Módulos e extensões

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Módulo Anotações

Permite realizar anotações sobre elementos da cena, tais como medidas e regiões de interesse (ROI: Region Of Interest'). As medidas, como seu nome indica, permitem conhecer o tamanho e dimensão de partes da imagem. Uma região de interesse é uma área tridimensional em forma de prisma retangular; ao definir as regiões de interesse, pode-se restringir a renderização da zona seleccionada, para aliviar carga processada e assim trabalhar unicamente com a informação contida nesta zona.

(Figure 1)

Figure 1: Module Annotations

Documentação em Slicer.org

[Annotations] (en inglés)

Modulo Data

A função deste módulo é a de listar os objectos da cena actual e permite operações genéricas sobre eles (procurar, renomear, apagar, mover) dentro da árvore da estrutura do MRML. Mostra os objectos (nós)como estão ordenados na cena e permite ter uma visão geral da mesma.

Figure 2: Module Data

A janela do módulo tem três tabs:

• Subject hierarchy: mostra a hierarquia dos diferentes elementos (Figure 2)
• Transform hierarchy: mostra as diferentes transformações existentes na cena (Figure 6)
• All nodes: mostra a listagem de todos os nós presentes na cena

Menus contextuais

O ícone que se enontra à esquerda de cada um dos elementos indica-nos o seu tipo, que pode ser: modelo, vista de cena, volume, dados DICOM.

Elementos

Clicando com o botão direito sobre um elemento abre-se o menu contextual (Figure 5) para interactuar com elementos da cena:

Figure 3: Moodule Data - context menu object

• Create child folder: cria uma pasta, dependente do elemento seleccionado, onde localizar os elementos que se desejem. Para mover um elemento basta com manter pulsado o botão esquerdo do rato sobre ele e o arrastar a sua nova posição.
• Clone: cria uma cópia do elemento seleccionado
• Export to DICOM: para exportar em formato DICOM o elemento seleccionado, ou a cena completa, se marca-se a lacuna de selecção circular correspondente na parte superior da janela. (Figure 2)

Figure 4: Module Data - DICOM

• Rename: para mudar o nome do elemento seleccionado
• Delete: elimina o elemento seleccionado da cena. Atenção: ao executar esta ordem não se abre nenhum menu de confirmação, de modo que se se dá o caso de um clique acidental o elemento fica apagado.
• Edit properties: transporta-nos ao módulo Models para modificar as opções do elemento
• Select role: para seleccionar o comportamento do elemento

Pastas

Clicando com o botão direito sobre um elemento abre-se o menu contextual () para interactuar com elementos da cena:

Figure 5: Module Data - context menu object

Só se descrevem os elementos do menu contextual diferentes aos descritos no menu contextual de objecto

• Create child folder: criar uma subpasta

Show volumes in branch: destaca na janela da vista 3D os elementos da pasta

• Convert folder to subject: muda o comportamento da pasta dentro da cena, convertendo-a num sujeito
• Convert folder to study: reverte a mudança anterior, ou modifica um sujeito a pasta

Aba Transform hierarchy

Figure 6: Módulo Data - Transform hierarchy

Nesta pestana mostram-se as transformações de visualização e de coordenadas existentes na cena. Mediante o menu contextual podem-se modificar, criar novas e consultar as suas propriedades, o qual nos leva ao módulo Transforms

Documentação em Slicer.org

[Data Module] (en inglés)

Módulo DataStore

Este módulo permite aceder a sets de dados, tanto sem conexão (aqueles armazenados no computador) como em linha (aqueles contribuídos pela comunidade de Slicer).

Ao aceder a ele se abre uma nova janela, organizada em três abas:

Local datasets

Mostra os sets de dados que se tenham descarregado previamente ou aqueles que se tenham gerado localmente. É o conteúdo da pasta de dados do Slicer no disco duro local.

Para cada conjunto de dados temos a opção de carregar na cena com o botão Load ou de apagar com o botão Delete.

Download datasets

Para descarregar conjuntos de dados publicamente disponíveis na comunidade Slicer. Estes dados são gratuitos. (Figure 7)

Figure 7: Module DataStore

A parte esquerda da janela é o menu de navegação, onde aparecem as diferentes categorias e os modos das organizar; parte da direita mostra os conjuntos de dados disponíveis segundo os filtros aplicados no menu de navegação. Ao clicar no nome ou a imagem que ilustra o conjunto de dados, nos leva a uma página com uma breve descrição do mesmo (data de criação, tamanho do ficheiro, número de descargas, URL). Ao clicar no botão DOWNLOAD procede-se à descarga no computador (o que fará que se mostre depois na pasta Local Datasets). Os conjuntos de dados estão avaliado pelos utentes, de 0 a 5 estrelas.

