers] (en inglés)
Módulo Volumes
La función de este módulo es la de ajustar los parámetros de representación de la vista 3D, permitiendo cambiar entre diferentes tablas de color, motores de renderización y sets de valores preestablecidos (estos se organizan según el tipo de origen de los datos: CAT, MRI...)
(Figure 15)
También se pueden gestionar parámetros avanzados de renderización e iluminación:
(Figure 16)
Documentación en Slicer.org
[Volumes] (en inglés)