Uma vez finalizada a descarga, volta-se à janela do módulo e podem-se carregar os dados. (Figure 8)

Figure 8: Module DataStore - files

Upload Datasets

Para poder subir dados aos servidores é necessário estar registado como utente. Outra vantagem de estar registado como utente é que permite também comentar e votar sobre os jogos de dados existentes.

Documentação em Slicer.org

[DataStore] (en inglés)

Módulo DICOM

Este módulo permite importar e exportar informação em formato DICOM desde um servidor ou de forma local, editando a informação adicional que leva este formato de arquivo.

El formato DICOM es gestionado desde la [[1]], en la división de [Imaging & Technology Alliance]. Se puede consultar la documentación sobre este formato aquí[[2]] (en inglés)

(Figure 9)

Figure 9: Module Whatever

</figure

Documentação em Slicer.org

[DICOM] (en inglés)

Módulo Models

Este módulo apresenta-nos os diferentes componentes da cena: os modelos que a formam. Desde esta janela podem-se modificar suas opções de visualização e seu comportamento visual.

<figure id="fig:Module screen">

Figure 9: Module Whatever

Os ícones com o desenho de um olho fechado e aberto são para activar ou desactivar a visualização de todos os objectos da cena de forma simultânea. Para fazê-lo individualmente clica-se no ícone do olho aberto/fechado junto ao nome do elemento. À direita do nome do elemento, num pequeno quadrado, mostra-se a cor do mesmo; fazendo duplo clique nele se pode mudar numa janela de selector de cor.

Information

O bloco information apresenta os seguintes dados:

Figure 10: Module screen - information

O tipo de malha com a que está formado o objecto, dados sobre suas dimensões (área, volume, número de elementos que o compõem...) e o nome do ficheiro vtk.

Display

Figure 11: Module Models - display

Nesta secção do menu gere-se a visibilidade do elemento selecionado na lacuna visibility, em que vista se representa e a cor utilizada. Na secção 3D Display controla-se a opacidade do elemento mediante um controle de slider, o modo de representação (superfície, malha e nuvem de pontos).

A secção Clipping controla o comportamento que terá o objecto ao intersectar com os planos coronal, axial e sagital: ao marcar a lacuna clipping indicamos que a visibilidade do elemento ver-se-á afectada pela posição desses três planos. Mais abaixo, dentro da janela do módulo, está a secção Clipping Planos, na que se estabelece como influirá a cada um dos planos de corte (o vermelho, amarelo ou verde): se quer-se que seja por união ou interseção, e se se quer que mostre a parte do objecto anterior ao plano ou a posterior ao mesmo.

O resto de parâmetros desta secção do módulo controlam a qualidade do renderização, o material do mesmo e suas condições de iluminação.

Documentação em Slicer.org

[DataStore] (en inglés)

Módulo Scene Views

Serve para guardar e recuperar o estado das janelas da vista 3D e 2D da cena em diferentes estádios do trabalho com os dados. Estas capturas de ecrã fazem-se com a ferramenta da barra de botões com o ícone de uma câmara.

(Figure 12)

Figure 12: Module Scene Views

Documentação em Slicer.org

[Scene Views] (en inglés)

Módulo View Controllers

Este módulo duplica os controles de visualização das janelas 2D e 3D. Todas as modificações que se podem fazer sobre os menus de cada janela se podem fazer directamente desde este módulo se o utente o prefere assim:

(Figure 13)

Figure 13: Module View Controllers

Documentação em Slicer.org

[View Controllers] (en inglés)

Módulo Volumes

A função deste módulo é a de ajustar os parâmetros de representação da vista 3D, permitindo mudar entre diferentes tabelas de cor, motores de renderização e sets de valores pré estabelecidos (estes se organizam segundo o tipo de origem dos dados: CAT, MRI...)

(Figure 14)

Figure 14: Module Volume Rendering

Também se podem gerir parâmetros avançados de renderização e iluminação:

(Figure 15)

Figure 15: Module Volume Rendering - Advanced

Documentação em Slicer.org

[Volumes] (en inglés)

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